248 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_2152 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_2152  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 		 169 aa  326  8e-89  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.523891  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3277  16S rRNA processing protein RimM  48.57 
 
 		 188 aa  132  1.9999999999999998e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.399714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  42.44 
 
 		 176 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  42.6 
 
 		 176 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  40.94 
 
 		 182 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  42.69 
 
 		 198 aa  106  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  41.95 
 
 		 204 aa  105  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  40.35 
 
 		 199 aa  103  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  40.8 
 
 		 176 aa  103  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  41.94 
 
 		 185 aa  103  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  41.88 
 
 		 189 aa  101  6e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  41.03 
 
 		 189 aa  99.4  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  41.03 
 
 		 189 aa  99.4  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  31.18 
 
 		 168 aa  98.6  4e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  41.62 
 
 		 201 aa  97.8  7e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  39.08 
 
 		 173 aa  96.7  1e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  39.63 
 
 		 176 aa  92.4  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  39.16 
 
 		 188 aa  92  3e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  36.99 
 
 		 173 aa  91.7  4e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0002  16S rRNA-processing protein RimM  27.98 
 
 		 175 aa  91.3  6e-18  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  41.46 
 
 		 166 aa  90.5  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  37.5 
 
 		 212 aa  89.7  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  40.74 
 
 		 169 aa  88.6  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  40.74 
 
 		 169 aa  88.2  6e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  38.92 
 
 		 167 aa  87.4  9e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  27.01 
 
 		 173 aa  86.7  1e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  37.5 
 
 		 189 aa  86.7  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  36.88 
 
 		 221 aa  86.3  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  35.43 
 
 		 224 aa  86.3  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  38.15 
 
 		 231 aa  85.5  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  35.88 
 
 		 185 aa  85.1  4e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  36.09 
 
 		 223 aa  85.1  5e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  36.09 
 
 		 223 aa  84.7  6e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  38.76 
 
 		 172 aa  84  9e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  34.1 
 
 		 187 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  36.88 
 
 		 189 aa  83.6  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  39.31 
 
 		 169 aa  81.6  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  35.8 
 
 		 187 aa  80.5  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  38.99 
 
 		 200 aa  79.7  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3353  16S rRNA-processing protein RimM  40.83 
 
 		 173 aa  76.3  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.170561 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  35.23 
 
 		 179 aa  75.5  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  36.57 
 
 		 171 aa  75.9  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  31.48 
 
 		 191 aa  75.1  0.0000000000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1406  16S rRNA processing protein RimM  38.99 
 
 		 166 aa  73.6  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.502149  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  34.18 
 
 		 189 aa  72.4  0.000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  33.72 
 
 		 169 aa  71.2  0.000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  30.81 
 
 		 176 aa  70.9  0.000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  39.6 
 
 		 177 aa  70.1  0.00000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  34.38 
 
 		 206 aa  70.5  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0749  16S rRNA-processing protein RimM  30.05 
 
 		 220 aa  69.7  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  34.88 
 
 		 171 aa  68.2  0.00000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  32.74 
 
 		 191 aa  67.8  0.00000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 		 171 aa  67  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3354  16S rRNA-processing protein RimM  35.12 
 
 		 209 aa  67.4  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.305815 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5344  16S rRNA-processing protein RimM  32.14 
 
 		 189 aa  66.6  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2539  16S rRNA-processing protein RimM  30.98 
 
 		 221 aa  66.2  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0570  16S rRNA-processing protein RimM  28.4 
 
 		 168 aa  66.6  0.0000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.115494  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  35.03 
 
 		 180 aa  66.2  0.0000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2702  16S rRNA-processing protein RimM  35.12 
 
 		 190 aa  66.2  0.0000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.294971  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0934  16S rRNA-processing protein RimM  31.43 
 
 		 184 aa  65.5  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0565923 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  30.81 
 
 		 176 aa  65.9  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  32.93 
 
 		 174 aa  65.9  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  32.53 
 
 		 170 aa  65.1  0.0000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  33.53 
 
 		 169 aa  65.1  0.0000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  35.54 
 
 		 170 aa  65.1  0.0000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  23.73 
 
 		 176 aa  64.7  0.0000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0805  16S rRNA-processing protein RimM  32.95 
 
 		 184 aa  64.7  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0876  16S rRNA-processing protein RimM  32.95 
 
 		 184 aa  63.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  35.29 
 
 		 163 aa  63.9  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  35.06 
 
 		 180 aa  63.5  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1160  16S rRNA-processing protein RimM  29.82 
 
 		 176 aa  63.2  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000339506  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  32.34 
 
 		 172 aa  63.2  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  38.89 
 
 		 210 aa  62  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1390  16S rRNA processing protein RimM  41.21 
 
 		 163 aa  62.4  0.000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0279558  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  35.15 
 
 		 167 aa  62  0.000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  29.31 
 
 		 176 aa  62  0.000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0950  16S rRNA-processing protein RimM  36.79 
 
 		 225 aa  61.2  0.000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0946  16S rRNA-processing protein RimM  36.45 
 
 		 237 aa  61.2  0.000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.501365  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1474  16S rRNA-processing protein RimM  31.79 
 
 		 184 aa  60.1  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2919  16S rRNA-processing protein RimM  26.7 
 
 		 176 aa  60.5  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000569736  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0518  16S rRNA processing protein RimM  30.41 
 
 		 188 aa  59.7  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.541026  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1284  16S rRNA processing protein RimM  29.31 
 
 		 184 aa  59.3  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.270543  normal  0.304592 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01706  16S rRNA-processing protein RimM  28.3 
 
 		 173 aa  58.9  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0345877  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2018  16S rRNA processing protein RimM  25.15 
 
 		 177 aa  58.5  0.00000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0112237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2259  16S rRNA processing protein RimM  31.95 
 
 		 175 aa  58.9  0.00000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00362767  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2485  16S rRNA processing protein RimM  31.74 
 
 		 176 aa  58.5  0.00000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.423168  normal  0.175293 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1288  16S rRNA-processing protein RimM  27.91 
 
 		 176 aa  57.8  0.00000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000110365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1255  16S rRNA-processing protein RimM  27.91 
 
 		 176 aa  57.8  0.00000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000416795  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1578  16S rRNA-processing protein RimM  26.81 
 
 		 176 aa  57.4  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.637772  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3016  16S rRNA-processing protein RimM  27.91 
 
 		 176 aa  57.8  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000828768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3102  16S rRNA-processing protein RimM  27.91 
 
 		 176 aa  57.8  0.00000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000126118  normal  0.166795 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1211  16S rRNA-processing protein RimM  27.91 
 
 		 176 aa  57.8  0.00000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000458928  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0591  16S rRNA-processing protein RimM  34.29 
 
 		 225 aa  57.4  0.00000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1070  16S rRNA-processing protein RimM  34.29 
 
 		 225 aa  57.4  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0584634  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  26.9 
 
 		 182 aa  57  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1029  16S rRNA-processing protein RimM  33.64 
 
 		 225 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1169  16S rRNA-processing protein RimM  29.07 
 
 		 176 aa  57  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549178  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2753  16S rRNA-processing protein RimM  25.44 
 
 		 176 aa  57  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000227208  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2321  16S rRNA processing protein RimM  24.56 
 
 		 177 aa  56.6  0.0000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  27.81 
 
 		 176 aa  57  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>