278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_0633 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 		 224 aa  430  1e-120  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  83.04 
 
 		 223 aa  349  2e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  83.04 
 
 		 223 aa  349  2e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  62.5 
 
 		 231 aa  250  1e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  63.54 
 
 		 204 aa  224  1e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  65.87 
 
 		 176 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  49.71 
 
 		 199 aa  151  7e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  47.2 
 
 		 212 aa  144  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  47.9 
 
 		 173 aa  142  3e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  45.24 
 
 		 198 aa  141  8e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  46.43 
 
 		 176 aa  138  7e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  43.85 
 
 		 221 aa  136  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  45.09 
 
 		 189 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  46.71 
 
 		 173 aa  135  4e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  47.59 
 
 		 167 aa  135  6.0000000000000005e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  46.43 
 
 		 176 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  46.11 
 
 		 182 aa  132  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  45.09 
 
 		 189 aa  131  1.0000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  45.51 
 
 		 176 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  45.09 
 
 		 189 aa  131  1.0000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  47.31 
 
 		 169 aa  128  6e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  47.31 
 
 		 169 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  46.11 
 
 		 166 aa  125  7e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  45.51 
 
 		 169 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  42.62 
 
 		 188 aa  121  7e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  39.34 
 
 		 189 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  39.67 
 
 		 189 aa  119  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  43.2 
 
 		 171 aa  118  6e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  39.79 
 
 		 200 aa  116  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  42.94 
 
 		 206 aa  113  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  39.77 
 
 		 191 aa  112  3e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  41.21 
 
 		 187 aa  112  7.000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3353  16S rRNA-processing protein RimM  43.71 
 
 		 173 aa  111  7.000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.170561 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  39.88 
 
 		 185 aa  111  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  40.24 
 
 		 201 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  35.12 
 
 		 168 aa  105  7e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  39.43 
 
 		 185 aa  104  1e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  39.64 
 
 		 167 aa  99.8  3e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0002  16S rRNA-processing protein RimM  30.72 
 
 		 175 aa  90.5  2e-17  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  40.36 
 
 		 172 aa  89.7  3e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  37.79 
 
 		 171 aa  86.7  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  36.84 
 
 		 169 aa  84.7  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  34.64 
 
 		 178 aa  83.2  0.000000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3277  16S rRNA processing protein RimM  34.3 
 
 		 188 aa  83.2  0.000000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.399714  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  33.52 
 
 		 173 aa  80.1  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  29.76 
 
 		 173 aa  80.1  0.00000000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  35.71 
 
 		 180 aa  80.1  0.00000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  35.76 
 
 		 176 aa  79.7  0.00000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  37.79 
 
 		 172 aa  79.3  0.00000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  29.38 
 
 		 189 aa  79.7  0.00000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  34.62 
 
 		 180 aa  79  0.00000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  30.69 
 
 		 187 aa  78.6  0.00000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2152  16S rRNA processing protein RimM  35.96 
 
 		 169 aa  78.6  0.00000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.523891  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  35.88 
 
 		 171 aa  77.8  0.0000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  36.05 
 
 		 174 aa  77.4  0.0000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1169  16S rRNA-processing protein RimM  28.49 
 
 		 176 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549178  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  30.94 
 
 		 182 aa  75.9  0.0000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  30.94 
 
 		 182 aa  75.9  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  30.94 
 
 		 182 aa  75.5  0.0000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2919  16S rRNA-processing protein RimM  28.65 
 
 		 176 aa  75.5  0.0000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000569736  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  33.73 
 
 		 170 aa  74.7  0.000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  27.01 
 
 		 176 aa  73.9  0.000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  33.14 
 
 		 194 aa  73.9  0.000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  28.49 
 
 		 176 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  36.05 
 
 		 184 aa  73.2  0.000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  33.73 
 
 		 170 aa  72.8  0.000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2753  16S rRNA-processing protein RimM  27.91 
 
 		 176 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000227208  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  27.54 
 
 		 176 aa  72  0.000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  29.65 
 
 		 176 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1288  16S rRNA-processing protein RimM  27.33 
 
 		 176 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000110365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0853  16S rRNA-processing protein RimM  29.83 
 
 		 182 aa  70.9  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000199239  hitchhiker  0.0000659128 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1211  16S rRNA-processing protein RimM  27.33 
 
 		 176 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000458928  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1255  16S rRNA-processing protein RimM  27.33 
 
 		 176 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000416795  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3102  16S rRNA-processing protein RimM  27.33 
 
 		 176 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000126118  normal  0.166795 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  32.43 
 
 		 199 aa  71.2  0.00000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  30.68 
 
 		 175 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  29.83 
 
 		 178 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  32.75 
 
 		 181 aa  69.7  0.00000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  28.8 
 
 		 179 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2485  16S rRNA processing protein RimM  34.1 
 
 		 176 aa  68.9  0.00000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.423168  normal  0.175293 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  28.8 
 
 		 179 aa  69.3  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  37.95 
 
 		 180 aa  69.3  0.00000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  25.28 
 
 		 179 aa  68.9  0.00000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  27.22 
 
 		 182 aa  68.9  0.00000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0551  16S rRNA-processing protein RimM  28.4 
 
 		 168 aa  68.9  0.00000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  2.44188e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  34.62 
 
 		 177 aa  68.6  0.00000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  31.07 
 
 		 179 aa  68.6  0.00000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  30.11 
 
 		 175 aa  68.6  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  31.18 
 
 		 172 aa  67.8  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  31.03 
 
 		 173 aa  67.8  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2837  16S rRNA-processing protein RimM  27.33 
 
 		 176 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000499984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2919  16S rRNA-processing protein RimM  27.33 
 
 		 176 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000363709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  31.03 
 
 		 173 aa  67.8  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  27.91 
 
 		 175 aa  68.2  0.0000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  31.03 
 
 		 173 aa  67.8  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  27.65 
 
 		 179 aa  68.2  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1630  16S rRNA-processing protein RimM  28.4 
 
 		 168 aa  67  0.0000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000568977  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  28.65 
 
 		 178 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  28.65 
 
 		 178 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3016  16S rRNA-processing protein RimM  26.74 
 
 		 176 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000828768  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>