More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LEUM_1479 on replicon NC_008531
Organism: Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008531  LEUM_1479  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
173 aa  347  6e-95  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  50.29 
 
 
172 aa  169  1e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  46.43 
 
 
171 aa  162  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  44.85 
 
 
168 aa  161  4.0000000000000004e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  44.64 
 
 
171 aa  160  1e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  45.83 
 
 
171 aa  159  2e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  45.83 
 
 
171 aa  158  3e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  44.64 
 
 
171 aa  158  4e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  44.64 
 
 
171 aa  158  4e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  44.64 
 
 
171 aa  158  4e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  44.64 
 
 
171 aa  158  4e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  47.37 
 
 
172 aa  157  5e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  44.64 
 
 
171 aa  157  8e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  44.64 
 
 
171 aa  150  1e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1659  16S rRNA-processing protein RimM  49.12 
 
 
171 aa  147  8e-35  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  47.59 
 
 
167 aa  142  2e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  43.29 
 
 
166 aa  138  3e-32  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  37.06 
 
 
177 aa  135  3.0000000000000003e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1384  16S rRNA-processing protein RimM  45.88 
 
 
172 aa  135  4e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00157124  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  45.18 
 
 
167 aa  134  9e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  45.18 
 
 
167 aa  134  9e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1355  16S rRNA-processing protein RimM  41.42 
 
 
172 aa  132  1.9999999999999998e-30  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000868178  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  38.1 
 
 
173 aa  121  4e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  34.91 
 
 
169 aa  114  6.9999999999999995e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1371  16S rRNA processing protein RimM  37.87 
 
 
179 aa  108  3e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000034435  normal  0.381877 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1664  16S rRNA processing protein RimM  36.05 
 
 
178 aa  108  4.0000000000000004e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0329621  hitchhiker  0.00376352 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1289  16S rRNA processing protein RimM  35.47 
 
 
182 aa  104  6e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.611954  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0566  16S rRNA processing protein RimM  35.84 
 
 
167 aa  102  2e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00173533  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0970  16S rRNA-processing protein RimM  34.91 
 
 
169 aa  102  4e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000015249  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0659  16S rRNA processing protein RimM  33.14 
 
 
170 aa  101  5e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110024  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2999  16S rRNA processing protein RimM  30.72 
 
 
176 aa  100  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000783686  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3041  16S rRNA processing protein RimM  30.72 
 
 
176 aa  100  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000787897  normal  0.907916 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  33.14 
 
 
169 aa  98.6  4e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3855  16S rRNA processing protein RimM  45.19 
 
 
106 aa  98.6  4e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.46605e-63 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  34.32 
 
 
174 aa  98.2  5e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  32.34 
 
 
172 aa  97.8  6e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  33.53 
 
 
176 aa  97.8  6e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  35.15 
 
 
176 aa  97.8  6e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2869  16S rRNA processing protein RimM  31.28 
 
 
173 aa  97.8  7e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257467  hitchhiker  0.000000637329 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  35.19 
 
 
176 aa  96.7  2e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  35.19 
 
 
176 aa  96.7  2e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  29.83 
 
 
176 aa  96.7  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1964  16S rRNA-processing protein RimM  36.02 
 
 
165 aa  95.5  3e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  29.41 
 
 
169 aa  94.7  5e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3429  16S rRNA processing protein RimM  31.14 
 
 
172 aa  94  8e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000572848  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  32.75 
 
 
176 aa  93.2  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1682  16S rRNA-processing protein RimM  34.78 
 
 
165 aa  93.6  1e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00118486  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  35.54 
 
 
172 aa  93.2  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  32.34 
 
 
169 aa  91.7  4e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  32.12 
 
 
171 aa  90.9  7e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  32.93 
 
 
169 aa  90.9  9e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  31.82 
 
 
173 aa  90.5  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1199  16S rRNA processing protein RimM  32.94 
 
 
173 aa  89.7  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000995465  normal  0.109334 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0540  16S rRNA processing protein RimM  36.09 
 
 
166 aa  89.4  2e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000769846  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  33.53 
 
 
179 aa  88.2  5e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  31.4 
 
 
173 aa  87.8  7e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  31.95 
 
 
174 aa  87.4  9e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0648  16S rRNA processing protein RimM  31.48 
 
 
177 aa  86.7  1e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  32.73 
 
 
187 aa  87  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_505  16S rRNA processing protein RimM  33.14 
 
 
166 aa  85.9  2e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000191939  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  29.52 
 
 
167 aa  86.7  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  30.81 
 
 
184 aa  85.9  3e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  31.93 
 
 
172 aa  85.9  3e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1415  16S rRNA processing protein RimM  32.42 
 
 
181 aa  85.5  4e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000206982  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  30.91 
 
 
171 aa  85.1  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0645  16S rRNA processing protein RimM  33.73 
 
 
172 aa  84.7  6e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0229573  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0987  16S rRNA processing protein RimM  32.12 
 
 
184 aa  84  9e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000000842356  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1204  16S rRNA-processing protein RimM  36.09 
 
 
183 aa  84  9e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00134678  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  31.36 
 
 
174 aa  83.2  0.000000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1578  16S rRNA-processing protein RimM  31.98 
 
 
176 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.637772  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  30.81 
 
 
175 aa  82.4  0.000000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  29.14 
 
 
176 aa  82  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0294  16S rRNA-processing protein RimM  30.67 
 
 
175 aa  82  0.000000000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000244736  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1803  16S rRNA processing protein RimM  28.05 
 
 
178 aa  81.6  0.000000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000356142  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04645  16S rRNA processing protein  29.41 
 
 
174 aa  81.6  0.000000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  30.49 
 
 
167 aa  81.6  0.000000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  32.52 
 
 
181 aa  80.5  0.00000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  32.53 
 
 
169 aa  79.3  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1535  16S rRNA processing protein RimM  31.71 
 
 
166 aa  79.7  0.00000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00265207  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  29.21 
 
 
180 aa  79  0.00000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  28.9 
 
 
187 aa  79  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03479  16S rRNA-processing protein RimM  31.55 
 
 
182 aa  79  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  29.01 
 
 
185 aa  79  0.00000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1096  16S rRNA processing protein RimM  30.43 
 
 
152 aa  79.3  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0393461  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  31.98 
 
 
173 aa  78.6  0.00000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  31.55 
 
 
221 aa  78.2  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  31.52 
 
 
170 aa  78.2  0.00000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02148  16S rRNA-processing protein RimM  30.18 
 
 
180 aa  77.8  0.00000000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.899687  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  26.16 
 
 
182 aa  77.8  0.00000000000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  29.41 
 
 
212 aa  77.8  0.00000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1397  16S rRNA processing protein RimM  23.95 
 
 
168 aa  77  0.0000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000193621  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3758  16S rRNA processing protein RimM  28.66 
 
 
170 aa  77.4  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0504856  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 
170 aa  77  0.0000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1523  16S rRNA processing protein RimM  26.06 
 
 
167 aa  77  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000298148  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002537  16S rRNA processing protein RimM  30.36 
 
 
182 aa  76.6  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00116484  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  29.65 
 
 
182 aa  76.3  0.0000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  24.44 
 
 
179 aa  76.3  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  27.27 
 
 
210 aa  76.3  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1494  16S rRNA processing protein RimM  28.49 
 
 
172 aa  76.6  0.0000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0136988  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0505  16S rRNA processing protein RimM  26.55 
 
 
177 aa  76.3  0.0000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>