More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1186 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 		 201 aa  392  1e-108  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  52.1 
 
 		 169 aa  158  5e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  51.5 
 
 		 169 aa  157  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  51.5 
 
 		 169 aa  155  4e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  51.2 
 
 		 167 aa  149  3e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  44.38 
 
 		 188 aa  147  8e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  45.4 
 
 		 189 aa  144  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  47.5 
 
 		 189 aa  142  4e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  47.5 
 
 		 189 aa  142  4e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  49.11 
 
 		 166 aa  141  7e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  44.24 
 
 		 198 aa  141  8e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  46.34 
 
 		 176 aa  140  9e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  50 
 
 		 221 aa  140  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  45.35 
 
 		 182 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  44.24 
 
 		 173 aa  134  7.000000000000001e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  44.85 
 
 		 173 aa  134  7.000000000000001e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  44.19 
 
 		 187 aa  134  9e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  44.64 
 
 		 176 aa  132  3e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  43.45 
 
 		 176 aa  131  5e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  44.85 
 
 		 199 aa  131  7.999999999999999e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  45.83 
 
 		 189 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  44.85 
 
 		 171 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  46.99 
 
 		 185 aa  126  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  45.3 
 
 		 212 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  44.64 
 
 		 189 aa  125  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  42.39 
 
 		 200 aa  125  3e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  48.24 
 
 		 206 aa  120  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  40.74 
 
 		 185 aa  118  4.9999999999999996e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  41.62 
 
 		 204 aa  117  9e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  33.54 
 
 		 173 aa  115  6e-25  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0002  16S rRNA-processing protein RimM  34.57 
 
 		 175 aa  114  8.999999999999998e-25  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  40.24 
 
 		 224 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  39.78 
 
 		 223 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  39.78 
 
 		 223 aa  109  3e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  32.93 
 
 		 168 aa  108  5e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  40.7 
 
 		 191 aa  105  5e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  39.24 
 
 		 176 aa  101  7e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3353  16S rRNA-processing protein RimM  41.29 
 
 		 173 aa  100  1e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.170561 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1406  16S rRNA processing protein RimM  40.54 
 
 		 166 aa  99  4e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.502149  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  41.88 
 
 		 157 aa  97.8  9e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  38.24 
 
 		 231 aa  95.5  5e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3277  16S rRNA processing protein RimM  41.32 
 
 		 188 aa  95.1  6e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.399714  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  37.79 
 
 		 173 aa  94.4  1e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  38 
 
 		 163 aa  91.3  9e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  40.24 
 
 		 171 aa  90.9  1e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  28.96 
 
 		 179 aa  89.7  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0088  16S rRNA-processing protein RimM  37.2 
 
 		 170 aa  89.7  2e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0074  16S rRNA-processing protein RimM  36.59 
 
 		 170 aa  89.4  3e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  28.96 
 
 		 179 aa  87.4  1e-16  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2152  16S rRNA processing protein RimM  41.62 
 
 		 169 aa  86.7  2e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.523891  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  31.79 
 
 		 176 aa  86.3  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  39.31 
 
 		 173 aa  86.3  3e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  39.31 
 
 		 173 aa  86.3  3e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  39.31 
 
 		 173 aa  86.3  3e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  38.24 
 
 		 187 aa  85.9  4e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  39.05 
 
 		 171 aa  85.1  6e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  32.12 
 
 		 176 aa  85.1  6e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  35.4 
 
 		 189 aa  84.7  9e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  37.14 
 
 		 174 aa  84  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02148  16S rRNA-processing protein RimM  34.15 
 
 		 180 aa  83.2  0.000000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.899687  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  38.73 
 
 		 172 aa  83.6  0.000000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  38.24 
 
 		 170 aa  83.2  0.000000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  36.67 
 
 		 180 aa  83.2  0.000000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2539  16S rRNA-processing protein RimM  35.59 
 
 		 221 aa  82.4  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  28.42 
 
 		 179 aa  82.4  0.000000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  34.76 
 
 		 170 aa  82  0.000000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  37.28 
 
 		 181 aa  81.3  0.000000000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  31.93 
 
 		 182 aa  80.9  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  27.47 
 
 		 179 aa  80.1  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 		 175 aa  79.7  0.00000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 		 184 aa  79.3  0.00000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2259  16S rRNA processing protein RimM  36.81 
 
 		 175 aa  79.7  0.00000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00362767  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  39.41 
 
 		 170 aa  78.6  0.00000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  36.11 
 
 		 180 aa  78.6  0.00000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0428  16S rRNA processing protein RimM  36.97 
 
 		 169 aa  78.2  0.00000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.709959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 		 182 aa  78.2  0.00000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 		 182 aa  78.2  0.00000000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  34.88 
 
 		 191 aa  78.2  0.00000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  37.65 
 
 		 172 aa  77.8  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2085  16S rRNA processing protein RimM  37.71 
 
 		 172 aa  77.4  0.0000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1289  16S rRNA processing protein RimM  35.09 
 
 		 182 aa  77  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.611954  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38467  predicted protein  37.69 
 
 		 235 aa  76.6  0.0000000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.375973 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  34.73 
 
 		 200 aa  77  0.0000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  30.29 
 
 		 174 aa  75.9  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1386  16S rRNA-processing protein RimM  30.52 
 
 		 207 aa  75.9  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.594776 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  36.42 
 
 		 176 aa  75.9  0.0000000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03479  16S rRNA-processing protein RimM  30.46 
 
 		 182 aa  75.5  0.0000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  31.98 
 
 		 176 aa  75.5  0.0000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  30.23 
 
 		 176 aa  75.1  0.0000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  34.5 
 
 		 172 aa  74.7  0.0000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  30.81 
 
 		 176 aa  74.7  0.0000000000009  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  30.46 
 
 		 176 aa  74.3  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1664  16S rRNA processing protein RimM  34.88 
 
 		 178 aa  74.3  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0329621  hitchhiker  0.00376352 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  36.36 
 
 		 182 aa  74.3  0.000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  30.95 
 
 		 187 aa  73.9  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1801  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 		 168 aa  74.3  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165752  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1091  16S rRNA-processing protein RimM  33.51 
 
 		 233 aa  73.6  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.166922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  30.54 
 
 		 176 aa  73.2  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  35.39 
 
 		 179 aa  73.9  0.000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2854  16S rRNA processing protein RimM  34.57 
 
 		 171 aa  73.2  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.77473  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>