More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_0518 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009379  Pnuc_0518  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
188 aa  379  1e-104  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.541026  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1284  16S rRNA processing protein RimM  79.35 
 
 
184 aa  306  2.0000000000000002e-82  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.270543  normal  0.304592 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2539  16S rRNA-processing protein RimM  39.78 
 
 
221 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1462  16S rRNA-processing protein RimM  42.25 
 
 
202 aa  137  6e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0749  16S rRNA-processing protein RimM  39.67 
 
 
220 aa  135  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1691  16S rRNA-processing protein RimM  40.61 
 
 
213 aa  129  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  38.67 
 
 
187 aa  125  4.0000000000000003e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1474  16S rRNA-processing protein RimM  39.23 
 
 
184 aa  121  7e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2976  16S rRNA-processing protein RimM  41.05 
 
 
248 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.470421  normal  0.0518366 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0805  16S rRNA-processing protein RimM  36.9 
 
 
184 aa  118  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1007  16S rRNA-processing protein RimM  41.05 
 
 
244 aa  117  9e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0876  16S rRNA-processing protein RimM  36.36 
 
 
184 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298701  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0934  16S rRNA-processing protein RimM  38.5 
 
 
184 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0565923 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  36.26 
 
 
191 aa  117  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5344  16S rRNA-processing protein RimM  37.57 
 
 
189 aa  115  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3354  16S rRNA-processing protein RimM  39.23 
 
 
209 aa  115  3.9999999999999997e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.305815 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1105  16S rRNA-processing protein RimM  34.22 
 
 
193 aa  115  5e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2702  16S rRNA-processing protein RimM  38.67 
 
 
190 aa  114  6e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.294971  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2233  16S rRNA-processing protein RimM  34.21 
 
 
223 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.347388  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0950  16S rRNA-processing protein RimM  35.79 
 
 
225 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1070  16S rRNA-processing protein RimM  35.26 
 
 
225 aa  109  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0584634  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1029  16S rRNA-processing protein RimM  35.26 
 
 
225 aa  108  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0946  16S rRNA-processing protein RimM  35.79 
 
 
237 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.501365  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4184  16S rRNA-processing protein RimM  35.26 
 
 
225 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.42162  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3940  16S rRNA-processing protein RimM  38.55 
 
 
192 aa  107  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.519471 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0770  16S rRNA-processing protein RimM  38.22 
 
 
231 aa  106  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.149382  normal  0.116186 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0591  16S rRNA-processing protein RimM  34.74 
 
 
225 aa  105  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3065  16S rRNA processing protein RimM  31.49 
 
 
170 aa  103  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000508882  hitchhiker  0.000000546045 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2858  16S rRNA-processing protein RimM  34.74 
 
 
229 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.765459  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0229  16S rRNA-processing protein RimM  34.74 
 
 
229 aa  99.8  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0402  16S rRNA-processing protein RimM  33.68 
 
 
211 aa  99.8  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0918  16S rRNA-processing protein RimM  34.74 
 
 
230 aa  99.8  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2967  16S rRNA-processing protein RimM  34.74 
 
 
229 aa  99.8  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2544  16S rRNA-processing protein RimM  34.74 
 
 
229 aa  99.8  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0828457  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1662  16S rRNA-processing protein RimM  34.36 
 
 
229 aa  99.8  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  33.9 
 
 
176 aa  97.4  1e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2918  16S rRNA-processing protein RimM  34.21 
 
 
229 aa  97.4  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  32.39 
 
 
189 aa  92.4  4e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  28.19 
 
 
176 aa  92.4  4e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0682  16S rRNA-processing protein RimM  31.18 
 
 
194 aa  92.4  4e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2333  16S rRNA processing protein RimM  32.95 
 
 
164 aa  91.3  8e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000377156  normal  0.0588442 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2782  16S rRNA processing protein RimM  30.56 
 
 
172 aa  90.9  9e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2018  16S rRNA processing protein RimM  28.34 
 
 
177 aa  89.4  3e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0112237  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2321  16S rRNA processing protein RimM  27.81 
 
 
177 aa  89  3e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0570  16S rRNA-processing protein RimM  29.67 
 
 
168 aa  87.8  9e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.115494  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  30.22 
 
 
175 aa  87.4  1e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2005  16S rRNA processing protein RimM  28.19 
 
 
178 aa  85.5  4e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000559239  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0648  16S rRNA processing protein RimM  31.72 
 
 
181 aa  84.3  9e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.144328  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  28.04 
 
 
178 aa  82  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  28.04 
 
 
178 aa  82  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  32.75 
 
 
176 aa  81.6  0.000000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  28.04 
 
 
178 aa  80.9  0.000000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  32.96 
 
 
172 aa  80.5  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2869  16S rRNA processing protein RimM  28.16 
 
 
173 aa  80.9  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257467  hitchhiker  0.000000637329 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  27.75 
 
 
167 aa  80.1  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  27.75 
 
 
167 aa  80.1  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4156  16S rRNA-processing protein RimM  28.04 
 
 
178 aa  79.3  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12723  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  28.65 
 
 
182 aa  79.3  0.00000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2259  16S rRNA processing protein RimM  28.57 
 
 
175 aa  79  0.00000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00362767  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  29.61 
 
 
212 aa  79  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  28.09 
 
 
182 aa  78.6  0.00000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  28.09 
 
 
182 aa  78.6  0.00000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  28.09 
 
 
183 aa  78.6  0.00000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  28.09 
 
 
183 aa  78.6  0.00000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  28.09 
 
 
182 aa  78.6  0.00000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  28.09 
 
 
182 aa  78.6  0.00000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  28.09 
 
 
182 aa  78.6  0.00000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  28.09 
 
 
182 aa  78.6  0.00000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  28.41 
 
 
183 aa  78.2  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  28.41 
 
 
183 aa  78.2  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  28.41 
 
 
183 aa  78.2  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  28.41 
 
 
183 aa  78.2  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  28.41 
 
 
183 aa  78.2  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  28.04 
 
 
179 aa  77.8  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1020  16S rRNA-processing protein RimM  27.23 
 
 
178 aa  77.8  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104306  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0197  16S rRNA processing protein RimM  25 
 
 
175 aa  77.8  0.00000000000008  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  32.34 
 
 
176 aa  77.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  29.41 
 
 
172 aa  77.8  0.00000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  27.51 
 
 
179 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3089  16S rRNA-processing protein RimM  28.34 
 
 
177 aa  77  0.0000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.157411  normal  0.0618284 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  38.46 
 
 
182 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3429  16S rRNA processing protein RimM  27.65 
 
 
172 aa  77  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000572848  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0847  16S rRNA processing protein RimM  31.67 
 
 
167 aa  76.6  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  28.82 
 
 
167 aa  77  0.0000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0428  16S rRNA processing protein RimM  28.49 
 
 
169 aa  76.6  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.709959  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  27.07 
 
 
170 aa  75.9  0.0000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  27.07 
 
 
182 aa  75.5  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0294  16S rRNA-processing protein RimM  34.71 
 
 
175 aa  75.1  0.0000000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000244736  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  26.67 
 
 
182 aa  75.1  0.0000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2854  16S rRNA processing protein RimM  30.68 
 
 
171 aa  74.7  0.0000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.77473  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2475  16S rRNA processing protein RimM  30.68 
 
 
160 aa  74.7  0.0000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  26.47 
 
 
173 aa  74.3  0.0000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3202  16S rRNA-processing protein RimM  28.33 
 
 
182 aa  74.3  0.0000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0025103  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  26.52 
 
 
182 aa  73.9  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  30.18 
 
 
198 aa  73.9  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  26.52 
 
 
182 aa  73.9  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  29.65 
 
 
176 aa  73.9  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0853  16S rRNA-processing protein RimM  27.53 
 
 
182 aa  74.3  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000199239  hitchhiker  0.0000659128 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  27.27 
 
 
179 aa  73.6  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  27.93 
 
 
176 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>