210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_0118 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_0118  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
184 aa  373  1e-103  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.561423 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2581  16S rRNA processing protein RimM  40.91 
 
 
186 aa  149  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00383976  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1385  16S rRNA processing protein RimM  37.36 
 
 
197 aa  141  5e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.166858  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04645  16S rRNA processing protein  33.33 
 
 
174 aa  112  2.0000000000000002e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1300  16S rRNA processing protein RimM  34.48 
 
 
174 aa  107  1e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0104  16S rRNA processing protein RimM  32.57 
 
 
177 aa  102  3e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0036  16S rRNA processing protein RimM  31.43 
 
 
175 aa  97.1  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.181086  normal  0.177131 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2999  16S rRNA processing protein RimM  25 
 
 
176 aa  84.3  8e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000783686  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3041  16S rRNA processing protein RimM  25 
 
 
176 aa  84.3  8e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000787897  normal  0.907916 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  33.9 
 
 
181 aa  79.3  0.00000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  27.84 
 
 
179 aa  78.2  0.00000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  24.57 
 
 
182 aa  77.8  0.00000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3429  16S rRNA processing protein RimM  26.16 
 
 
172 aa  74.7  0.0000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000572848  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  26.16 
 
 
172 aa  73.9  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  25.6 
 
 
173 aa  72.8  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1329  16S rRNA processing protein RimM  28.31 
 
 
173 aa  72.4  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.681853 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  32.39 
 
 
197 aa  71.2  0.000000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0593  hypothetical protein  25.93 
 
 
173 aa  70.5  0.00000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  26.32 
 
 
169 aa  66.6  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  26.78 
 
 
210 aa  66.6  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0645  16S rRNA processing protein RimM  24.42 
 
 
172 aa  65.9  0.0000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0229573  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  28.24 
 
 
182 aa  65.9  0.0000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  26.32 
 
 
169 aa  65.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  30.37 
 
 
200 aa  65.1  0.0000000006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1289  16S rRNA processing protein RimM  25.73 
 
 
182 aa  65.1  0.0000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.611954  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  26.06 
 
 
172 aa  64.7  0.0000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  26.99 
 
 
169 aa  63.2  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  22.29 
 
 
176 aa  63.5  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2874  16S rRNA processing protein RimM  25.29 
 
 
209 aa  62.8  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1096  16S rRNA processing protein RimM  25.33 
 
 
152 aa  62.8  0.000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0393461  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1365  16S rRNA-processing protein RimM  25.3 
 
 
175 aa  62  0.000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.887328 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  28.24 
 
 
176 aa  62.4  0.000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1371  16S rRNA processing protein RimM  25.57 
 
 
179 aa  61.6  0.000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000034435  normal  0.381877 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  23.95 
 
 
182 aa  61.2  0.000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0803  16S rRNA processing protein RimM  27.04 
 
 
167 aa  61.2  0.000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3758  16S rRNA processing protein RimM  26.04 
 
 
170 aa  60.5  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0504856  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0659  16S rRNA processing protein RimM  25.75 
 
 
170 aa  60.5  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110024  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  25.15 
 
 
169 aa  60.5  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2869  16S rRNA processing protein RimM  23.12 
 
 
173 aa  59.7  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257467  hitchhiker  0.000000637329 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  25.29 
 
 
169 aa  60.5  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  23.57 
 
 
173 aa  59.3  0.00000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  25.61 
 
 
171 aa  58.9  0.00000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  26.06 
 
 
172 aa  58.2  0.00000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  25.15 
 
 
187 aa  58.2  0.00000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1803  16S rRNA processing protein RimM  29.56 
 
 
178 aa  58.5  0.00000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000356142  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  26.06 
 
 
179 aa  57.8  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0566  16S rRNA processing protein RimM  22.42 
 
 
167 aa  57.8  0.00000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00173533  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2753  16S rRNA-processing protein RimM  28.14 
 
 
176 aa  57.8  0.00000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000227208  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  25.77 
 
 
169 aa  57.8  0.00000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  24.86 
 
 
166 aa  57.8  0.00000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  27.44 
 
 
167 aa  57.4  0.0000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  25 
 
 
173 aa  57.4  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1801  16S rRNA processing protein RimM  22.02 
 
 
168 aa  57  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165752  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00330  16S rRNA processing protein RimM  30.53 
 
 
234 aa  57  0.0000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000114022  hitchhiker  0.0000000000400055 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  26.79 
 
 
182 aa  57.4  0.0000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1664  16S rRNA processing protein RimM  23.98 
 
 
178 aa  57.4  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0329621  hitchhiker  0.00376352 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  25 
 
 
171 aa  57  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  26.06 
 
 
179 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1415  16S rRNA processing protein RimM  26.63 
 
 
181 aa  56.2  0.0000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000206982  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  25 
 
 
171 aa  56.2  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10990  16S rRNA processing protein RimM  27.78 
 
 
185 aa  57  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000722638  unclonable  0.00000000154535 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1523  16S rRNA processing protein RimM  27.04 
 
 
167 aa  56.6  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000298148  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0648  16S rRNA processing protein RimM  23.95 
 
 
177 aa  56.6  0.0000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  25.75 
 
 
174 aa  56.6  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  26.35 
 
 
176 aa  56.6  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  25 
 
 
171 aa  55.8  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  25 
 
 
171 aa  55.8  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  25 
 
 
171 aa  55.8  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  26.9 
 
 
175 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  24.71 
 
 
173 aa  56.2  0.0000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  25 
 
 
171 aa  55.8  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  24.85 
 
 
178 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  27.65 
 
 
167 aa  56.2  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  27.65 
 
 
167 aa  56.2  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  25.93 
 
 
178 aa  55.8  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  23.95 
 
 
176 aa  55.5  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  25.93 
 
 
178 aa  55.5  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  25.15 
 
 
167 aa  55.1  0.0000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  25.88 
 
 
176 aa  55.5  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  24.85 
 
 
175 aa  55.1  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  24.71 
 
 
178 aa  54.7  0.0000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2307  16S rRNA processing protein RimM  21.64 
 
 
170 aa  54.7  0.0000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00013128  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1479  16S rRNA-processing protein RimM  26.83 
 
 
173 aa  54.7  0.0000007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_505  16S rRNA processing protein RimM  21.05 
 
 
166 aa  54.3  0.000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000191939  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1964  16S rRNA-processing protein RimM  25.75 
 
 
165 aa  53.9  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2919  16S rRNA-processing protein RimM  25.15 
 
 
176 aa  53.9  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000569736  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  24.4 
 
 
176 aa  53.5  0.000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  25.58 
 
 
170 aa  53.5  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1914  16S rRNA processing protein RimM  26.22 
 
 
163 aa  53.5  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  25.29 
 
 
176 aa  53.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1682  16S rRNA-processing protein RimM  25.75 
 
 
165 aa  53.1  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00118486  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  27.49 
 
 
166 aa  53.1  0.000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  24.4 
 
 
176 aa  53.5  0.000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  24.39 
 
 
171 aa  53.5  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  25.73 
 
 
169 aa  52.8  0.000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1485  16S rRNA-processing protein RimM  26.34 
 
 
178 aa  52.8  0.000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0783305  normal  0.767745 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  25.75 
 
 
171 aa  52.8  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  23.78 
 
 
171 aa  52.8  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  23.78 
 
 
171 aa  52.8  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1169  16S rRNA-processing protein RimM  24.55 
 
 
176 aa  52.4  0.000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549178  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>