295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2085 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_2085  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
172 aa  331  3e-90  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  64.91 
 
 
173 aa  211  2.9999999999999995e-54  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  59.06 
 
 
173 aa  192  3e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  59.06 
 
 
173 aa  192  3e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  59.06 
 
 
173 aa  192  3e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  59.65 
 
 
172 aa  190  9e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  57.89 
 
 
173 aa  186  1e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  55.56 
 
 
172 aa  182  2.0000000000000003e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  58.62 
 
 
174 aa  176  2e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  45.03 
 
 
187 aa  151  5e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12921  16S rRNA-processing protein RimM  54.29 
 
 
176 aa  151  5e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.368366 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  54.97 
 
 
171 aa  150  7e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  53.22 
 
 
170 aa  150  1e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  50.88 
 
 
172 aa  145  2.0000000000000003e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  47.75 
 
 
180 aa  144  5e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  52.6 
 
 
170 aa  144  5e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  47.19 
 
 
180 aa  138  3e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  47.75 
 
 
179 aa  134  6.0000000000000005e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  49.12 
 
 
171 aa  134  6.0000000000000005e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  45.29 
 
 
181 aa  130  1.0000000000000001e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  43.86 
 
 
169 aa  125  2.0000000000000002e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  43.79 
 
 
184 aa  125  3e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  42.94 
 
 
167 aa  125  3e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  43.79 
 
 
176 aa  125  4.0000000000000003e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  41.04 
 
 
194 aa  117  6e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  44.19 
 
 
174 aa  115  1.9999999999999998e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1150  16S rRNA-processing protein RimM  40.09 
 
 
225 aa  115  3e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23730  16S rRNA processing protein RimM  44.12 
 
 
214 aa  110  8.000000000000001e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.659902  normal  0.204427 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  45.03 
 
 
177 aa  108  4.0000000000000004e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  40.35 
 
 
181 aa  107  6e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0987  16S rRNA processing protein RimM  38.15 
 
 
184 aa  97.1  1e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000000842356  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  40.35 
 
 
188 aa  96.3  2e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  39.77 
 
 
197 aa  94  9e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  37.13 
 
 
182 aa  90.9  7e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  37.71 
 
 
201 aa  90.5  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  40 
 
 
200 aa  89.4  2e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  38.46 
 
 
182 aa  88.2  5e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1801  16S rRNA processing protein RimM  35.88 
 
 
168 aa  87  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165752  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  37.21 
 
 
210 aa  85.9  2e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  31.74 
 
 
172 aa  84.3  7e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1054  RimM protein for 16S rRNA processing  31.58 
 
 
204 aa  82.8  0.000000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  32.94 
 
 
182 aa  81.6  0.000000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  31.87 
 
 
163 aa  82  0.000000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  31.18 
 
 
176 aa  81.6  0.000000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  31.84 
 
 
199 aa  81.3  0.000000000000006  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  37.5 
 
 
169 aa  80.9  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  36.9 
 
 
169 aa  79.7  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  34.5 
 
 
176 aa  79.7  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  32.34 
 
 
172 aa  78.6  0.00000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  37.5 
 
 
169 aa  78.2  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  28 
 
 
174 aa  78.2  0.00000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  38.07 
 
 
179 aa  77  0.0000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  30.54 
 
 
171 aa  74.7  0.0000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  30.54 
 
 
171 aa  74.3  0.0000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0566  16S rRNA processing protein RimM  28.82 
 
 
167 aa  73.6  0.000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00173533  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  35.63 
 
 
182 aa  73.2  0.000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  29.94 
 
 
171 aa  73.2  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  29.61 
 
 
198 aa  73.2  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  33.52 
 
 
185 aa  72.8  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  27.01 
 
 
179 aa  71.6  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  28 
 
 
168 aa  71.6  0.000000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  36.25 
 
 
221 aa  71.2  0.000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  31.37 
 
 
174 aa  70.9  0.000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  27.71 
 
 
171 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  27.71 
 
 
171 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  27.71 
 
 
171 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  27.71 
 
 
171 aa  70.5  0.00000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  29.34 
 
 
171 aa  70.5  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  27.71 
 
 
171 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  34.52 
 
 
176 aa  70.5  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  29.55 
 
 
204 aa  69.7  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  33.93 
 
 
167 aa  69.7  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1289  16S rRNA processing protein RimM  33.72 
 
 
182 aa  68.9  0.00000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.611954  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  30.99 
 
 
169 aa  68.9  0.00000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  29.03 
 
 
189 aa  68.2  0.00000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  30.49 
 
 
182 aa  68.2  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  34.3 
 
 
169 aa  68.2  0.00000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  29.03 
 
 
189 aa  68.2  0.00000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  28.66 
 
 
191 aa  68.2  0.00000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  30.3 
 
 
176 aa  68.6  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  34.87 
 
 
189 aa  67.8  0.00000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38467  predicted protein  36.04 
 
 
235 aa  68.2  0.00000000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.375973 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4117  16S rRNA-processing protein RimM  32.22 
 
 
186 aa  67.8  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  29.61 
 
 
173 aa  67.8  0.00000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  27.11 
 
 
171 aa  67  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_505  16S rRNA processing protein RimM  28.4 
 
 
166 aa  66.2  0.0000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000191939  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  29.61 
 
 
176 aa  66.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4970  16S rRNA processing protein RimM  33.15 
 
 
180 aa  66.2  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  29.53 
 
 
189 aa  66.2  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  30.81 
 
 
176 aa  65.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  26.29 
 
 
179 aa  65.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0540  16S rRNA processing protein RimM  27.06 
 
 
166 aa  65.5  0.0000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000769846  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  31.68 
 
 
157 aa  65.1  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  27.68 
 
 
167 aa  65.1  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  27.68 
 
 
167 aa  65.1  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1664  16S rRNA processing protein RimM  32.56 
 
 
178 aa  65.1  0.0000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0329621  hitchhiker  0.00376352 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4078  16S rRNA-processing protein RimM  31.67 
 
 
186 aa  64.7  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  29.41 
 
 
177 aa  63.9  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0967  16S rRNA processing protein RimM  33.74 
 
 
167 aa  63.9  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000740944  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  31.93 
 
 
199 aa  63.2  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>