More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_1801 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_1801  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
168 aa  335  9.999999999999999e-92  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165752  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  50 
 
 
210 aa  160  1e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  48.21 
 
 
176 aa  153  9e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  50.59 
 
 
176 aa  151  4e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  36.75 
 
 
182 aa  116  1.9999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  36.09 
 
 
182 aa  110  1.0000000000000001e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  38.55 
 
 
172 aa  104  6e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  36.69 
 
 
173 aa  91.3  6e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  35.29 
 
 
174 aa  89.7  2e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  34.55 
 
 
170 aa  88.6  3e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2485  16S rRNA processing protein RimM  39.26 
 
 
176 aa  87  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.423168  normal  0.175293 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  34.73 
 
 
187 aa  84  9e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  34.52 
 
 
172 aa  82.8  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  27.88 
 
 
174 aa  82  0.000000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
180 aa  80.5  0.000000000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  30.12 
 
 
172 aa  80.5  0.00000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
180 aa  80.5  0.00000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  36.31 
 
 
173 aa  79.7  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  36.31 
 
 
173 aa  79.7  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  36.31 
 
 
173 aa  79.7  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  31.55 
 
 
173 aa  79  0.00000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  30.72 
 
 
176 aa  78.6  0.00000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  34.73 
 
 
170 aa  77.8  0.00000000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2085  16S rRNA processing protein RimM  35.88 
 
 
172 aa  77.8  0.00000000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  35.33 
 
 
172 aa  77  0.0000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3065  16S rRNA processing protein RimM  31.21 
 
 
170 aa  75.9  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000508882  hitchhiker  0.000000546045 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  30.86 
 
 
167 aa  75.9  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  30.3 
 
 
171 aa  75.1  0.0000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  30.3 
 
 
171 aa  74.3  0.0000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  30.3 
 
 
171 aa  74.3  0.0000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  30.3 
 
 
171 aa  74.3  0.0000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  30.3 
 
 
171 aa  74.3  0.0000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 
201 aa  74.3  0.0000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  30.3 
 
 
171 aa  74.3  0.0000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  30.72 
 
 
172 aa  73.9  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  32.94 
 
 
179 aa  73.6  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  29.52 
 
 
171 aa  73.6  0.000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  32.34 
 
 
171 aa  72.8  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2869  16S rRNA processing protein RimM  29.94 
 
 
173 aa  73.2  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257467  hitchhiker  0.000000637329 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  32.7 
 
 
221 aa  72.4  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  31.93 
 
 
171 aa  72.4  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  29.52 
 
 
171 aa  72  0.000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  26.47 
 
 
179 aa  72  0.000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  25.88 
 
 
179 aa  71.6  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  31.74 
 
 
194 aa  71.2  0.000000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  31.41 
 
 
189 aa  70.5  0.00000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  26.99 
 
 
168 aa  70.5  0.00000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0934  16S rRNA-processing protein RimM  28.4 
 
 
184 aa  69.3  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0565923 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  31.14 
 
 
169 aa  70.1  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  30.91 
 
 
172 aa  69.7  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  30.72 
 
 
204 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  29.76 
 
 
176 aa  69.7  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  31.01 
 
 
174 aa  69.7  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  24.71 
 
 
179 aa  68.2  0.00000000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  27.39 
 
 
170 aa  68.2  0.00000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02148  16S rRNA-processing protein RimM  27.39 
 
 
180 aa  67.8  0.00000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.899687  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  30.12 
 
 
173 aa  68.2  0.00000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  27.88 
 
 
171 aa  67.8  0.00000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  32.53 
 
 
189 aa  67.4  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  27.88 
 
 
171 aa  67.4  0.00000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1479  16S rRNA-processing protein RimM  27.71 
 
 
173 aa  67.4  0.00000000009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  29.94 
 
 
167 aa  67  0.0000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  29.94 
 
 
167 aa  67  0.0000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1096  16S rRNA processing protein RimM  32.86 
 
 
152 aa  67  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0393461  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  24.12 
 
 
179 aa  66.2  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  28.74 
 
 
167 aa  65.5  0.0000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  27.16 
 
 
167 aa  65.1  0.0000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0645  16S rRNA processing protein RimM  29.52 
 
 
172 aa  65.1  0.0000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0229573  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1943  16S rRNA processing protein RimM  29.63 
 
 
165 aa  65.1  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  32.08 
 
 
189 aa  65.1  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  28.57 
 
 
182 aa  64.7  0.0000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  30.36 
 
 
184 aa  64.3  0.0000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0164  16S rRNA processing protein RimM  31.25 
 
 
217 aa  63.9  0.0000000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.199907  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  34.73 
 
 
177 aa  63.5  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2018  16S rRNA processing protein RimM  29.88 
 
 
177 aa  63.5  0.000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0112237  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  28.9 
 
 
182 aa  63.5  0.000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  31.21 
 
 
179 aa  63.5  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2321  16S rRNA processing protein RimM  29.88 
 
 
177 aa  63.2  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3429  16S rRNA processing protein RimM  29.09 
 
 
172 aa  63.5  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000572848  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  39.18 
 
 
200 aa  62.8  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  30.54 
 
 
223 aa  62.8  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  30.72 
 
 
224 aa  63.2  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  29.88 
 
 
212 aa  63.2  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 
176 aa  63.2  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3016  16S rRNA-processing protein RimM  26.99 
 
 
176 aa  62.8  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000828768  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2222  16S rRNA processing protein  32.73 
 
 
175 aa  62.4  0.000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.646e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2837  16S rRNA-processing protein RimM  26.99 
 
 
176 aa  62.4  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000499984  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2919  16S rRNA-processing protein RimM  26.99 
 
 
176 aa  62.4  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000363709  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2919  16S rRNA-processing protein RimM  28.22 
 
 
176 aa  62.4  0.000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000569736  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0987  16S rRNA processing protein RimM  31.52 
 
 
184 aa  62.4  0.000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000000842356  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0876  16S rRNA-processing protein RimM  26.54 
 
 
184 aa  62  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298701  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0805  16S rRNA-processing protein RimM  26.54 
 
 
184 aa  62  0.000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2051  16S rRNA processing protein RimM  21.74 
 
 
167 aa  61.6  0.000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  27.74 
 
 
178 aa  61.2  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  34.21 
 
 
185 aa  61.2  0.000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  29.94 
 
 
223 aa  61.2  0.000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  29.27 
 
 
181 aa  61.2  0.000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0428  16S rRNA processing protein RimM  32.5 
 
 
169 aa  61.2  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.709959  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  27.78 
 
 
168 aa  61.2  0.000000007  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  27.74 
 
 
178 aa  60.8  0.000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>