More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_2999 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_2999  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
176 aa  350  5e-96  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000783686  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3041  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
176 aa  350  5e-96  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000787897  normal  0.907916 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  39.26 
 
 
172 aa  131  6e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  40 
 
 
173 aa  128  4.0000000000000003e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3429  16S rRNA processing protein RimM  37.42 
 
 
172 aa  125  4.0000000000000003e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000572848  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  36.75 
 
 
177 aa  112  4.0000000000000004e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  35.12 
 
 
176 aa  111  4.0000000000000004e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2869  16S rRNA processing protein RimM  36.14 
 
 
173 aa  108  4.0000000000000004e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257467  hitchhiker  0.000000637329 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  39.64 
 
 
176 aa  108  5e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  32.1 
 
 
168 aa  106  1e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1371  16S rRNA processing protein RimM  35.29 
 
 
179 aa  106  2e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000034435  normal  0.381877 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  32.93 
 
 
176 aa  105  4e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  32.93 
 
 
176 aa  105  4e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1096  16S rRNA processing protein RimM  39.33 
 
 
152 aa  104  6e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0393461  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0645  16S rRNA processing protein RimM  35.58 
 
 
172 aa  104  7e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0229573  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  34.32 
 
 
179 aa  104  7e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1535  16S rRNA processing protein RimM  33.75 
 
 
166 aa  102  3e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00265207  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  32.12 
 
 
171 aa  102  4e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  32.14 
 
 
171 aa  102  4e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  31.52 
 
 
171 aa  101  5e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 
172 aa  101  6e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  31.52 
 
 
171 aa  101  6e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  31.52 
 
 
171 aa  101  7e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  31.52 
 
 
171 aa  101  7e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  31.52 
 
 
171 aa  101  7e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  31.52 
 
 
171 aa  101  7e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3015  16S rRNA-processing protein RimM  37.58 
 
 
184 aa  100  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00120588  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  33.53 
 
 
169 aa  99  3e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  30.91 
 
 
171 aa  99  3e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  32.34 
 
 
169 aa  99.4  3e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1803  16S rRNA processing protein RimM  32.12 
 
 
178 aa  97.8  7e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000356142  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0659  16S rRNA processing protein RimM  35.29 
 
 
170 aa  97.8  7e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110024  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2259  16S rRNA processing protein RimM  36.25 
 
 
175 aa  97.1  1e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00362767  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1494  16S rRNA processing protein RimM  37.79 
 
 
172 aa  96.7  1e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0136988  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1199  16S rRNA processing protein RimM  31.52 
 
 
173 aa  95.9  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000995465  normal  0.109334 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  30.91 
 
 
171 aa  96.7  2e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 
172 aa  96.3  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2307  16S rRNA processing protein RimM  36.59 
 
 
170 aa  95.5  4e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00013128  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_505  16S rRNA processing protein RimM  32.52 
 
 
166 aa  94.4  7e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000191939  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2005  16S rRNA processing protein RimM  35.23 
 
 
178 aa  93.6  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000559239  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0885  16S rRNA processing protein RimM  33.54 
 
 
170 aa  94  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.230501  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2279  16S rRNA-processing protein RimM  35.58 
 
 
175 aa  93.2  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0459452  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  34.55 
 
 
175 aa  92  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  32.73 
 
 
178 aa  91.7  6e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  31.76 
 
 
166 aa  91.3  6e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0648  16S rRNA processing protein RimM  29.27 
 
 
177 aa  90.9  1e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  30.54 
 
 
174 aa  90.5  1e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  32.39 
 
 
182 aa  90.5  1e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  33.94 
 
 
175 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  32.79 
 
 
182 aa  90.1  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1965  16S rRNA processing protein RimM  35.93 
 
 
164 aa  89.7  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.863851  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0074  16S rRNA-processing protein RimM  36.08 
 
 
170 aa  89  3e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0428  16S rRNA processing protein RimM  36.2 
 
 
169 aa  89  3e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.709959  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0566  16S rRNA processing protein RimM  30.06 
 
 
167 aa  88.6  4e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00173533  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0970  16S rRNA-processing protein RimM  28.14 
 
 
169 aa  89  4e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000015249  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2050  16S rRNA processing protein RimM  35.93 
 
 
164 aa  88.2  5e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.222222  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3855  16S rRNA processing protein RimM  39.42 
 
 
106 aa  88.2  6e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.46605e-63 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  33.88 
 
 
182 aa  88.2  6e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1355  16S rRNA-processing protein RimM  31.4 
 
 
172 aa  87.8  8e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000868178  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  31.33 
 
 
169 aa  87  1e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  30.3 
 
 
179 aa  86.3  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3769  16S rRNA processing protein RimM  31.67 
 
 
181 aa  86.3  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000000183564  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  31.25 
 
 
179 aa  86.7  2e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  29.52 
 
 
176 aa  86.3  2e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  34.5 
 
 
176 aa  85.9  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  32.53 
 
 
176 aa  85.9  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0088  16S rRNA-processing protein RimM  34.81 
 
 
170 aa  85.9  3e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  33.54 
 
 
170 aa  85.1  4e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0847  16S rRNA processing protein RimM  34.13 
 
 
167 aa  85.1  5e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0570  16S rRNA-processing protein RimM  34.76 
 
 
168 aa  85.1  5e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.115494  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 
173 aa  85.1  5e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  29.55 
 
 
176 aa  85.1  5e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  32 
 
 
178 aa  84.7  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  30.91 
 
 
178 aa  84.7  6e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1020  16S rRNA-processing protein RimM  32.76 
 
 
178 aa  84.7  6e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104306  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1474  16S rRNA-processing protein RimM  27.65 
 
 
184 aa  84.7  6e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  32.2 
 
 
167 aa  84.7  6e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  32 
 
 
178 aa  84.7  6e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0118  16S rRNA processing protein RimM  25 
 
 
184 aa  84.3  7e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.561423 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  29.7 
 
 
179 aa  84.3  8e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  32.94 
 
 
210 aa  84.3  8e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2753  16S rRNA-processing protein RimM  28.98 
 
 
176 aa  84  9e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000227208  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  31.74 
 
 
167 aa  83.6  0.000000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1914  16S rRNA processing protein RimM  35.33 
 
 
163 aa  83.6  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  27.75 
 
 
187 aa  83.6  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2919  16S rRNA-processing protein RimM  28.74 
 
 
176 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000569736  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1479  16S rRNA-processing protein RimM  30.72 
 
 
173 aa  84  0.000000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0551  16S rRNA-processing protein RimM  31.52 
 
 
168 aa  82.4  0.000000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  2.44188e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0682  16S rRNA-processing protein RimM  31.18 
 
 
194 aa  82.4  0.000000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1630  16S rRNA-processing protein RimM  31.52 
 
 
168 aa  82.4  0.000000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000568977  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2051  16S rRNA processing protein RimM  27.88 
 
 
167 aa  82.4  0.000000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0322  16S rRNA processing protein RimM  27.5 
 
 
185 aa  82  0.000000000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00023377  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2222  16S rRNA processing protein  33.15 
 
 
175 aa  82  0.000000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.646e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  29.55 
 
 
191 aa  81.6  0.000000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1301  16S rRNA processing protein RimM  31.87 
 
 
162 aa  81.6  0.000000000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0244939  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2581  16S rRNA processing protein RimM  28.9 
 
 
186 aa  81.6  0.000000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00383976  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  30.27 
 
 
182 aa  81.3  0.000000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  28.98 
 
 
176 aa  81.3  0.000000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0540  16S rRNA processing protein RimM  31.29 
 
 
166 aa  80.9  0.000000000000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000769846  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  29.55 
 
 
176 aa  80.9  0.000000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>