More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1403 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
187 aa  376  1e-103  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  71.28 
 
 
191 aa  276  1e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5344  16S rRNA-processing protein RimM  67.74 
 
 
189 aa  271  5.000000000000001e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3354  16S rRNA-processing protein RimM  69.52 
 
 
209 aa  268  2.9999999999999997e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.305815 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2702  16S rRNA-processing protein RimM  68.98 
 
 
190 aa  267  5e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.294971  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1474  16S rRNA-processing protein RimM  71.81 
 
 
184 aa  267  5.9999999999999995e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3940  16S rRNA-processing protein RimM  66.12 
 
 
192 aa  243  9.999999999999999e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.519471 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1691  16S rRNA-processing protein RimM  63.21 
 
 
213 aa  242  1.9999999999999999e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1462  16S rRNA-processing protein RimM  58.55 
 
 
202 aa  232  2.0000000000000002e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1105  16S rRNA-processing protein RimM  57.84 
 
 
193 aa  199  1.9999999999999998e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0682  16S rRNA-processing protein RimM  51.34 
 
 
194 aa  184  9e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2233  16S rRNA-processing protein RimM  48.19 
 
 
223 aa  167  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.347388  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0749  16S rRNA-processing protein RimM  48.11 
 
 
220 aa  166  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0946  16S rRNA-processing protein RimM  47.4 
 
 
237 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.501365  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1070  16S rRNA-processing protein RimM  46.49 
 
 
225 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0584634  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0950  16S rRNA-processing protein RimM  47.4 
 
 
225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1029  16S rRNA-processing protein RimM  46.49 
 
 
225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4184  16S rRNA-processing protein RimM  46.32 
 
 
225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.42162  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2539  16S rRNA-processing protein RimM  45.26 
 
 
221 aa  161  5.0000000000000005e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0591  16S rRNA-processing protein RimM  45.95 
 
 
225 aa  159  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0770  16S rRNA-processing protein RimM  47.12 
 
 
231 aa  158  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.149382  normal  0.116186 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1007  16S rRNA-processing protein RimM  44.79 
 
 
244 aa  157  9e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2976  16S rRNA-processing protein RimM  44.86 
 
 
248 aa  157  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.470421  normal  0.0518366 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1662  16S rRNA-processing protein RimM  44.86 
 
 
229 aa  152  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0934  16S rRNA-processing protein RimM  43.62 
 
 
184 aa  150  7e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0565923 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0918  16S rRNA-processing protein RimM  44.21 
 
 
230 aa  149  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0402  16S rRNA-processing protein RimM  44.21 
 
 
211 aa  149  2e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2967  16S rRNA-processing protein RimM  44.21 
 
 
229 aa  149  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2858  16S rRNA-processing protein RimM  44.21 
 
 
229 aa  149  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.765459  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2544  16S rRNA-processing protein RimM  44.21 
 
 
229 aa  149  2e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0828457  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0229  16S rRNA-processing protein RimM  44.21 
 
 
229 aa  149  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2918  16S rRNA-processing protein RimM  44.21 
 
 
229 aa  149  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0805  16S rRNA-processing protein RimM  42.86 
 
 
184 aa  147  8e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0876  16S rRNA-processing protein RimM  42.86 
 
 
184 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298701  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  40.35 
 
 
189 aa  133  9.999999999999999e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  38.51 
 
 
176 aa  132  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1284  16S rRNA processing protein RimM  39.33 
 
 
184 aa  129  2.0000000000000002e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.270543  normal  0.304592 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0518  16S rRNA processing protein RimM  38.67 
 
 
188 aa  125  4.0000000000000003e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.541026  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2333  16S rRNA processing protein RimM  36.84 
 
 
164 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000377156  normal  0.0588442 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2782  16S rRNA processing protein RimM  38.76 
 
 
172 aa  115  5e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2854  16S rRNA processing protein RimM  35.29 
 
 
171 aa  114  7.999999999999999e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.77473  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  38.51 
 
 
176 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  33.16 
 
 
183 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  33.16 
 
 
183 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  33.16 
 
 
183 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  33.16 
 
 
183 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  33.16 
 
 
183 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  33.16 
 
 
183 aa  112  3e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  33.16 
 
 
183 aa  112  3e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  33.7 
 
 
182 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  33.7 
 
 
182 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  33.7 
 
 
182 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  33.7 
 
 
182 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  33.7 
 
 
182 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  33.7 
 
 
182 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  33.7 
 
 
182 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  32.04 
 
 
182 aa  111  5e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3769  16S rRNA processing protein RimM  30.81 
 
 
181 aa  110  8.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000000183564  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3065  16S rRNA processing protein RimM  36.57 
 
 
170 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000508882  hitchhiker  0.000000546045 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0570  16S rRNA-processing protein RimM  36.78 
 
 
168 aa  109  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.115494  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2475  16S rRNA processing protein RimM  35.09 
 
 
160 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2005  16S rRNA processing protein RimM  39.25 
 
 
178 aa  109  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000559239  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  36.72 
 
 
172 aa  108  3e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  31.49 
 
 
182 aa  109  3e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  31.49 
 
 
182 aa  109  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  33.7 
 
 
182 aa  108  4.0000000000000004e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  32.97 
 
 
182 aa  108  5e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  36.21 
 
 
170 aa  108  5e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  35.63 
 
 
176 aa  108  6e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1630  16S rRNA-processing protein RimM  32.2 
 
 
168 aa  108  6e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000568977  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0551  16S rRNA-processing protein RimM  32.2 
 
 
168 aa  107  7.000000000000001e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  2.44188e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0890  16S rRNA-processing protein RimM  33.71 
 
 
176 aa  107  9.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000503781  normal  0.334216 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0074  16S rRNA-processing protein RimM  33.91 
 
 
170 aa  107  1e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0088  16S rRNA-processing protein RimM  34.48 
 
 
170 aa  106  2e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02148  16S rRNA-processing protein RimM  36.21 
 
 
180 aa  105  4e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.899687  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2018  16S rRNA processing protein RimM  30.46 
 
 
177 aa  105  5e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0112237  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3202  16S rRNA-processing protein RimM  32.22 
 
 
182 aa  105  5e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0025103  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1125  16S rRNA-processing protein RimM  31.67 
 
 
182 aa  104  6e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0294  16S rRNA-processing protein RimM  34.29 
 
 
175 aa  104  7e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000244736  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2321  16S rRNA processing protein RimM  29.89 
 
 
177 aa  104  9e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  31.25 
 
 
176 aa  103  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  37.43 
 
 
175 aa  103  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3089  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
177 aa  103  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.157411  normal  0.0618284 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1160  16S rRNA-processing protein RimM  34.48 
 
 
176 aa  103  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000339506  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2279  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 
175 aa  103  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0459452  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  31.25 
 
 
175 aa  102  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  31.25 
 
 
175 aa  102  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  35.06 
 
 
176 aa  101  7e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3102  16S rRNA-processing protein RimM  34.86 
 
 
176 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000126118  normal  0.166795 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1169  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 
176 aa  100  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549178  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1288  16S rRNA-processing protein RimM  34.86 
 
 
176 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000110365  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1211  16S rRNA-processing protein RimM  34.86 
 
 
176 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000458928  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1578  16S rRNA-processing protein RimM  30.73 
 
 
176 aa  100  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.637772  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1255  16S rRNA-processing protein RimM  34.86 
 
 
176 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000416795  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2259  16S rRNA processing protein RimM  32.56 
 
 
175 aa  100  2e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00362767  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3015  16S rRNA-processing protein RimM  32.95 
 
 
184 aa  99.8  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00120588  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  33.74 
 
 
176 aa  99.4  3e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  31.75 
 
 
184 aa  99.4  3e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2837  16S rRNA-processing protein RimM  32.57 
 
 
176 aa  98.6  4e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000499984  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2919  16S rRNA-processing protein RimM  32.57 
 
 
176 aa  98.6  4e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000363709  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>