More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TRQ2_1231 on replicon NC_010483
Organism: Thermotoga sp. RQ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
176 aa  352  2e-96  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
176 aa  352  2e-96  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0322  16S rRNA processing protein RimM  43.75 
 
 
185 aa  163  1.0000000000000001e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00023377  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0648  16S rRNA processing protein RimM  42.05 
 
 
177 aa  151  4e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1803  16S rRNA processing protein RimM  38.98 
 
 
178 aa  140  9.999999999999999e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000356142  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1535  16S rRNA processing protein RimM  39.88 
 
 
166 aa  114  6.9999999999999995e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00265207  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  36.02 
 
 
173 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  37.65 
 
 
172 aa  107  6e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2999  16S rRNA processing protein RimM  32.93 
 
 
176 aa  105  4e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000783686  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3041  16S rRNA processing protein RimM  32.93 
 
 
176 aa  105  4e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000787897  normal  0.907916 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  35.88 
 
 
182 aa  105  5e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 
184 aa  104  8e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  38.27 
 
 
172 aa  104  8e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  34.71 
 
 
182 aa  103  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3429  16S rRNA processing protein RimM  34.64 
 
 
172 aa  103  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000572848  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  33.99 
 
 
172 aa  102  3e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03479  16S rRNA-processing protein RimM  34.86 
 
 
182 aa  101  4e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002537  16S rRNA processing protein RimM  34.86 
 
 
182 aa  102  4e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00116484  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  34.13 
 
 
169 aa  101  5e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0853  16S rRNA-processing protein RimM  32.56 
 
 
182 aa  98.6  4e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000199239  hitchhiker  0.0000659128 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2279  16S rRNA-processing protein RimM  34.3 
 
 
175 aa  98.6  4e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0459452  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  28.9 
 
 
182 aa  98.6  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  36.36 
 
 
169 aa  98.2  5e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  32.93 
 
 
176 aa  98.2  6e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1384  16S rRNA-processing protein RimM  34.76 
 
 
172 aa  97.8  6e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00157124  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  32.1 
 
 
171 aa  97.4  8e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  28.9 
 
 
182 aa  97.1  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  28.9 
 
 
182 aa  97.1  1e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  36.09 
 
 
167 aa  95.9  2e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  32.1 
 
 
171 aa  96.3  2e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  36.09 
 
 
167 aa  95.9  2e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  32.72 
 
 
171 aa  96.7  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  32.72 
 
 
171 aa  96.7  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  30.54 
 
 
174 aa  95.9  3e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  30.25 
 
 
167 aa  95.5  3e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  31.71 
 
 
176 aa  95.5  3e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  32.34 
 
 
176 aa  95.1  5e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  33.13 
 
 
173 aa  94.7  7e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  32.08 
 
 
179 aa  94.4  8e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0890  16S rRNA-processing protein RimM  34.73 
 
 
176 aa  94.4  8e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000503781  normal  0.334216 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1160  16S rRNA-processing protein RimM  33.13 
 
 
176 aa  93.6  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000339506  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  31.48 
 
 
171 aa  92.8  2e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  31.48 
 
 
171 aa  92.8  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  31.48 
 
 
171 aa  92.8  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  31.48 
 
 
171 aa  92.8  2e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  29.07 
 
 
183 aa  93.2  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  29.07 
 
 
183 aa  93.2  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  29.07 
 
 
183 aa  93.2  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  31.48 
 
 
171 aa  92.8  2e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  29.07 
 
 
183 aa  93.2  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  29.07 
 
 
183 aa  93.2  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  32 
 
 
171 aa  92.4  3e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1682  16S rRNA-processing protein RimM  34.52 
 
 
165 aa  92.4  3e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00118486  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  30.64 
 
 
179 aa  92  4e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  29.29 
 
 
183 aa  91.7  4e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  29.29 
 
 
183 aa  91.7  4e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  29.29 
 
 
182 aa  91.7  5e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  29.29 
 
 
182 aa  91.7  5e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  29.29 
 
 
182 aa  91.7  5e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  29.29 
 
 
182 aa  91.7  5e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  32.34 
 
 
176 aa  91.7  5e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  29.29 
 
 
182 aa  91.7  5e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  29.29 
 
 
182 aa  91.7  5e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1964  16S rRNA-processing protein RimM  35.47 
 
 
165 aa  91.7  5e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 
182 aa  91.3  7e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  31.14 
 
 
176 aa  90.9  8e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  30.72 
 
 
179 aa  90.9  8e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0970  16S rRNA-processing protein RimM  36.25 
 
 
169 aa  90.9  9e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000015249  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07320  16S rRNA processing protein RimM  33.53 
 
 
170 aa  90.9  9e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238844  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  34.94 
 
 
167 aa  90.1  1e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0659  16S rRNA processing protein RimM  32.08 
 
 
170 aa  90.5  1e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110024  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  30.13 
 
 
177 aa  90.1  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1355  16S rRNA-processing protein RimM  31.55 
 
 
172 aa  89.7  2e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000868178  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  30.64 
 
 
178 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2869  16S rRNA processing protein RimM  30.67 
 
 
173 aa  89  3e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257467  hitchhiker  0.000000637329 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  32.89 
 
 
169 aa  89  3e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1199  16S rRNA processing protein RimM  32.7 
 
 
173 aa  89  3e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000995465  normal  0.109334 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  30.3 
 
 
168 aa  89  3e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  31.65 
 
 
178 aa  88.6  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1479  16S rRNA-processing protein RimM  36.17 
 
 
173 aa  89  4e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  31.65 
 
 
178 aa  88.6  5e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  30.43 
 
 
178 aa  88.2  5e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1020  16S rRNA-processing protein RimM  31.45 
 
 
178 aa  88.2  6e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104306  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1169  16S rRNA-processing protein RimM  30.54 
 
 
176 aa  87.8  7e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549178  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4156  16S rRNA-processing protein RimM  31.65 
 
 
178 aa  87.4  8e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12723  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3202  16S rRNA-processing protein RimM  28.24 
 
 
182 aa  87.4  8e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0025103  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  31.1 
 
 
175 aa  87  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3089  16S rRNA-processing protein RimM  31.43 
 
 
177 aa  87  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.157411  normal  0.0618284 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1494  16S rRNA processing protein RimM  34.64 
 
 
172 aa  87  1e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0136988  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1125  16S rRNA-processing protein RimM  27.65 
 
 
182 aa  87  1e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1659  16S rRNA-processing protein RimM  31.1 
 
 
171 aa  86.7  2e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1211  16S rRNA-processing protein RimM  30.54 
 
 
176 aa  85.5  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000458928  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1255  16S rRNA-processing protein RimM  30.54 
 
 
176 aa  85.5  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000416795  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  31.01 
 
 
178 aa  85.9  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1288  16S rRNA-processing protein RimM  30.54 
 
 
176 aa  85.5  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000110365  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2837  16S rRNA-processing protein RimM  31.14 
 
 
176 aa  85.5  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000499984  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2919  16S rRNA-processing protein RimM  31.14 
 
 
176 aa  85.5  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000363709  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3016  16S rRNA-processing protein RimM  31.14 
 
 
176 aa  85.5  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000828768  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3102  16S rRNA-processing protein RimM  30.54 
 
 
176 aa  85.5  3e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000126118  normal  0.166795 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1358  16S rRNA-processing protein RimM  30.54 
 
 
177 aa  85.5  4e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>