281 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BLD_1054 on replicon NC_010816
Organism: Bifidobacterium longum DJO10A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010816  BLD_1054  RimM protein for 16S rRNA processing  100 
 
 		 204 aa  402  1e-111  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  59.11 
 
 		 199 aa  226  2e-58  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  39.13 
 
 		 167 aa  108  4.0000000000000004e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  37.76 
 
 		 179 aa  107  1e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  40.11 
 
 		 181 aa  107  1e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  38.14 
 
 		 200 aa  106  2e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  37.89 
 
 		 194 aa  106  2e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  33.67 
 
 		 187 aa  106  3e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  34.74 
 
 		 173 aa  103  1e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  37.97 
 
 		 181 aa  103  2e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  35.87 
 
 		 176 aa  101  6e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  39.46 
 
 		 172 aa  101  8e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  38.3 
 
 		 182 aa  99.8  3e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  34 
 
 		 180 aa  99  5e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0987  16S rRNA processing protein RimM  36.36 
 
 		 184 aa  98.6  5e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000000842356  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  34 
 
 		 180 aa  98.2  6e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  39.04 
 
 		 170 aa  98.6  6e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  37.43 
 
 		 171 aa  97.1  2e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  33.68 
 
 		 172 aa  96.3  3e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  36.36 
 
 		 170 aa  95.5  4e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  34.21 
 
 		 173 aa  95.1  6e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  34.21 
 
 		 173 aa  95.1  6e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  34.21 
 
 		 173 aa  95.1  6e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  35.83 
 
 		 174 aa  94.4  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  36.96 
 
 		 174 aa  94  1e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  35.83 
 
 		 171 aa  92.8  3e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  34.74 
 
 		 191 aa  92.8  3e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  41.67 
 
 		 189 aa  92  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  41.67 
 
 		 189 aa  92  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  31.41 
 
 		 173 aa  92  6e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  37.3 
 
 		 182 aa  91.3  8e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1091  16S rRNA-processing protein RimM  37.11 
 
 		 233 aa  90.9  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.166922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  33.16 
 
 		 197 aa  90.5  1e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1150  16S rRNA-processing protein RimM  31.49 
 
 		 225 aa  90.5  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  36.36 
 
 		 169 aa  89.7  3e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  36.17 
 
 		 188 aa  88.2  7e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  34.17 
 
 		 184 aa  87.4  1e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23730  16S rRNA processing protein RimM  37.97 
 
 		 214 aa  86.7  2e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.659902  normal  0.204427 
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  35.05 
 
 		 189 aa  86.3  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  35.05 
 
 		 189 aa  86.3  3e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  34.04 
 
 		 189 aa  82.8  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  38.89 
 
 		 221 aa  82  0.000000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  35.33 
 
 		 177 aa  82  0.000000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  33.52 
 
 		 198 aa  82.4  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  33.16 
 
 		 172 aa  81.6  0.000000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 		 176 aa  81.6  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  36.11 
 
 		 212 aa  80.9  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  33.17 
 
 		 181 aa  79.7  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  32.8 
 
 		 199 aa  78.2  0.00000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12921  16S rRNA-processing protein RimM  29.8 
 
 		 176 aa  77.4  0.0000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.368366 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  32.99 
 
 		 200 aa  77.4  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0164  16S rRNA processing protein RimM  34.18 
 
 		 217 aa  77.8  0.0000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.199907  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  35.75 
 
 		 180 aa  77.4  0.0000000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  31.58 
 
 		 176 aa  76.6  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2085  16S rRNA processing protein RimM  29.95 
 
 		 172 aa  76.3  0.0000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 		 201 aa  76.6  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  28.72 
 
 		 167 aa  75.9  0.0000000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  32.8 
 
 		 223 aa  75.5  0.0000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  31.58 
 
 		 176 aa  75.5  0.0000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  32.09 
 
 		 173 aa  75.1  0.0000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  26.06 
 
 		 167 aa  75.1  0.0000000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  26.06 
 
 		 167 aa  75.1  0.0000000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  32.8 
 
 		 223 aa  75.1  0.0000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  27.6 
 
 		 179 aa  74.7  0.0000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  31.58 
 
 		 176 aa  74.7  0.0000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  32.79 
 
 		 173 aa  74.3  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  25.79 
 
 		 179 aa  74.3  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  32.94 
 
 		 185 aa  74.7  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  28.87 
 
 		 179 aa  74.3  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  27.08 
 
 		 179 aa  73.9  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  37.78 
 
 		 206 aa  72.8  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4627  16S rRNA-processing protein RimM  30.99 
 
 		 208 aa  73.2  0.000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1284  16S rRNA processing protein RimM  29.7 
 
 		 184 aa  72.8  0.000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.270543  normal  0.304592 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  31.61 
 
 		 169 aa  72  0.000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  29.51 
 
 		 176 aa  72  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  31.55 
 
 		 169 aa  72  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  30.32 
 
 		 171 aa  72  0.000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  32.62 
 
 		 224 aa  71.2  0.000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  33.16 
 
 		 231 aa  70.9  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  31.5 
 
 		 204 aa  70.5  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0130  16S rRNA-processing protein RimM  34.07 
 
 		 177 aa  70.5  0.00000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0512614  normal  0.0110832 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  32.07 
 
 		 167 aa  70.5  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38467  predicted protein  35.61 
 
 		 235 aa  69.7  0.00000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.375973 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  34.25 
 
 		 188 aa  69.7  0.00000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  27.32 
 
 		 174 aa  69.3  0.00000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  31.15 
 
 		 182 aa  68.6  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0518  16S rRNA processing protein RimM  29.21 
 
 		 188 aa  68.2  0.00000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.541026  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4117  16S rRNA-processing protein RimM  30.73 
 
 		 186 aa  67.4  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1964  16S rRNA-processing protein RimM  32.43 
 
 		 165 aa  67.4  0.0000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  28.14 
 
 		 184 aa  67.8  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  31.05 
 
 		 176 aa  67  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  31.52 
 
 		 166 aa  66.6  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1682  16S rRNA-processing protein RimM  31.89 
 
 		 165 aa  66.2  0.0000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00118486  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  32.31 
 
 		 179 aa  65.5  0.0000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1691  16S rRNA-processing protein RimM  30.41 
 
 		 213 aa  65.5  0.0000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4078  16S rRNA-processing protein RimM  30.21 
 
 		 186 aa  65.5  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1462  16S rRNA-processing protein RimM  29.38 
 
 		 202 aa  65.5  0.0000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  30.57 
 
 		 182 aa  64.3  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  27.72 
 
 		 185 aa  64.3  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1105  16S rRNA-processing protein RimM  28.8 
 
 		 193 aa  63.5  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>