More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0876 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0876  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 		 184 aa  365  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0805  16S rRNA-processing protein RimM  97.83 
 
 		 184 aa  358  3e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0934  16S rRNA-processing protein RimM  85.33 
 
 		 184 aa  315  3e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0565923 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2539  16S rRNA-processing protein RimM  62.7 
 
 		 221 aa  216  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0749  16S rRNA-processing protein RimM  62.16 
 
 		 220 aa  211  4.9999999999999996e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0950  16S rRNA-processing protein RimM  54.05 
 
 		 225 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0946  16S rRNA-processing protein RimM  53.51 
 
 		 237 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.501365  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2233  16S rRNA-processing protein RimM  52.41 
 
 		 223 aa  169  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.347388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1029  16S rRNA-processing protein RimM  51.35 
 
 		 225 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1070  16S rRNA-processing protein RimM  51.35 
 
 		 225 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0584634  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4184  16S rRNA-processing protein RimM  51.35 
 
 		 225 aa  165  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.42162  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0591  16S rRNA-processing protein RimM  50.81 
 
 		 225 aa  164  8e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5344  16S rRNA-processing protein RimM  46.07 
 
 		 189 aa  156  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0770  16S rRNA-processing protein RimM  47.57 
 
 		 231 aa  149  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.149382  normal  0.116186 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1662  16S rRNA-processing protein RimM  48.65 
 
 		 229 aa  148  5e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1474  16S rRNA-processing protein RimM  47.19 
 
 		 184 aa  148  6e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  42.86 
 
 		 187 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2976  16S rRNA-processing protein RimM  47.03 
 
 		 248 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.470421  normal  0.0518366 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1007  16S rRNA-processing protein RimM  47.03 
 
 		 244 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3354  16S rRNA-processing protein RimM  46.37 
 
 		 209 aa  144  9e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.305815 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  43.89 
 
 		 191 aa  143  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1105  16S rRNA-processing protein RimM  42.16 
 
 		 193 aa  143  1e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2702  16S rRNA-processing protein RimM  46.37 
 
 		 190 aa  142  2e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.294971  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0682  16S rRNA-processing protein RimM  42.93 
 
 		 194 aa  139  1.9999999999999998e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1462  16S rRNA-processing protein RimM  39.02 
 
 		 202 aa  139  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1691  16S rRNA-processing protein RimM  39.79 
 
 		 213 aa  139  3e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2967  16S rRNA-processing protein RimM  46.49 
 
 		 229 aa  135  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0918  16S rRNA-processing protein RimM  46.49 
 
 		 230 aa  135  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0402  16S rRNA-processing protein RimM  46.49 
 
 		 211 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0229  16S rRNA-processing protein RimM  46.49 
 
 		 229 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2918  16S rRNA-processing protein RimM  46.49 
 
 		 229 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2544  16S rRNA-processing protein RimM  46.49 
 
 		 229 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0828457  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2858  16S rRNA-processing protein RimM  46.49 
 
 		 229 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.765459  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3940  16S rRNA-processing protein RimM  39.68 
 
 		 192 aa  124  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.519471 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  36.52 
 
 		 176 aa  120  9.999999999999999e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0570  16S rRNA-processing protein RimM  38.51 
 
 		 168 aa  117  7e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.115494  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1284  16S rRNA processing protein RimM  37.02 
 
 		 184 aa  117  7.999999999999999e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.270543  normal  0.304592 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2321  16S rRNA processing protein RimM  36 
 
 		 177 aa  117  9e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2018  16S rRNA processing protein RimM  36 
 
 		 177 aa  117  9.999999999999999e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0112237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0518  16S rRNA processing protein RimM  36.36 
 
 		 188 aa  117  9.999999999999999e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.541026  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  38.89 
 
 		 189 aa  111  7.000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2782  16S rRNA processing protein RimM  39.08 
 
 		 172 aa  107  8.000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3065  16S rRNA processing protein RimM  36.78 
 
 		 170 aa  107  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000508882  hitchhiker  0.000000546045 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  41.18 
 
 		 172 aa  101  5e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0074  16S rRNA-processing protein RimM  38.46 
 
 		 170 aa  101  6e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0088  16S rRNA-processing protein RimM  37.87 
 
 		 170 aa  101  7e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  32.18 
 
 		 176 aa  100  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  31.84 
 
 		 182 aa  98.6  4e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0890  16S rRNA-processing protein RimM  31.25 
 
 		 176 aa  98.2  6e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000503781  normal  0.334216 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 		 176 aa  95.1  5e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0648  16S rRNA processing protein RimM  32.77 
 
 		 181 aa  94.4  8e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.144328  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1169  16S rRNA-processing protein RimM  31.82 
 
 		 176 aa  94.4  9e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549178  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3102  16S rRNA-processing protein RimM  31.82 
 
 		 176 aa  94  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000126118  normal  0.166795 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0294  16S rRNA-processing protein RimM  32.94 
 
 		 175 aa  93.6  1e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000244736  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1255  16S rRNA-processing protein RimM  31.82 
 
 		 176 aa  94  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000416795  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1211  16S rRNA-processing protein RimM  31.82 
 
 		 176 aa  94  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000458928  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  28.33 
 
 		 182 aa  94  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1288  16S rRNA-processing protein RimM  31.82 
 
 		 176 aa  94  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000110365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2333  16S rRNA processing protein RimM  33.93 
 
 		 164 aa  92.8  2e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000377156  normal  0.0588442 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  34.91 
 
 		 170 aa  92.8  2e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  31.03 
 
 		 176 aa  93.2  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  28.33 
 
 		 182 aa  92  4e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  28.33 
 
 		 182 aa  92  4e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0428  16S rRNA processing protein RimM  32.75 
 
 		 169 aa  91.7  5e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.709959  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2753  16S rRNA-processing protein RimM  32.39 
 
 		 176 aa  91.7  6e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000227208  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2919  16S rRNA-processing protein RimM  31.46 
 
 		 176 aa  91.7  6e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000569736  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  31.87 
 
 		 179 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1630  16S rRNA-processing protein RimM  31.61 
 
 		 168 aa  90.1  2e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000568977  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  29.55 
 
 		 176 aa  90.1  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0551  16S rRNA-processing protein RimM  31.61 
 
 		 168 aa  90.1  2e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  2.44188e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2259  16S rRNA processing protein RimM  32.42 
 
 		 175 aa  89  3e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00362767  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03479  16S rRNA-processing protein RimM  31.11 
 
 		 182 aa  89.4  3e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002537  16S rRNA processing protein RimM  30.9 
 
 		 182 aa  89.4  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00116484  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0885  16S rRNA processing protein RimM  36.21 
 
 		 170 aa  89  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.230501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2005  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 		 178 aa  89  4e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000559239  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1125  16S rRNA-processing protein RimM  30 
 
 		 182 aa  88.6  4e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  30.94 
 
 		 175 aa  89  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3016  16S rRNA-processing protein RimM  30.68 
 
 		 176 aa  89  4e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000828768  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1358  16S rRNA-processing protein RimM  31.25 
 
 		 177 aa  88.6  5e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  30.94 
 
 		 175 aa  88.2  7e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  30 
 
 		 182 aa  87.8  8e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2837  16S rRNA-processing protein RimM  30.11 
 
 		 176 aa  87.8  8e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000499984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2919  16S rRNA-processing protein RimM  30.11 
 
 		 176 aa  87.8  8e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000363709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  27.57 
 
 		 178 aa  87.8  8e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02148  16S rRNA-processing protein RimM  32.54 
 
 		 180 aa  87.4  9e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.899687  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1160  16S rRNA-processing protein RimM  30.11 
 
 		 176 aa  87.8  9e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000339506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1578  16S rRNA-processing protein RimM  31.43 
 
 		 176 aa  87.4  9e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.637772  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  28.98 
 
 		 182 aa  87.4  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  28.98 
 
 		 182 aa  87.4  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  28.98 
 
 		 182 aa  87.4  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  28.98 
 
 		 183 aa  87  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  31.36 
 
 		 173 aa  87.4  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  28.98 
 
 		 183 aa  87  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  28.98 
 
 		 182 aa  87.4  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  28.98 
 
 		 182 aa  87  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  28.98 
 
 		 182 aa  87.4  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  28.98 
 
 		 182 aa  87.4  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  30.77 
 
 		 179 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  29.38 
 
 		 183 aa  86.3  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  29.38 
 
 		 183 aa  86.3  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>