More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0244 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 		 176 aa  353  7.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  83.52 
 
 		 176 aa  301  4.0000000000000003e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  82.42 
 
 		 182 aa  298  2e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  77.78 
 
 		 176 aa  271  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  76.65 
 
 		 198 aa  262  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  72.62 
 
 		 173 aa  253  9e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  71.26 
 
 		 173 aa  248  4e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  53.99 
 
 		 199 aa  160  9e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  48.21 
 
 		 187 aa  158  4e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  53.37 
 
 		 167 aa  157  7e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  51.88 
 
 		 185 aa  156  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  50.31 
 
 		 169 aa  156  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  49.69 
 
 		 169 aa  150  1e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  50.31 
 
 		 169 aa  149  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  46.95 
 
 		 212 aa  148  4e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  47.47 
 
 		 221 aa  143  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  45 
 
 		 171 aa  141  4e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  44.44 
 
 		 189 aa  140  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  46.71 
 
 		 188 aa  140  9.999999999999999e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  45.68 
 
 		 189 aa  139  1.9999999999999998e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  43.33 
 
 		 189 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  45.68 
 
 		 189 aa  139  1.9999999999999998e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  46.43 
 
 		 224 aa  138  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  46.15 
 
 		 223 aa  137  6e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  46.15 
 
 		 223 aa  137  7.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  44.94 
 
 		 189 aa  137  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  45.45 
 
 		 166 aa  134  5e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  44.64 
 
 		 201 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  45.24 
 
 		 231 aa  130  7.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  43.18 
 
 		 204 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  45.45 
 
 		 176 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3353  16S rRNA-processing protein RimM  46.99 
 
 		 173 aa  126  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.170561 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  46.2 
 
 		 206 aa  124  8.000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  41.81 
 
 		 200 aa  122  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  34.71 
 
 		 168 aa  118  4.9999999999999996e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  37.8 
 
 		 185 aa  116  1.9999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0002  16S rRNA-processing protein RimM  35.54 
 
 		 175 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  40.13 
 
 		 191 aa  114  6e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  34.32 
 
 		 173 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3277  16S rRNA processing protein RimM  38.04 
 
 		 188 aa  108  3e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.399714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  39.63 
 
 		 178 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  42.76 
 
 		 163 aa  103  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  39.02 
 
 		 178 aa  102  4e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  39.02 
 
 		 178 aa  102  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2152  16S rRNA processing protein RimM  42.44 
 
 		 169 aa  100  9e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.523891  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  36.36 
 
 		 179 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4156  16S rRNA-processing protein RimM  39.02 
 
 		 178 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12723  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1020  16S rRNA-processing protein RimM  37.8 
 
 		 178 aa  98.2  5e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104306  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0853  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 		 182 aa  98.2  6e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000199239  hitchhiker  0.0000659128 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  39.75 
 
 		 170 aa  97.4  9e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  35.15 
 
 		 179 aa  96.3  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  28.99 
 
 		 176 aa  96.7  2e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3065  16S rRNA processing protein RimM  33.54 
 
 		 170 aa  95.5  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000508882  hitchhiker  0.000000546045 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  35.85 
 
 		 172 aa  95.1  5e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  33.75 
 
 		 176 aa  95.1  5e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  36.97 
 
 		 170 aa  94.7  6e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  37.89 
 
 		 171 aa  94.4  7e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1406  16S rRNA processing protein RimM  37.58 
 
 		 166 aa  94  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.502149  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  35.59 
 
 		 180 aa  93.2  2e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0124  putative 16S rRNA processing protein RimM  33.13 
 
 		 163 aa  92.8  2e-18  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.87226  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  29.41 
 
 		 182 aa  92  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  34.38 
 
 		 189 aa  91.7  5e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  36.65 
 
 		 167 aa  91.7  6e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  32.32 
 
 		 183 aa  91.3  6e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  32.32 
 
 		 183 aa  91.3  6e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  32.32 
 
 		 182 aa  91.3  7e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  32.32 
 
 		 182 aa  91.3  7e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  32.32 
 
 		 182 aa  91.3  7e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  32.32 
 
 		 182 aa  91.3  7e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  32.32 
 
 		 182 aa  91.3  7e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  32.32 
 
 		 182 aa  91.3  7e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  31.71 
 
 		 182 aa  90.9  9e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  35.59 
 
 		 180 aa  90.9  9e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 		 173 aa  90.1  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2259  16S rRNA processing protein RimM  35.22 
 
 		 175 aa  90.5  1e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00362767  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  35.76 
 
 		 178 aa  90.5  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  37.2 
 
 		 178 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  39.16 
 
 		 172 aa  90.1  1e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  38.69 
 
 		 182 aa  90.1  2e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  31.36 
 
 		 183 aa  89.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  34.15 
 
 		 175 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  31.21 
 
 		 174 aa  89.4  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  31.36 
 
 		 183 aa  89.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3089  16S rRNA-processing protein RimM  32.12 
 
 		 177 aa  89.7  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.157411  normal  0.0618284 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  31.36 
 
 		 183 aa  89.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  31.36 
 
 		 183 aa  89.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  31.36 
 
 		 183 aa  89.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  35.8 
 
 		 169 aa  89  3e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0570  16S rRNA-processing protein RimM  31.29 
 
 		 168 aa  89  3e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.115494  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  39.58 
 
 		 157 aa  89  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  29.09 
 
 		 176 aa  89.4  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1125  16S rRNA-processing protein RimM  31.95 
 
 		 182 aa  88.6  4e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  34.15 
 
 		 175 aa  89  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3202  16S rRNA-processing protein RimM  31.95 
 
 		 182 aa  88.2  5e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0025103  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  28.99 
 
 		 182 aa  88.2  5e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  28.99 
 
 		 182 aa  88.2  5e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  30 
 
 		 182 aa  88.2  6e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  36.9 
 
 		 179 aa  87.8  7e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01706  16S rRNA-processing protein RimM  31.55 
 
 		 173 aa  87.4  8e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0345877  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  31.52 
 
 		 175 aa  87.4  9e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>