More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_3307 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
182 aa  360  7.0000000000000005e-99  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  43.86 
 
 
182 aa  150  7e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  40 
 
 
176 aa  129  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  40.94 
 
 
210 aa  120  8e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1801  16S rRNA processing protein RimM  36.75 
 
 
168 aa  116  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165752  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  39.31 
 
 
176 aa  114  6e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  29.41 
 
 
176 aa  100  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  34.71 
 
 
182 aa  100  1e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  37.06 
 
 
173 aa  95.5  3e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  35.71 
 
 
172 aa  94.7  6e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2869  16S rRNA processing protein RimM  30.06 
 
 
173 aa  93.6  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257467  hitchhiker  0.000000637329 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  34.32 
 
 
170 aa  92  4e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  36.9 
 
 
173 aa  92  4e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  36.9 
 
 
173 aa  92  4e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  32.58 
 
 
179 aa  92  4e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  36.9 
 
 
173 aa  92  4e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2999  16S rRNA processing protein RimM  32.39 
 
 
176 aa  90.5  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000783686  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3041  16S rRNA processing protein RimM  32.39 
 
 
176 aa  90.5  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000787897  normal  0.907916 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  30.91 
 
 
172 aa  89.4  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  34.94 
 
 
171 aa  88.6  4e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3429  16S rRNA processing protein RimM  29.7 
 
 
172 aa  88.6  5e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000572848  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  32.34 
 
 
173 aa  86.3  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  31.93 
 
 
170 aa  86.3  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
180 aa  86.3  2e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  33.73 
 
 
172 aa  86.7  2e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  32.34 
 
 
173 aa  85.1  5e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  34.73 
 
 
172 aa  85.1  5e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  33.94 
 
 
171 aa  84.7  7e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  36.09 
 
 
182 aa  83.6  0.000000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  33.14 
 
 
169 aa  82  0.000000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  25.88 
 
 
172 aa  80.1  0.00000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  31.98 
 
 
174 aa  80.9  0.00000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  31.67 
 
 
180 aa  79.7  0.00000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  34.88 
 
 
200 aa  79  0.00000000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  32.03 
 
 
177 aa  77.4  0.00000000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0118  16S rRNA processing protein RimM  24.57 
 
 
184 aa  77.8  0.00000000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.561423 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0645  16S rRNA processing protein RimM  28.48 
 
 
172 aa  77  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0229573  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10990  16S rRNA processing protein RimM  36.88 
 
 
185 aa  77.4  0.0000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000722638  unclonable  0.00000000154535 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3065  16S rRNA processing protein RimM  28.75 
 
 
170 aa  76.3  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000508882  hitchhiker  0.000000546045 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  27.65 
 
 
181 aa  76.6  0.0000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  30.12 
 
 
187 aa  75.5  0.0000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2485  16S rRNA processing protein RimM  33.14 
 
 
176 aa  75.1  0.0000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.423168  normal  0.175293 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1943  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 
165 aa  75.1  0.0000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2307  16S rRNA processing protein RimM  26.9 
 
 
170 aa  75.1  0.0000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00013128  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04645  16S rRNA processing protein  26.35 
 
 
174 aa  75.1  0.0000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  31.36 
 
 
179 aa  75.1  0.0000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2581  16S rRNA processing protein RimM  27.71 
 
 
186 aa  74.7  0.0000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00383976  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12921  16S rRNA-processing protein RimM  34.3 
 
 
176 aa  74.3  0.0000000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.368366 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1397  16S rRNA processing protein RimM  29.68 
 
 
168 aa  73.9  0.000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000193621  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  27.65 
 
 
166 aa  73.9  0.000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2222  16S rRNA processing protein  32.74 
 
 
175 aa  73.2  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.646e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  25.3 
 
 
168 aa  73.2  0.000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  32.94 
 
 
181 aa  72.8  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  25.9 
 
 
172 aa  72.8  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0104  16S rRNA processing protein RimM  28.74 
 
 
177 aa  73.2  0.000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0987  16S rRNA processing protein RimM  28.98 
 
 
184 aa  72  0.000000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000000842356  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1289  16S rRNA processing protein RimM  30.39 
 
 
182 aa  72  0.000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.611954  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  31.67 
 
 
180 aa  71.2  0.000000000007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  23.39 
 
 
174 aa  71.2  0.000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  31.76 
 
 
176 aa  70.5  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1016  16S rRNA processing protein RimM  33.13 
 
 
169 aa  70.5  0.00000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000810353  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4627  16S rRNA-processing protein RimM  28.78 
 
 
208 aa  70.9  0.00000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  24.12 
 
 
171 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1096  16S rRNA processing protein RimM  38.39 
 
 
152 aa  70.5  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0393461  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0934  16S rRNA-processing protein RimM  27.49 
 
 
184 aa  69.7  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0565923 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  27.81 
 
 
176 aa  69.7  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0164  16S rRNA processing protein RimM  33.15 
 
 
217 aa  70.1  0.00000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.199907  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  31.98 
 
 
204 aa  69.7  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  26.51 
 
 
169 aa  70.1  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1371  16S rRNA processing protein RimM  25.88 
 
 
179 aa  69.3  0.00000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000034435  normal  0.381877 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  30.18 
 
 
169 aa  68.6  0.00000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  23.53 
 
 
171 aa  68.6  0.00000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4117  16S rRNA-processing protein RimM  31.28 
 
 
186 aa  68.2  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  28.66 
 
 
199 aa  68.2  0.00000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  26.35 
 
 
169 aa  68.2  0.00000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  30.06 
 
 
185 aa  67.8  0.00000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  26.47 
 
 
173 aa  67.8  0.00000000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2085  16S rRNA processing protein RimM  32.94 
 
 
172 aa  67.4  0.0000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3758  16S rRNA processing protein RimM  30.72 
 
 
170 aa  67.4  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0504856  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  23.7 
 
 
171 aa  67  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  22.35 
 
 
171 aa  67.4  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1578  16S rRNA-processing protein RimM  28.48 
 
 
176 aa  67.4  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.637772  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  26.22 
 
 
169 aa  67  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1300  16S rRNA processing protein RimM  26.95 
 
 
174 aa  67  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  22.35 
 
 
171 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  22.35 
 
 
171 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  22.35 
 
 
171 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  22.35 
 
 
171 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  22.35 
 
 
171 aa  67  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  27.06 
 
 
174 aa  66.6  0.0000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  27.22 
 
 
176 aa  66.2  0.0000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  27.22 
 
 
176 aa  66.2  0.0000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1535  16S rRNA processing protein RimM  25.47 
 
 
166 aa  66.2  0.0000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00265207  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1803  16S rRNA processing protein RimM  25.57 
 
 
178 aa  66.6  0.0000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000356142  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1105  16S rRNA-processing protein RimM  28.34 
 
 
193 aa  65.5  0.0000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1485  16S rRNA-processing protein RimM  31.11 
 
 
178 aa  65.5  0.0000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0783305  normal  0.767745 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  29.41 
 
 
197 aa  65.5  0.0000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4078  16S rRNA-processing protein RimM  30.73 
 
 
186 aa  65.5  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  24.69 
 
 
167 aa  65.5  0.0000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  26.59 
 
 
187 aa  65.1  0.0000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>