More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BR1915 on replicon NC_004310
Organism: Brucella suis 1330



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
189 aa  377  1e-104  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
189 aa  377  1e-104  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  86.7 
 
 
189 aa  330  5e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  59.57 
 
 
221 aa  228  4e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  57.29 
 
 
189 aa  214  5.9999999999999996e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  56.61 
 
 
189 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  61.24 
 
 
206 aa  202  2e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  50.52 
 
 
212 aa  182  2.0000000000000003e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  51.19 
 
 
191 aa  166  2e-40  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  48.1 
 
 
198 aa  143  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  47.5 
 
 
201 aa  142  4e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  45.68 
 
 
176 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  46.91 
 
 
176 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  45.57 
 
 
173 aa  136  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  45.57 
 
 
173 aa  135  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  44.3 
 
 
182 aa  135  4e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  46.79 
 
 
199 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  43.83 
 
 
176 aa  132  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  45.09 
 
 
224 aa  131  7.999999999999999e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  46.01 
 
 
223 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  46.01 
 
 
223 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  42.24 
 
 
176 aa  123  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  42.59 
 
 
204 aa  122  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  40.49 
 
 
188 aa  120  9e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  43.56 
 
 
231 aa  118  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  40.49 
 
 
185 aa  115  3e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  44.44 
 
 
185 aa  115  3.9999999999999997e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  42.5 
 
 
167 aa  114  6e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  38.32 
 
 
169 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  37.5 
 
 
169 aa  107  9.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  37.5 
 
 
169 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  39.16 
 
 
187 aa  105  3e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  38.06 
 
 
168 aa  105  5e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  38.99 
 
 
166 aa  105  5e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  37.13 
 
 
200 aa  105  5e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  37.58 
 
 
171 aa  99.4  3e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3353  16S rRNA-processing protein RimM  41.83 
 
 
173 aa  95.9  3e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.170561 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  39.74 
 
 
157 aa  95.1  6e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1406  16S rRNA processing protein RimM  37.5 
 
 
166 aa  94.4  9e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.502149  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  36.42 
 
 
163 aa  94.4  1e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
173 aa  93.6  2e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  38.95 
 
 
171 aa  92.4  3e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  33.71 
 
 
178 aa  92  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3277  16S rRNA processing protein RimM  34.97 
 
 
188 aa  92.4  4e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.399714  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  33.71 
 
 
178 aa  92  5e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  35.09 
 
 
178 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1020  16S rRNA-processing protein RimM  33.71 
 
 
178 aa  89.7  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104306  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  39.02 
 
 
172 aa  89.4  3e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2152  16S rRNA processing protein RimM  41.03 
 
 
169 aa  88.6  4e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.523891  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0002  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 
175 aa  89  4e-17  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 
178 aa  88.6  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  32.92 
 
 
176 aa  87.4  1e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  37.82 
 
 
170 aa  87  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1125  16S rRNA-processing protein RimM  31.76 
 
 
182 aa  87  1e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4156  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 
178 aa  87  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12723  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3202  16S rRNA-processing protein RimM  31.76 
 
 
182 aa  86.7  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0025103  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2869  16S rRNA processing protein RimM  35.19 
 
 
173 aa  85.9  3e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257467  hitchhiker  0.000000637329 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  37.42 
 
 
171 aa  85.5  4e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  37.5 
 
 
180 aa  85.9  4e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  34.78 
 
 
181 aa  84.7  6e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  34.97 
 
 
182 aa  84.7  6e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 
182 aa  84.7  7e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  33.96 
 
 
173 aa  84.7  7e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  32.95 
 
 
176 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  31.9 
 
 
189 aa  83.6  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  35.44 
 
 
181 aa  84.3  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
178 aa  83.6  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  29.89 
 
 
182 aa  83.6  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  32.35 
 
 
182 aa  82.8  0.000000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
169 aa  82.4  0.000000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  33.15 
 
 
175 aa  81.3  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  32.95 
 
 
179 aa  81.3  0.000000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  29.31 
 
 
183 aa  81.3  0.000000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  29.31 
 
 
183 aa  81.3  0.000000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  29.31 
 
 
182 aa  81.3  0.000000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  29.31 
 
 
182 aa  81.3  0.000000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  29.31 
 
 
182 aa  81.3  0.000000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  29.31 
 
 
182 aa  81.3  0.000000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  29.31 
 
 
182 aa  81.3  0.000000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  29.31 
 
 
182 aa  81.3  0.000000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  35.71 
 
 
180 aa  80.5  0.00000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1160  16S rRNA-processing protein RimM  30.64 
 
 
176 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000339506  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  29.31 
 
 
182 aa  80.9  0.00000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  29.31 
 
 
182 aa  80.5  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  32.77 
 
 
187 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  32.12 
 
 
176 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  29.31 
 
 
182 aa  80.5  0.00000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  33.15 
 
 
175 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  36.36 
 
 
200 aa  80.1  0.00000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0130  16S rRNA-processing protein RimM  35.33 
 
 
177 aa  79.7  0.00000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0512614  normal  0.0110832 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1054  RimM protein for 16S rRNA processing  31.96 
 
 
204 aa  79.7  0.00000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1204  16S rRNA-processing protein RimM  34.1 
 
 
183 aa  80.1  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00134678  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3089  16S rRNA-processing protein RimM  31.18 
 
 
177 aa  79.7  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.157411  normal  0.0618284 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  28.74 
 
 
183 aa  79  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  28.74 
 
 
183 aa  79  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  28.74 
 
 
183 aa  79  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  28.74 
 
 
183 aa  79  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  28.74 
 
 
183 aa  79  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  31.33 
 
 
176 aa  79.7  0.00000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2005  16S rRNA processing protein RimM  27.49 
 
 
178 aa  78.6  0.00000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000559239  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>