More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PsycPRwf_0201 on replicon NC_009524
Organism: Psychrobacter sp. PRwf-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
176 aa  363  1e-100  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2018  16S rRNA processing protein RimM  68.57 
 
 
177 aa  259  8.999999999999999e-69  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0112237  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2321  16S rRNA processing protein RimM  68.57 
 
 
177 aa  259  2e-68  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3769  16S rRNA processing protein RimM  41.07 
 
 
181 aa  137  7.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000000183564  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  38.51 
 
 
187 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3015  16S rRNA-processing protein RimM  39.18 
 
 
184 aa  132  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00120588  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2279  16S rRNA-processing protein RimM  38.98 
 
 
175 aa  131  6e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0459452  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  38.6 
 
 
175 aa  131  6e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  38.6 
 
 
175 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  39.52 
 
 
176 aa  128  3e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1578  16S rRNA-processing protein RimM  38.51 
 
 
176 aa  129  3e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.637772  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  36.57 
 
 
178 aa  128  3e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  36 
 
 
178 aa  127  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1474  16S rRNA-processing protein RimM  37.43 
 
 
184 aa  127  7.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  36 
 
 
178 aa  127  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  36 
 
 
191 aa  126  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  35.43 
 
 
178 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  35.47 
 
 
182 aa  126  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0294  16S rRNA-processing protein RimM  34.73 
 
 
175 aa  125  2.0000000000000002e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000244736  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0934  16S rRNA-processing protein RimM  37.08 
 
 
184 aa  125  4.0000000000000003e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0565923 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4156  16S rRNA-processing protein RimM  35.43 
 
 
178 aa  124  5e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12723  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  35.47 
 
 
182 aa  124  7e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  35.47 
 
 
182 aa  124  7e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1020  16S rRNA-processing protein RimM  35.43 
 
 
178 aa  122  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104306  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0885  16S rRNA processing protein RimM  38.51 
 
 
170 aa  122  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.230501  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0805  16S rRNA-processing protein RimM  36.52 
 
 
184 aa  122  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0890  16S rRNA-processing protein RimM  35.93 
 
 
176 aa  122  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000503781  normal  0.334216 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2259  16S rRNA processing protein RimM  38.55 
 
 
175 aa  122  4e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00362767  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0570  16S rRNA-processing protein RimM  37.21 
 
 
168 aa  121  4e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.115494  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  32.95 
 
 
178 aa  120  7e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0876  16S rRNA-processing protein RimM  36.52 
 
 
184 aa  120  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298701  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1169  16S rRNA-processing protein RimM  37.13 
 
 
176 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549178  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  37.13 
 
 
176 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  37.13 
 
 
176 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  34.73 
 
 
182 aa  118  3e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1105  16S rRNA-processing protein RimM  34.97 
 
 
193 aa  119  3e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1204  16S rRNA-processing protein RimM  36 
 
 
183 aa  118  3.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00134678  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1462  16S rRNA-processing protein RimM  32.43 
 
 
202 aa  118  3.9999999999999996e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2475  16S rRNA processing protein RimM  38.41 
 
 
160 aa  117  6e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2854  16S rRNA processing protein RimM  38.41 
 
 
171 aa  117  9e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.77473  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  32.95 
 
 
179 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0428  16S rRNA processing protein RimM  34.88 
 
 
169 aa  117  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.709959  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  37.13 
 
 
175 aa  117  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  32.93 
 
 
182 aa  116  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1288  16S rRNA-processing protein RimM  36.53 
 
 
176 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000110365  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2539  16S rRNA-processing protein RimM  33.87 
 
 
221 aa  116  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1255  16S rRNA-processing protein RimM  36.53 
 
 
176 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000416795  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3102  16S rRNA-processing protein RimM  36.53 
 
 
176 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000126118  normal  0.166795 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2837  16S rRNA-processing protein RimM  36.53 
 
 
176 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000499984  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2919  16S rRNA-processing protein RimM  36.53 
 
 
176 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000363709  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1211  16S rRNA-processing protein RimM  36.53 
 
 
176 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000458928  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002537  16S rRNA processing protein RimM  36.53 
 
 
182 aa  115  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00116484  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1160  16S rRNA-processing protein RimM  35.93 
 
 
176 aa  115  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000339506  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  32.93 
 
 
176 aa  115  3e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  32.93 
 
 
183 aa  115  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  32.93 
 
 
183 aa  115  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1691  16S rRNA-processing protein RimM  31.89 
 
 
213 aa  115  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  32.93 
 
 
183 aa  115  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  32.93 
 
 
183 aa  115  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2233  16S rRNA-processing protein RimM  34.46 
 
 
223 aa  115  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.347388  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3016  16S rRNA-processing protein RimM  36.53 
 
 
176 aa  115  3e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000828768  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  32.93 
 
 
183 aa  115  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1358  16S rRNA-processing protein RimM  36.53 
 
 
177 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  32.39 
 
 
179 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  35.96 
 
 
184 aa  114  5e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03479  16S rRNA-processing protein RimM  35.93 
 
 
182 aa  114  6e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0853  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 
182 aa  114  6e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000199239  hitchhiker  0.0000659128 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0749  16S rRNA-processing protein RimM  32.97 
 
 
220 aa  114  6.9999999999999995e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3065  16S rRNA processing protein RimM  33.53 
 
 
170 aa  113  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000508882  hitchhiker  0.000000546045 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  32.34 
 
 
183 aa  113  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5344  16S rRNA-processing protein RimM  35.06 
 
 
189 aa  113  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  32.34 
 
 
183 aa  113  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  32.34 
 
 
182 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  32.34 
 
 
182 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  32.34 
 
 
182 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  32.34 
 
 
182 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  32.34 
 
 
182 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  32.34 
 
 
182 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  32.34 
 
 
182 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0591  16S rRNA-processing protein RimM  32.77 
 
 
225 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0946  16S rRNA-processing protein RimM  32.77 
 
 
237 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.501365  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  34.3 
 
 
175 aa  113  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1029  16S rRNA-processing protein RimM  32.77 
 
 
225 aa  112  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2919  16S rRNA-processing protein RimM  34.71 
 
 
176 aa  112  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000569736  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1070  16S rRNA-processing protein RimM  32.77 
 
 
225 aa  112  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0584634  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0682  16S rRNA-processing protein RimM  33.15 
 
 
194 aa  112  3e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1125  16S rRNA-processing protein RimM  31.74 
 
 
182 aa  111  5e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4184  16S rRNA-processing protein RimM  32.77 
 
 
225 aa  111  5e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.42162  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0950  16S rRNA-processing protein RimM  32.77 
 
 
225 aa  111  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2753  16S rRNA-processing protein RimM  35.33 
 
 
176 aa  110  8.000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000227208  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3202  16S rRNA-processing protein RimM  32.34 
 
 
182 aa  110  9e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0025103  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3089  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 
177 aa  109  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.157411  normal  0.0618284 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0847  16S rRNA processing protein RimM  36.75 
 
 
167 aa  109  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0648  16S rRNA processing protein RimM  35.23 
 
 
181 aa  108  5e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.144328  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2702  16S rRNA-processing protein RimM  32.57 
 
 
190 aa  107  8.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.294971  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1662  16S rRNA-processing protein RimM  31.32 
 
 
229 aa  107  9.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3354  16S rRNA-processing protein RimM  32.57 
 
 
209 aa  106  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.305815 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2967  16S rRNA-processing protein RimM  31.07 
 
 
229 aa  105  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0918  16S rRNA-processing protein RimM  31.07 
 
 
230 aa  105  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2858  16S rRNA-processing protein RimM  31.07 
 
 
229 aa  105  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.765459  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>