More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2886 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 		 199 aa  389  1e-107  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3353  16S rRNA-processing protein RimM  58.71 
 
 		 173 aa  167  1e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.170561 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  53.66 
 
 		 182 aa  166  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  47.8 
 
 		 198 aa  166  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  52.76 
 
 		 176 aa  161  6e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  53.99 
 
 		 176 aa  160  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  51.23 
 
 		 173 aa  158  6e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  46.51 
 
 		 188 aa  155  3e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  49.41 
 
 		 223 aa  153  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  49.41 
 
 		 223 aa  153  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  49.38 
 
 		 173 aa  152  2.9999999999999998e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  49.71 
 
 		 224 aa  152  4e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  48.82 
 
 		 204 aa  150  8e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  49.38 
 
 		 176 aa  150  8.999999999999999e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  50.3 
 
 		 185 aa  147  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  44.64 
 
 		 200 aa  142  5e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  49.08 
 
 		 167 aa  141  8e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  48.75 
 
 		 169 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  49.38 
 
 		 169 aa  139  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  47.85 
 
 		 169 aa  137  7e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  46.79 
 
 		 189 aa  134  6.0000000000000005e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  45.34 
 
 		 176 aa  134  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  46.79 
 
 		 189 aa  134  6.0000000000000005e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  44.85 
 
 		 201 aa  131  6e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  45.51 
 
 		 189 aa  130  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  42.86 
 
 		 189 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  40 
 
 		 171 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  45.34 
 
 		 212 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  42.86 
 
 		 189 aa  125  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  43.78 
 
 		 206 aa  125  5e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  36.59 
 
 		 168 aa  124  9e-28  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  41.88 
 
 		 187 aa  124  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  41.82 
 
 		 231 aa  122  3e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  44.05 
 
 		 185 aa  122  4e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  44.1 
 
 		 221 aa  121  6e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  36.69 
 
 		 191 aa  116  1.9999999999999998e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  43.9 
 
 		 166 aa  115  3e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0002  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 		 175 aa  116  3e-25  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  32.72 
 
 		 173 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  35.5 
 
 		 178 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  35.5 
 
 		 178 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  35.5 
 
 		 178 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1020  16S rRNA-processing protein RimM  36.09 
 
 		 178 aa  105  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104306  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4156  16S rRNA-processing protein RimM  35.5 
 
 		 178 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12723  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  38.69 
 
 		 178 aa  103  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  32.93 
 
 		 182 aa  102  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3277  16S rRNA processing protein RimM  40.13 
 
 		 188 aa  100  1e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.399714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0853  16S rRNA-processing protein RimM  34.76 
 
 		 182 aa  100  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000199239  hitchhiker  0.0000659128 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  32.34 
 
 		 182 aa  100  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  32.34 
 
 		 182 aa  100  2e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  31.76 
 
 		 176 aa  99.4  3e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  34.15 
 
 		 179 aa  99.4  4e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 		 179 aa  99  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  34.52 
 
 		 175 aa  97.4  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  34.64 
 
 		 182 aa  97.8  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  35.37 
 
 		 183 aa  96.7  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1125  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 		 182 aa  96.7  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  39.39 
 
 		 172 aa  96.3  2e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  35.37 
 
 		 183 aa  96.7  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  35.37 
 
 		 183 aa  96.7  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  35.37 
 
 		 183 aa  96.7  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  35.37 
 
 		 183 aa  96.7  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3202  16S rRNA-processing protein RimM  32.73 
 
 		 182 aa  95.1  6e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0025103  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  33.73 
 
 		 175 aa  95.1  7e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  33.73 
 
 		 175 aa  94.7  8e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  33.94 
 
 		 182 aa  94  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 		 178 aa  94  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2152  16S rRNA processing protein RimM  38.6 
 
 		 169 aa  93.6  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.523891  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  36.59 
 
 		 172 aa  93.2  2e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  34.13 
 
 		 189 aa  93.6  2e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  33.15 
 
 		 182 aa  92.8  3e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  33.15 
 
 		 182 aa  92.8  3e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  33.15 
 
 		 183 aa  92.8  3e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  32.5 
 
 		 174 aa  92.8  3e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  33.15 
 
 		 182 aa  92.8  3e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  33.15 
 
 		 182 aa  92.8  3e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  33.15 
 
 		 182 aa  92.8  3e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  33.15 
 
 		 183 aa  92.8  3e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  33.15 
 
 		 182 aa  92.8  3e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  33.15 
 
 		 182 aa  92.4  4e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  31.1 
 
 		 176 aa  92  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  34.34 
 
 		 187 aa  91.3  8e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0294  16S rRNA-processing protein RimM  32.53 
 
 		 175 aa  91.3  9e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000244736  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  32.09 
 
 		 176 aa  90.1  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  31.71 
 
 		 176 aa  89.7  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  32.32 
 
 		 175 aa  90.5  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  32.35 
 
 		 184 aa  89.7  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1160  16S rRNA-processing protein RimM  29.7 
 
 		 176 aa  89.4  4e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000339506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2259  16S rRNA processing protein RimM  33.95 
 
 		 175 aa  88.6  6e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00362767  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1390  16S rRNA processing protein RimM  37.04 
 
 		 163 aa  88.6  6e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0279558  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3089  16S rRNA-processing protein RimM  33.94 
 
 		 177 aa  88.6  6e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.157411  normal  0.0618284 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2333  16S rRNA processing protein RimM  33.74 
 
 		 164 aa  87.4  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000377156  normal  0.0588442 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  33.93 
 
 		 180 aa  86.7  2e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2854  16S rRNA processing protein RimM  35.19 
 
 		 171 aa  87  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.77473  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  31.95 
 
 		 179 aa  86.7  2e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  38.79 
 
 		 170 aa  87  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0890  16S rRNA-processing protein RimM  28.66 
 
 		 176 aa  86.7  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000503781  normal  0.334216 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  29.88 
 
 		 176 aa  86.3  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1169  16S rRNA-processing protein RimM  28.66 
 
 		 176 aa  85.9  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549178  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03479  16S rRNA-processing protein RimM  30.95 
 
 		 182 aa  85.9  4e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>