More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_2869 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_2869  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
173 aa  346  8e-95  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257467  hitchhiker  0.000000637329 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0645  16S rRNA processing protein RimM  66.07 
 
 
172 aa  229  2e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0229573  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  54.91 
 
 
173 aa  192  2e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3429  16S rRNA processing protein RimM  55.49 
 
 
172 aa  185  3e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000572848  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  54.91 
 
 
172 aa  182  2.0000000000000003e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  45.45 
 
 
176 aa  162  3e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1096  16S rRNA processing protein RimM  44.37 
 
 
152 aa  132  3e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0393461  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  36.75 
 
 
167 aa  114  1.0000000000000001e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2307  16S rRNA processing protein RimM  38.6 
 
 
170 aa  113  2.0000000000000002e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00013128  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0970  16S rRNA-processing protein RimM  35.15 
 
 
169 aa  110  1.0000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000015249  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  36.14 
 
 
167 aa  108  3e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  36.14 
 
 
167 aa  108  3e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2999  16S rRNA processing protein RimM  36.14 
 
 
176 aa  108  4.0000000000000004e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000783686  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3041  16S rRNA processing protein RimM  36.14 
 
 
176 aa  108  4.0000000000000004e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000787897  normal  0.907916 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  40.83 
 
 
169 aa  108  5e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  38.69 
 
 
172 aa  107  7.000000000000001e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  36.81 
 
 
168 aa  107  1e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  33.93 
 
 
169 aa  106  2e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1682  16S rRNA-processing protein RimM  32.72 
 
 
165 aa  106  2e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00118486  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1964  16S rRNA-processing protein RimM  32.72 
 
 
165 aa  105  3e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  36.99 
 
 
171 aa  103  1e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2259  16S rRNA processing protein RimM  37.11 
 
 
175 aa  103  2e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00362767  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  33.13 
 
 
167 aa  102  3e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  35.67 
 
 
171 aa  101  5e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  36.42 
 
 
171 aa  101  6e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  36.42 
 
 
171 aa  101  6e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  36.42 
 
 
171 aa  101  6e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  36.42 
 
 
171 aa  101  6e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  33.73 
 
 
179 aa  100  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0659  16S rRNA processing protein RimM  36.09 
 
 
170 aa  100  1e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110024  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1371  16S rRNA processing protein RimM  34.66 
 
 
179 aa  100  1e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000034435  normal  0.381877 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  33.73 
 
 
179 aa  99  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2333  16S rRNA processing protein RimM  33.12 
 
 
164 aa  99  3e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000377156  normal  0.0588442 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  35.93 
 
 
171 aa  99  3e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
174 aa  98.6  4e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  32.92 
 
 
189 aa  98.2  5e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  35.43 
 
 
171 aa  97.4  9e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  32.91 
 
 
170 aa  97.1  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  34.91 
 
 
171 aa  97.1  1e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0551  16S rRNA-processing protein RimM  31.29 
 
 
168 aa  96.7  1e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  2.44188e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2222  16S rRNA processing protein  31.98 
 
 
175 aa  96.3  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.646e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3758  16S rRNA processing protein RimM  35.33 
 
 
170 aa  95.9  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0504856  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1630  16S rRNA-processing protein RimM  31.29 
 
 
168 aa  96.7  2e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000568977  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  35.47 
 
 
171 aa  95.5  3e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  32.56 
 
 
179 aa  94.4  8e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  35.09 
 
 
177 aa  94  9e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  30.06 
 
 
182 aa  93.6  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  34.34 
 
 
175 aa  92  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  34.73 
 
 
172 aa  91.7  5e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  34.34 
 
 
175 aa  90.9  8e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2854  16S rRNA processing protein RimM  35.8 
 
 
171 aa  90.5  1e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.77473  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  30.36 
 
 
169 aa  90.1  1e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  34.39 
 
 
182 aa  90.5  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5344  16S rRNA-processing protein RimM  33.74 
 
 
189 aa  90.5  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  34.15 
 
 
178 aa  89.4  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02148  16S rRNA-processing protein RimM  32.91 
 
 
180 aa  90.1  2e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.899687  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  30.67 
 
 
176 aa  89  3e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2475  16S rRNA processing protein RimM  36.31 
 
 
160 aa  89  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  33.54 
 
 
175 aa  88.6  3e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  30.67 
 
 
176 aa  89  3e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 
176 aa  88.6  4e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0074  16S rRNA-processing protein RimM  34.21 
 
 
170 aa  88.6  4e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  32.53 
 
 
178 aa  88.6  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0088  16S rRNA-processing protein RimM  34.21 
 
 
170 aa  88.2  5e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0428  16S rRNA processing protein RimM  33.76 
 
 
169 aa  87.8  6e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.709959  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07320  16S rRNA processing protein RimM  29.34 
 
 
170 aa  87.8  7e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238844  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0847  16S rRNA processing protein RimM  34.81 
 
 
167 aa  87.8  7e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1578  16S rRNA-processing protein RimM  28.93 
 
 
176 aa  87.8  7e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.637772  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1284  16S rRNA processing protein RimM  27.43 
 
 
184 aa  87  1e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.270543  normal  0.304592 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0294  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 
175 aa  87  1e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000244736  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  30.82 
 
 
182 aa  86.7  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  30.82 
 
 
182 aa  86.7  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  30.82 
 
 
182 aa  86.7  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  35.19 
 
 
189 aa  85.9  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1020  16S rRNA-processing protein RimM  30.72 
 
 
178 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104306  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  30.82 
 
 
182 aa  86.3  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  30.82 
 
 
182 aa  86.7  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  30.82 
 
 
182 aa  86.7  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  33.72 
 
 
175 aa  86.3  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  30.82 
 
 
183 aa  86.7  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  30.82 
 
 
182 aa  86.7  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  35.19 
 
 
189 aa  85.9  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  30.82 
 
 
183 aa  86.7  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  29.34 
 
 
178 aa  85.9  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1462  16S rRNA-processing protein RimM  29.78 
 
 
202 aa  85.5  3e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1535  16S rRNA processing protein RimM  29.7 
 
 
166 aa  85.9  3e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00265207  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  29.34 
 
 
178 aa  85.5  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1384  16S rRNA-processing protein RimM  34.73 
 
 
172 aa  85.9  3e-16  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00157124  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  31.21 
 
 
183 aa  85.5  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  31.21 
 
 
183 aa  85.5  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  31.21 
 
 
183 aa  85.5  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  31.21 
 
 
183 aa  85.5  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  31.21 
 
 
183 aa  85.5  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0322  16S rRNA processing protein RimM  27.78 
 
 
185 aa  85.1  5e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00023377  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  32.93 
 
 
176 aa  85.1  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3855  16S rRNA processing protein RimM  39.62 
 
 
106 aa  84.7  6e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.46605e-63 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0890  16S rRNA-processing protein RimM  30.82 
 
 
176 aa  84.7  6e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000503781  normal  0.334216 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0570  16S rRNA-processing protein RimM  31.48 
 
 
168 aa  83.6  0.000000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.115494  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  29.48 
 
 
182 aa  84  0.000000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  31.85 
 
 
182 aa  83.6  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>