More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_2052 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
169 aa  336  9.999999999999999e-92  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1199  16S rRNA processing protein RimM  52.38 
 
 
173 aa  181  6e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000995465  normal  0.109334 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0659  16S rRNA processing protein RimM  52.38 
 
 
170 aa  176  1e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110024  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  44.97 
 
 
169 aa  160  8.000000000000001e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  48.8 
 
 
169 aa  151  4e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  46.43 
 
 
174 aa  150  1e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1494  16S rRNA processing protein RimM  41.67 
 
 
172 aa  142  3e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0136988  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  40.96 
 
 
168 aa  134  5e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  41.92 
 
 
169 aa  133  9.999999999999999e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  40.12 
 
 
171 aa  132  3e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  40.8 
 
 
176 aa  130  1.0000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0970  16S rRNA-processing protein RimM  43.71 
 
 
169 aa  130  1.0000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000015249  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  40 
 
 
172 aa  129  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  39.64 
 
 
171 aa  127  6e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  39.64 
 
 
171 aa  127  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  39.64 
 
 
171 aa  127  8.000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1384  16S rRNA-processing protein RimM  43.53 
 
 
172 aa  124  5e-28  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00157124  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  37.93 
 
 
171 aa  123  1e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  37.93 
 
 
171 aa  123  1e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  37.93 
 
 
171 aa  123  1e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  37.93 
 
 
171 aa  123  1e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  37.93 
 
 
171 aa  123  1e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  40.85 
 
 
166 aa  123  1e-27  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  43.98 
 
 
167 aa  122  2e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  37.93 
 
 
171 aa  122  3e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1355  16S rRNA-processing protein RimM  40.48 
 
 
172 aa  121  5e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000868178  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_505  16S rRNA processing protein RimM  40.12 
 
 
166 aa  120  9.999999999999999e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000191939  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0566  16S rRNA processing protein RimM  41.32 
 
 
167 aa  119  3e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00173533  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0540  16S rRNA processing protein RimM  44.05 
 
 
166 aa  119  3e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000769846  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  38.15 
 
 
172 aa  118  4.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  37.72 
 
 
177 aa  117  9.999999999999999e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  37.72 
 
 
173 aa  115  1.9999999999999998e-25  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07320  16S rRNA processing protein RimM  36.69 
 
 
170 aa  115  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238844  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1535  16S rRNA processing protein RimM  40.24 
 
 
166 aa  115  3e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00265207  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1371  16S rRNA processing protein RimM  40.48 
 
 
179 aa  112  3e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000034435  normal  0.381877 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1289  16S rRNA processing protein RimM  36.09 
 
 
182 aa  111  4.0000000000000004e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.611954  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1659  16S rRNA-processing protein RimM  36.09 
 
 
171 aa  111  4.0000000000000004e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1415  16S rRNA processing protein RimM  38.37 
 
 
181 aa  109  2.0000000000000002e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000206982  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3758  16S rRNA processing protein RimM  36.59 
 
 
170 aa  107  7.000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0504856  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  35.12 
 
 
179 aa  106  2e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1664  16S rRNA processing protein RimM  34.91 
 
 
178 aa  105  3e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0329621  hitchhiker  0.00376352 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2999  16S rRNA processing protein RimM  33.53 
 
 
176 aa  99  3e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000783686  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3041  16S rRNA processing protein RimM  33.53 
 
 
176 aa  99  3e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000787897  normal  0.907916 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  36.36 
 
 
176 aa  98.2  4e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  36.36 
 
 
176 aa  98.2  4e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  34.94 
 
 
167 aa  98.2  5e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  34.94 
 
 
167 aa  98.2  5e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  31.58 
 
 
180 aa  97.8  7e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  35.54 
 
 
167 aa  97.4  8e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1016  16S rRNA processing protein RimM  31.33 
 
 
169 aa  95.9  3e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000810353  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1293  16S rRNA processing protein RimM  34.68 
 
 
169 aa  95.5  3e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000894981  normal  0.803159 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1301  16S rRNA processing protein RimM  35.37 
 
 
162 aa  94  1e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0244939  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  31.4 
 
 
172 aa  93.2  2e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  29.59 
 
 
174 aa  92.4  3e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1682  16S rRNA-processing protein RimM  36.54 
 
 
165 aa  91.7  4e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00118486  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1803  16S rRNA processing protein RimM  34.57 
 
 
178 aa  91.3  5e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000356142  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  31.58 
 
 
172 aa  90.9  7e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  29.09 
 
 
171 aa  90.1  1e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  33.91 
 
 
176 aa  90.1  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1964  16S rRNA-processing protein RimM  35.9 
 
 
165 aa  90.5  1e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 
175 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 
176 aa  89.4  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  30.95 
 
 
173 aa  89.7  2e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  30.95 
 
 
173 aa  89.7  2e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  30.95 
 
 
173 aa  89.7  2e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2307  16S rRNA processing protein RimM  33.92 
 
 
170 aa  88.6  4e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00013128  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1397  16S rRNA processing protein RimM  33.95 
 
 
168 aa  88.2  5e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000193621  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 
175 aa  88.2  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1479  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 
173 aa  88.2  5e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0130  16S rRNA-processing protein RimM  30.86 
 
 
177 aa  87.4  8e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0512614  normal  0.0110832 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  33.53 
 
 
173 aa  87.4  9e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  31.58 
 
 
181 aa  87.4  9e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3855  16S rRNA processing protein RimM  41.51 
 
 
106 aa  86.7  1e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.46605e-63 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0803  16S rRNA processing protein RimM  35.06 
 
 
167 aa  87  1e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1491  16S rRNA processing protein RimM  36.31 
 
 
173 aa  87  1e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0241337  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  28.49 
 
 
173 aa  85.9  2e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1523  16S rRNA processing protein RimM  32.21 
 
 
167 aa  86.3  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000298148  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 
182 aa  85.5  3e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3429  16S rRNA processing protein RimM  30.41 
 
 
172 aa  85.5  3e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000572848  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  28.82 
 
 
174 aa  85.5  3e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  29.52 
 
 
176 aa  85.5  3e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0847  16S rRNA processing protein RimM  32.12 
 
 
167 aa  85.5  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  27.75 
 
 
179 aa  82.8  0.000000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2869  16S rRNA processing protein RimM  29.07 
 
 
173 aa  82.4  0.000000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257467  hitchhiker  0.000000637329 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  27.65 
 
 
172 aa  82.4  0.000000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  30.12 
 
 
178 aa  82  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  31.98 
 
 
179 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 
169 aa  82  0.000000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  29.94 
 
 
178 aa  82  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  30.12 
 
 
178 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0164  16S rRNA processing protein RimM  29.21 
 
 
217 aa  81.6  0.000000000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.199907  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1091  16S rRNA-processing protein RimM  29.61 
 
 
233 aa  81.6  0.000000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.166922  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  27.38 
 
 
173 aa  81.3  0.000000000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  28.74 
 
 
172 aa  80.9  0.000000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  30.46 
 
 
170 aa  80.9  0.000000000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  32.74 
 
 
179 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  29.52 
 
 
178 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4970  16S rRNA processing protein RimM  30.06 
 
 
180 aa  80.5  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  28.9 
 
 
184 aa  80.1  0.00000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4156  16S rRNA-processing protein RimM  29.52 
 
 
178 aa  79.3  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12723  normal  0.417935 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>