291 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0682 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0682  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 		 194 aa  389  1e-107  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1105  16S rRNA-processing protein RimM  58.95 
 
 		 193 aa  235  3e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  52.85 
 
 		 191 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1691  16S rRNA-processing protein RimM  50.79 
 
 		 213 aa  194  6e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5344  16S rRNA-processing protein RimM  52.58 
 
 		 189 aa  193  2e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1462  16S rRNA-processing protein RimM  50 
 
 		 202 aa  189  2e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1474  16S rRNA-processing protein RimM  48.45 
 
 		 184 aa  184  5e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  51.34 
 
 		 187 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2702  16S rRNA-processing protein RimM  49.47 
 
 		 190 aa  179  2e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.294971  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3354  16S rRNA-processing protein RimM  48.95 
 
 		 209 aa  178  4.999999999999999e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.305815 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1007  16S rRNA-processing protein RimM  45.79 
 
 		 244 aa  170  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2976  16S rRNA-processing protein RimM  45.79 
 
 		 248 aa  169  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.470421  normal  0.0518366 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3940  16S rRNA-processing protein RimM  47.4 
 
 		 192 aa  169  3e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.519471 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0770  16S rRNA-processing protein RimM  46.32 
 
 		 231 aa  165  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.149382  normal  0.116186 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0946  16S rRNA-processing protein RimM  43.98 
 
 		 237 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.501365  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0950  16S rRNA-processing protein RimM  43.98 
 
 		 225 aa  162  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0749  16S rRNA-processing protein RimM  45.08 
 
 		 220 aa  160  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2539  16S rRNA-processing protein RimM  44.68 
 
 		 221 aa  157  9e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1662  16S rRNA-processing protein RimM  43.39 
 
 		 229 aa  157  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2544  16S rRNA-processing protein RimM  42.93 
 
 		 229 aa  155  2e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0828457  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0402  16S rRNA-processing protein RimM  42.93 
 
 		 211 aa  155  2e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0918  16S rRNA-processing protein RimM  42.93 
 
 		 230 aa  155  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2233  16S rRNA-processing protein RimM  43.62 
 
 		 223 aa  156  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.347388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0229  16S rRNA-processing protein RimM  42.93 
 
 		 229 aa  155  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2918  16S rRNA-processing protein RimM  42.93 
 
 		 229 aa  155  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2967  16S rRNA-processing protein RimM  42.93 
 
 		 229 aa  155  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2858  16S rRNA-processing protein RimM  42.93 
 
 		 229 aa  155  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.765459  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1029  16S rRNA-processing protein RimM  41.36 
 
 		 225 aa  152  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1070  16S rRNA-processing protein RimM  41.36 
 
 		 225 aa  152  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0584634  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4184  16S rRNA-processing protein RimM  40.41 
 
 		 225 aa  150  8e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.42162  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0934  16S rRNA-processing protein RimM  44.9 
 
 		 184 aa  150  8.999999999999999e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0565923 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0591  16S rRNA-processing protein RimM  40.84 
 
 		 225 aa  150  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0876  16S rRNA-processing protein RimM  42.93 
 
 		 184 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0805  16S rRNA-processing protein RimM  44.32 
 
 		 184 aa  139  3e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2782  16S rRNA processing protein RimM  38.25 
 
 		 172 aa  115  3.9999999999999997e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  33.15 
 
 		 176 aa  112  3e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3065  16S rRNA processing protein RimM  35.52 
 
 		 170 aa  109  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000508882  hitchhiker  0.000000546045 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1284  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 		 184 aa  106  2e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.270543  normal  0.304592 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2005  16S rRNA processing protein RimM  35.48 
 
 		 178 aa  106  3e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000559239  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0570  16S rRNA-processing protein RimM  35.68 
 
 		 168 aa  103  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.115494  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  34.25 
 
 		 189 aa  103  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  30.68 
 
 		 176 aa  102  4e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2321  16S rRNA processing protein RimM  30.43 
 
 		 177 aa  97.8  9e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2018  16S rRNA processing protein RimM  29.12 
 
 		 177 aa  96.3  2e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0112237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3015  16S rRNA-processing protein RimM  32.78 
 
 		 184 aa  97.1  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00120588  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2854  16S rRNA processing protein RimM  35.91 
 
 		 171 aa  96.3  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.77473  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3769  16S rRNA processing protein RimM  26.94 
 
 		 181 aa  95.9  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000000183564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2475  16S rRNA processing protein RimM  35.75 
 
 		 160 aa  95.5  4e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  30.22 
 
 		 182 aa  94.7  7e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  30.22 
 
 		 182 aa  94.7  7e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  30.22 
 
 		 182 aa  94.7  7e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  30.22 
 
 		 182 aa  94.7  7e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  30.22 
 
 		 183 aa  94.7  7e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  30.22 
 
 		 182 aa  94.7  7e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  30.22 
 
 		 183 aa  94.7  7e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  31.32 
 
 		 182 aa  94.7  7e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  30.22 
 
 		 182 aa  94.7  7e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  30.22 
 
 		 182 aa  94.7  8e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  30.22 
 
 		 176 aa  94.4  9e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  30.77 
 
 		 183 aa  94  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  35.56 
 
 		 172 aa  94  1e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  30.77 
 
 		 183 aa  94  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  30.77 
 
 		 183 aa  94  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3202  16S rRNA-processing protein RimM  29.67 
 
 		 182 aa  94  1e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0025103  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  30.77 
 
 		 183 aa  94  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  30.77 
 
 		 183 aa  94  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1125  16S rRNA-processing protein RimM  29.67 
 
 		 182 aa  93.6  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  29.35 
 
 		 182 aa  93.2  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0890  16S rRNA-processing protein RimM  29.67 
 
 		 176 aa  93.2  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000503781  normal  0.334216 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0518  16S rRNA processing protein RimM  31.18 
 
 		 188 aa  92.4  4e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.541026  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1160  16S rRNA-processing protein RimM  29.67 
 
 		 176 aa  91.3  8e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000339506  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0428  16S rRNA processing protein RimM  34.83 
 
 		 169 aa  91.3  9e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.709959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02148  16S rRNA-processing protein RimM  30.56 
 
 		 180 aa  90.5  1e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.899687  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2259  16S rRNA processing protein RimM  32.82 
 
 		 175 aa  89.4  3e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00362767  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  29.12 
 
 		 176 aa  89.4  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3089  16S rRNA-processing protein RimM  30.77 
 
 		 177 aa  89  4e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.157411  normal  0.0618284 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  28.02 
 
 		 182 aa  88.2  6e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0074  16S rRNA-processing protein RimM  30.68 
 
 		 170 aa  88.6  6e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0294  16S rRNA-processing protein RimM  28.98 
 
 		 175 aa  88.2  7e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000244736  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2333  16S rRNA processing protein RimM  32.57 
 
 		 164 aa  87.4  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000377156  normal  0.0588442 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0088  16S rRNA-processing protein RimM  30 
 
 		 170 aa  87.4  1e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1630  16S rRNA-processing protein RimM  30.27 
 
 		 168 aa  86.7  2e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000568977  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0885  16S rRNA processing protein RimM  34.24 
 
 		 170 aa  87  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.230501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0551  16S rRNA-processing protein RimM  30.27 
 
 		 168 aa  86.3  3e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  2.44188e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  27.47 
 
 		 182 aa  85.9  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  27.47 
 
 		 182 aa  85.9  3e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  28.33 
 
 		 170 aa  85.1  5e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2279  16S rRNA-processing protein RimM  31.25 
 
 		 175 aa  85.1  5e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0459452  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002537  16S rRNA processing protein RimM  28.8 
 
 		 182 aa  84.7  8e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00116484  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  27.03 
 
 		 175 aa  84.3  9e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  30.81 
 
 		 175 aa  84  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  29.07 
 
 		 176 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2869  16S rRNA processing protein RimM  30.64 
 
 		 173 aa  83.2  0.000000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257467  hitchhiker  0.000000637329 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1169  16S rRNA-processing protein RimM  29.12 
 
 		 176 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549178  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  27.03 
 
 		 175 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3102  16S rRNA-processing protein RimM  29.12 
 
 		 176 aa  82.8  0.000000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000126118  normal  0.166795 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1288  16S rRNA-processing protein RimM  29.12 
 
 		 176 aa  82.8  0.000000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000110365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1255  16S rRNA-processing protein RimM  29.12 
 
 		 176 aa  82.8  0.000000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000416795  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1211  16S rRNA-processing protein RimM  29.12 
 
 		 176 aa  82.8  0.000000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000458928  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2999  16S rRNA processing protein RimM  31.18 
 
 		 176 aa  82.4  0.000000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000783686  normal  0.831438 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>