More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Syncc9605_0130 on replicon NC_007516
Organism: Synechococcus sp. CC9605



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007516  Syncc9605_0130  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
177 aa  345  2e-94  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0512614  normal  0.0110832 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  75.69 
 
 
180 aa  263  8.999999999999999e-70  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  70.06 
 
 
181 aa  248  5e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  58.76 
 
 
176 aa  218  5e-56  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  54.24 
 
 
176 aa  202  2e-51  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  57.31 
 
 
182 aa  202  3e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  53.67 
 
 
176 aa  201  4e-51  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1091  16S rRNA-processing protein RimM  50.56 
 
 
233 aa  174  4e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.166922  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4078  16S rRNA-processing protein RimM  47.03 
 
 
186 aa  169  1e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4117  16S rRNA-processing protein RimM  46.49 
 
 
186 aa  167  7e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0164  16S rRNA processing protein RimM  48.33 
 
 
217 aa  166  2e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.199907  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1386  16S rRNA-processing protein RimM  43.84 
 
 
207 aa  156  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.594776 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4970  16S rRNA processing protein RimM  46.29 
 
 
180 aa  153  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  42.78 
 
 
179 aa  150  1e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4627  16S rRNA-processing protein RimM  40.58 
 
 
208 aa  146  1.0000000000000001e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  43.33 
 
 
179 aa  146  2.0000000000000003e-34  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  40.56 
 
 
179 aa  140  8e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  41.11 
 
 
179 aa  139  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  35.67 
 
 
171 aa  108  5e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  35.67 
 
 
171 aa  107  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  35.67 
 
 
171 aa  107  7.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  35.67 
 
 
171 aa  107  7.000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  35.67 
 
 
171 aa  107  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  35.67 
 
 
171 aa  107  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  34.3 
 
 
172 aa  104  8e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  39.66 
 
 
210 aa  103  9e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  39.77 
 
 
170 aa  102  2e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  35.09 
 
 
171 aa  102  3e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  31.98 
 
 
169 aa  99  3e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  32.75 
 
 
171 aa  98.6  4e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  34.3 
 
 
172 aa  98.2  5e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  40.22 
 
 
199 aa  97.8  7e-20  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  32.75 
 
 
171 aa  96.7  1e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  38.15 
 
 
172 aa  97.1  1e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  32.16 
 
 
171 aa  96.3  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  38.01 
 
 
171 aa  94.7  6e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  38.37 
 
 
170 aa  93.6  1e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  40.88 
 
 
200 aa  92  4e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  36.59 
 
 
199 aa  91.7  5e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  32.75 
 
 
168 aa  91.3  7e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  35.67 
 
 
181 aa  90.9  9e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  36.99 
 
 
173 aa  90.1  1e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  36.99 
 
 
173 aa  90.1  1e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  36.99 
 
 
173 aa  90.1  1e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  38.55 
 
 
189 aa  89.4  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38467  predicted protein  35.86 
 
 
235 aa  89  3e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.375973 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  31.18 
 
 
173 aa  89  3e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  30.06 
 
 
169 aa  88.6  4e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  36.05 
 
 
173 aa  88.2  6e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  31.82 
 
 
176 aa  85.9  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  36.47 
 
 
171 aa  85.5  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  28.49 
 
 
169 aa  85.1  5e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1415  16S rRNA processing protein RimM  32.74 
 
 
181 aa  85.1  5e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000206982  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  35.15 
 
 
173 aa  85.1  5e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
197 aa  85.1  5e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  35.12 
 
 
178 aa  84.7  6e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  37.8 
 
 
189 aa  84.7  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  34.5 
 
 
177 aa  84.3  8e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  34.76 
 
 
198 aa  84  9e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  36.69 
 
 
172 aa  84  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  31.82 
 
 
176 aa  82.8  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  38.6 
 
 
189 aa  83.2  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  28.82 
 
 
166 aa  83.6  0.000000000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  34.68 
 
 
189 aa  82.4  0.000000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  35.23 
 
 
174 aa  82.4  0.000000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  34.68 
 
 
189 aa  82.4  0.000000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  31.18 
 
 
167 aa  81.6  0.000000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  30.11 
 
 
176 aa  81.6  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  35.39 
 
 
176 aa  80.9  0.000000000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  32.93 
 
 
178 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  37.97 
 
 
179 aa  80.5  0.00000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  35.76 
 
 
200 aa  80.5  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  25.15 
 
 
174 aa  80.1  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  36.21 
 
 
173 aa  80.1  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  32.34 
 
 
178 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  33.13 
 
 
175 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1096  16S rRNA processing protein RimM  32.7 
 
 
152 aa  79.3  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0393461  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  32.14 
 
 
179 aa  78.6  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  34.57 
 
 
176 aa  79  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07320  16S rRNA processing protein RimM  28.41 
 
 
170 aa  79  0.00000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238844  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0659  16S rRNA processing protein RimM  30.46 
 
 
170 aa  78.2  0.00000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110024  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  33.72 
 
 
169 aa  78.6  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  34.1 
 
 
172 aa  78.2  0.00000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  30.34 
 
 
173 aa  78.2  0.00000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  37.1 
 
 
180 aa  78.2  0.00000000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  37.72 
 
 
221 aa  77.8  0.00000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
173 aa  77.4  0.00000000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  33.13 
 
 
175 aa  77.4  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  31.55 
 
 
179 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  31.98 
 
 
188 aa  77.4  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2999  16S rRNA processing protein RimM  31.61 
 
 
176 aa  77.4  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000783686  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3041  16S rRNA processing protein RimM  31.61 
 
 
176 aa  77.4  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000787897  normal  0.907916 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  32.74 
 
 
178 aa  77  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  35.5 
 
 
184 aa  77  0.0000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  30.99 
 
 
169 aa  76.6  0.0000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  29.82 
 
 
167 aa  76.6  0.0000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1054  RimM protein for 16S rRNA processing  34.17 
 
 
204 aa  76.6  0.0000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  37.04 
 
 
180 aa  76.3  0.0000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  28.89 
 
 
176 aa  75.9  0.0000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1397  16S rRNA processing protein RimM  31.41 
 
 
168 aa  75.9  0.0000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000193621  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>