More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3491 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
172 aa  341  4e-93  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3429  16S rRNA processing protein RimM  95.93 
 
 
172 aa  327  5.0000000000000004e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000572848  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  66.67 
 
 
173 aa  238  2.9999999999999997e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2869  16S rRNA processing protein RimM  54.91 
 
 
173 aa  182  2.0000000000000003e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257467  hitchhiker  0.000000637329 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0645  16S rRNA processing protein RimM  52.12 
 
 
172 aa  166  2e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0229573  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  43.18 
 
 
176 aa  142  2e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2307  16S rRNA processing protein RimM  43.86 
 
 
170 aa  131  5e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00013128  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2999  16S rRNA processing protein RimM  39.26 
 
 
176 aa  131  5e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000783686  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3041  16S rRNA processing protein RimM  39.26 
 
 
176 aa  131  5e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000787897  normal  0.907916 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  38.92 
 
 
174 aa  120  7e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  37.95 
 
 
169 aa  120  9e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1096  16S rRNA processing protein RimM  42.38 
 
 
152 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0393461  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1371  16S rRNA processing protein RimM  39.64 
 
 
179 aa  113  2.0000000000000002e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000034435  normal  0.381877 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  36.75 
 
 
169 aa  109  2.0000000000000002e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03479  16S rRNA-processing protein RimM  39.66 
 
 
182 aa  107  9.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  38.24 
 
 
182 aa  106  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  38.24 
 
 
182 aa  105  2e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002537  16S rRNA processing protein RimM  37.93 
 
 
182 aa  105  3e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00116484  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0659  16S rRNA processing protein RimM  40.61 
 
 
170 aa  105  4e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110024  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  35.88 
 
 
182 aa  103  8e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  33.99 
 
 
176 aa  102  2e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0970  16S rRNA-processing protein RimM  33.72 
 
 
169 aa  103  2e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000015249  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  33.99 
 
 
176 aa  102  2e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  38.22 
 
 
184 aa  101  4e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0847  16S rRNA processing protein RimM  37.58 
 
 
167 aa  102  4e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  35.88 
 
 
182 aa  101  5e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  35.88 
 
 
182 aa  101  5e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  32.16 
 
 
171 aa  101  6e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  35.29 
 
 
182 aa  100  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  35.29 
 
 
182 aa  100  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  35.29 
 
 
182 aa  100  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  35.29 
 
 
183 aa  100  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  35.29 
 
 
182 aa  100  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  35.29 
 
 
182 aa  100  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  35.29 
 
 
182 aa  100  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  35.29 
 
 
183 aa  100  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  34.68 
 
 
183 aa  99.4  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  34.88 
 
 
176 aa  99.8  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  34.68 
 
 
183 aa  99.4  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  34.68 
 
 
183 aa  99.4  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  34.71 
 
 
182 aa  99.8  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  34.68 
 
 
183 aa  99.4  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  34.68 
 
 
183 aa  99.4  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  36.25 
 
 
174 aa  98.6  3e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  32.16 
 
 
171 aa  98.2  4e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3202  16S rRNA-processing protein RimM  36.47 
 
 
182 aa  98.6  4e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0025103  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1125  16S rRNA-processing protein RimM  36.47 
 
 
182 aa  98.6  4e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  32.37 
 
 
171 aa  98.2  5e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  35.63 
 
 
172 aa  97.8  6e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  32.37 
 
 
171 aa  97.8  7e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  32.37 
 
 
171 aa  97.8  7e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  32.37 
 
 
171 aa  97.8  7e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  32.37 
 
 
171 aa  97.8  7e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1494  16S rRNA processing protein RimM  37.79 
 
 
172 aa  97.4  7e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0136988  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0890  16S rRNA-processing protein RimM  34.91 
 
 
176 aa  97.4  8e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000503781  normal  0.334216 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1803  16S rRNA processing protein RimM  33.13 
 
 
178 aa  97.4  9e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000356142  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  31.98 
 
 
171 aa  96.7  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3089  16S rRNA-processing protein RimM  35.29 
 
 
177 aa  96.7  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.157411  normal  0.0618284 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
171 aa  96.7  1e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  33.54 
 
 
167 aa  97.1  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  32.16 
 
 
171 aa  95.1  4e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  34.76 
 
 
167 aa  94.7  5e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  34.97 
 
 
169 aa  94.4  7e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  34.48 
 
 
176 aa  94.4  8e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3758  16S rRNA processing protein RimM  34.94 
 
 
170 aa  94.4  8e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0504856  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2259  16S rRNA processing protein RimM  34.78 
 
 
175 aa  94  9e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00362767  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0322  16S rRNA processing protein RimM  30.92 
 
 
185 aa  94  1e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00023377  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  32.14 
 
 
168 aa  93.2  2e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  33.73 
 
 
176 aa  92.4  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  37.25 
 
 
175 aa  92.8  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  34.76 
 
 
179 aa  92.8  2e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  33.53 
 
 
179 aa  92.4  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0853  16S rRNA-processing protein RimM  35.44 
 
 
182 aa  91.7  4e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000199239  hitchhiker  0.0000659128 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 
179 aa  91.7  5e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  32.93 
 
 
167 aa  91.3  5e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0074  16S rRNA-processing protein RimM  33.75 
 
 
170 aa  91.7  5e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  32.93 
 
 
167 aa  91.3  5e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  31.58 
 
 
169 aa  90.9  7e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0570  16S rRNA-processing protein RimM  31.68 
 
 
168 aa  90.9  7e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.115494  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0088  16S rRNA-processing protein RimM  33.75 
 
 
170 aa  90.9  8e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  34.52 
 
 
177 aa  90.9  8e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02148  16S rRNA-processing protein RimM  35.29 
 
 
180 aa  89.4  2e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.899687  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0036  16S rRNA processing protein RimM  31.79 
 
 
175 aa  89.7  2e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.181086  normal  0.177131 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  30.91 
 
 
182 aa  89.4  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
178 aa  89  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  32.92 
 
 
189 aa  89  3e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  28.74 
 
 
182 aa  89  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3769  16S rRNA processing protein RimM  31.76 
 
 
181 aa  89  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000000183564  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  35.19 
 
 
175 aa  89.4  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0428  16S rRNA processing protein RimM  32.93 
 
 
169 aa  89  3e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.709959  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2222  16S rRNA processing protein  31.55 
 
 
175 aa  88.6  4e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.646e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
178 aa  88.6  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  33.95 
 
 
178 aa  88.6  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2279  16S rRNA-processing protein RimM  35.84 
 
 
175 aa  88.6  4e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0459452  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1199  16S rRNA processing protein RimM  32.35 
 
 
173 aa  88.2  5e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000995465  normal  0.109334 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  37.06 
 
 
175 aa  88.2  5e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1020  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
178 aa  87.8  6e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104306  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  35.19 
 
 
175 aa  87.8  6e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  32.03 
 
 
170 aa  87.8  7e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  32.54 
 
 
176 aa  87.8  7e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>