More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0351 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 		 182 aa  363  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  87.72 
 
 		 176 aa  303  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  82.42 
 
 		 176 aa  298  2e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  77.98 
 
 		 198 aa  268  2.9999999999999997e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  75.74 
 
 		 176 aa  264  5e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  69.23 
 
 		 173 aa  246  1e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  69.05 
 
 		 173 aa  243  9.999999999999999e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  53.66 
 
 		 199 aa  166  2e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  49.39 
 
 		 185 aa  159  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  49.41 
 
 		 187 aa  158  4e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  51.83 
 
 		 169 aa  156  2e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  46.71 
 
 		 212 aa  156  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  52.44 
 
 		 169 aa  155  3e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  50 
 
 		 169 aa  153  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  50.3 
 
 		 167 aa  153  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  47.93 
 
 		 188 aa  150  7e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  45.68 
 
 		 171 aa  142  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  46.84 
 
 		 221 aa  140  9e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  45.35 
 
 		 201 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  43.89 
 
 		 189 aa  138  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  45.57 
 
 		 189 aa  136  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  44.3 
 
 		 189 aa  135  3.0000000000000003e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  44.3 
 
 		 189 aa  135  3.0000000000000003e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  43.67 
 
 		 189 aa  135  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  46.01 
 
 		 166 aa  134  6.0000000000000005e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  44.19 
 
 		 200 aa  134  8e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  46.11 
 
 		 224 aa  132  3e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  42.86 
 
 		 204 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3353  16S rRNA-processing protein RimM  47.59 
 
 		 173 aa  128  4.0000000000000003e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.170561 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  44.31 
 
 		 223 aa  127  8.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  44.31 
 
 		 223 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  41.92 
 
 		 231 aa  122  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  44.24 
 
 		 176 aa  122  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  44.3 
 
 		 206 aa  119  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  39.88 
 
 		 185 aa  119  3e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 		 168 aa  112  2.0000000000000002e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  36.31 
 
 		 191 aa  112  4.0000000000000004e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  34.15 
 
 		 173 aa  109  3e-23  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0002  16S rRNA-processing protein RimM  34.15 
 
 		 175 aa  108  6e-23  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  33.89 
 
 		 179 aa  104  9e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  40.94 
 
 		 163 aa  103  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  34.64 
 
 		 178 aa  101  5e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  34.64 
 
 		 178 aa  101  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  32.78 
 
 		 179 aa  100  8e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3277  16S rRNA processing protein RimM  37.22 
 
 		 188 aa  100  1e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.399714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4156  16S rRNA-processing protein RimM  34.64 
 
 		 178 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12723  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2152  16S rRNA processing protein RimM  40.94 
 
 		 169 aa  99.8  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.523891  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1020  16S rRNA-processing protein RimM  34.08 
 
 		 178 aa  97.4  9e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104306  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  34.08 
 
 		 178 aa  97.4  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1406  16S rRNA processing protein RimM  39.46 
 
 		 166 aa  97.1  1e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.502149  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  39.6 
 
 		 157 aa  95.1  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3065  16S rRNA processing protein RimM  33.13 
 
 		 170 aa  94.4  8e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000508882  hitchhiker  0.000000546045 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  34.08 
 
 		 178 aa  93.6  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  35.12 
 
 		 175 aa  93.6  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  35.62 
 
 		 189 aa  93.6  2e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  30.91 
 
 		 176 aa  92.4  3e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  29.19 
 
 		 176 aa  92  4e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0853  16S rRNA-processing protein RimM  32.12 
 
 		 182 aa  91.7  5e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000199239  hitchhiker  0.0000659128 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2259  16S rRNA processing protein RimM  35.8 
 
 		 175 aa  92  5e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00362767  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  34.52 
 
 		 175 aa  91.3  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  30.3 
 
 		 176 aa  90.5  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  30.12 
 
 		 176 aa  89.7  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  39.51 
 
 		 172 aa  89.7  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  32.58 
 
 		 178 aa  89.4  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  33.54 
 
 		 173 aa  89  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  28.74 
 
 		 172 aa  89  4e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3429  16S rRNA processing protein RimM  28.74 
 
 		 172 aa  88.6  5e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000572848  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  30.3 
 
 		 182 aa  88.6  5e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  32.92 
 
 		 175 aa  88.2  6e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  29.09 
 
 		 182 aa  87.8  7e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  31.48 
 
 		 174 aa  87.4  9e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  35.8 
 
 		 170 aa  87.4  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  35.33 
 
 		 170 aa  87  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  32.92 
 
 		 172 aa  87  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1284  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 		 184 aa  87  1e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.270543  normal  0.304592 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  36.59 
 
 		 172 aa  87.4  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01706  16S rRNA-processing protein RimM  31.71 
 
 		 173 aa  87  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0345877  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1125  16S rRNA-processing protein RimM  30.3 
 
 		 182 aa  87.4  1e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  35.4 
 
 		 167 aa  86.7  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  38.99 
 
 		 177 aa  85.5  3e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  31.21 
 
 		 179 aa  86.3  3e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0570  16S rRNA-processing protein RimM  31.48 
 
 		 168 aa  85.9  3e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.115494  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  32.3 
 
 		 175 aa  85.5  4e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3202  16S rRNA-processing protein RimM  29.7 
 
 		 182 aa  85.5  4e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0025103  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3089  16S rRNA-processing protein RimM  31.65 
 
 		 177 aa  85.1  5e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.157411  normal  0.0618284 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  31.45 
 
 		 176 aa  84.7  7e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  29.94 
 
 		 183 aa  84.3  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  29.94 
 
 		 183 aa  84.3  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  29.94 
 
 		 183 aa  84.3  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0124  putative 16S rRNA processing protein RimM  31.71 
 
 		 163 aa  84.3  8e-16  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.87226  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  29.94 
 
 		 183 aa  84.3  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  29.94 
 
 		 183 aa  84.3  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  28.48 
 
 		 182 aa  84.3  9e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  28.48 
 
 		 182 aa  84.3  9e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  28.85 
 
 		 182 aa  83.6  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  35.67 
 
 		 170 aa  83.6  0.000000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  28.85 
 
 		 182 aa  83.6  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  28.85 
 
 		 183 aa  83.6  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  28.85 
 
 		 182 aa  84  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  28.85 
 
 		 182 aa  83.6  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>