More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_1400 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
174 aa  335  1.9999999999999998e-91  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  62.5 
 
 
172 aa  176  2e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  57.99 
 
 
171 aa  167  5e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  58.08 
 
 
170 aa  166  2e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  53.29 
 
 
187 aa  164  8e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  46.93 
 
 
181 aa  155  2e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  53.01 
 
 
167 aa  154  8e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  50.57 
 
 
180 aa  152  2e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  54.49 
 
 
170 aa  152  2e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  62.33 
 
 
177 aa  152  2e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  52.69 
 
 
171 aa  152  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  51.2 
 
 
181 aa  151  4e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  51.7 
 
 
180 aa  149  2e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  49.71 
 
 
179 aa  149  3e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  49.17 
 
 
184 aa  149  3e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  47.06 
 
 
173 aa  138  3e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  47.53 
 
 
182 aa  137  6e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  45.18 
 
 
197 aa  137  7e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  47.67 
 
 
174 aa  136  1e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  48.52 
 
 
172 aa  136  2e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  50.3 
 
 
182 aa  134  5e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23730  16S rRNA processing protein RimM  52.69 
 
 
214 aa  134  6.0000000000000005e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.659902  normal  0.204427 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  47.06 
 
 
173 aa  133  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  47.06 
 
 
173 aa  133  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  46.11 
 
 
169 aa  133  9.999999999999999e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  47.06 
 
 
173 aa  133  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  46.3 
 
 
176 aa  132  3e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0987  16S rRNA processing protein RimM  43.45 
 
 
184 aa  130  6.999999999999999e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000000842356  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  45.03 
 
 
172 aa  128  3e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  43.35 
 
 
194 aa  125  2.0000000000000002e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  51.5 
 
 
188 aa  125  2.0000000000000002e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  44.71 
 
 
173 aa  125  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2085  16S rRNA processing protein RimM  45.66 
 
 
172 aa  115  3.9999999999999997e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  45.2 
 
 
200 aa  111  5e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1150  16S rRNA-processing protein RimM  37.91 
 
 
225 aa  111  5e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  38.92 
 
 
168 aa  106  1e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12921  16S rRNA-processing protein RimM  42.94 
 
 
176 aa  105  3e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.368366 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  34.73 
 
 
172 aa  104  6e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  37.36 
 
 
199 aa  100  9e-21  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  38.95 
 
 
210 aa  100  1e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1054  RimM protein for 16S rRNA processing  37.5 
 
 
204 aa  97.4  9e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  37.43 
 
 
198 aa  97.1  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  31.1 
 
 
167 aa  97.4  1e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  31.1 
 
 
167 aa  97.4  1e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  34.13 
 
 
172 aa  96.7  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  31.14 
 
 
171 aa  96.3  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  32.34 
 
 
171 aa  95.9  3e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  31.14 
 
 
171 aa  95.1  4e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  31.74 
 
 
171 aa  95.5  4e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  31.14 
 
 
171 aa  95.1  4e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  31.14 
 
 
171 aa  95.1  4e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  31.14 
 
 
171 aa  95.1  4e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  31.14 
 
 
171 aa  95.5  4e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  30.54 
 
 
171 aa  92.4  3e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  36.63 
 
 
176 aa  92  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  36.47 
 
 
176 aa  91.3  7e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  34.88 
 
 
182 aa  89.4  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  36.9 
 
 
173 aa  89  3e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  29.94 
 
 
171 aa  87.8  7e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  35.71 
 
 
177 aa  87.4  1e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  31.1 
 
 
176 aa  85.5  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  37.11 
 
 
173 aa  85.5  3e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  32.34 
 
 
182 aa  85.1  4e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  27.98 
 
 
167 aa  85.1  5e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  33.75 
 
 
176 aa  84.7  5e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  34.12 
 
 
176 aa  84.7  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  38.46 
 
 
185 aa  84  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  27.16 
 
 
169 aa  81.3  0.000000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  27.81 
 
 
174 aa  80.9  0.000000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  32.93 
 
 
182 aa  80.5  0.00000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1289  16S rRNA processing protein RimM  31.52 
 
 
182 aa  79.7  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.611954  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  33.13 
 
 
199 aa  80.1  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  27.98 
 
 
169 aa  79  0.00000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1801  16S rRNA processing protein RimM  31.01 
 
 
168 aa  78.6  0.00000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165752  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  36.02 
 
 
221 aa  78.6  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  32.32 
 
 
191 aa  78.6  0.00000000000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  31.45 
 
 
169 aa  78.2  0.00000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  32.28 
 
 
187 aa  77.4  0.00000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  32.72 
 
 
179 aa  77  0.0000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  30.12 
 
 
176 aa  77  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  33.12 
 
 
189 aa  77.4  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  26.38 
 
 
166 aa  77.4  0.0000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1384  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 
172 aa  77.4  0.0000000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00157124  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  31.33 
 
 
176 aa  76.3  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1664  16S rRNA processing protein RimM  32.69 
 
 
178 aa  76.3  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0329621  hitchhiker  0.00376352 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  31.76 
 
 
189 aa  76.3  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5344  16S rRNA-processing protein RimM  33.73 
 
 
189 aa  76.3  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  31.18 
 
 
189 aa  75.5  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  30.12 
 
 
176 aa  75.9  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  35.12 
 
 
176 aa  75.5  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  32.7 
 
 
189 aa  75.5  0.0000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  32.7 
 
 
189 aa  75.5  0.0000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1535  16S rRNA processing protein RimM  25.32 
 
 
166 aa  75.5  0.0000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00265207  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  32.74 
 
 
176 aa  74.7  0.0000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3758  16S rRNA processing protein RimM  31.52 
 
 
170 aa  74.7  0.0000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0504856  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38467  predicted protein  35.52 
 
 
235 aa  74.7  0.0000000000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.375973 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  29.8 
 
 
182 aa  73.9  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  34.19 
 
 
189 aa  73.9  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1125  16S rRNA-processing protein RimM  30.32 
 
 
182 aa  73.9  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  30.82 
 
 
176 aa  72.8  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>