More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_1097 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
176 aa  356  9.999999999999999e-98  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  53.49 
 
 
176 aa  191  7e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  52.91 
 
 
210 aa  181  3e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1801  16S rRNA processing protein RimM  50.59 
 
 
168 aa  151  5e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165752  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  42.61 
 
 
182 aa  127  7.000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  39.33 
 
 
172 aa  116  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  39.31 
 
 
182 aa  114  6e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  38.01 
 
 
181 aa  97.8  8e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  32.95 
 
 
171 aa  97.4  9e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  31.21 
 
 
171 aa  96.3  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  35.39 
 
 
172 aa  95.1  4e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  31.21 
 
 
171 aa  93.6  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2485  16S rRNA processing protein RimM  37.21 
 
 
176 aa  93.2  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.423168  normal  0.175293 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  37.14 
 
 
197 aa  92.8  2e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  30.64 
 
 
171 aa  93.2  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  30.64 
 
 
171 aa  91.7  5e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  30.64 
 
 
171 aa  91.3  6e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0036  16S rRNA processing protein RimM  33.53 
 
 
175 aa  91.3  6e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.181086  normal  0.177131 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  30.64 
 
 
171 aa  91.3  7e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  30.64 
 
 
171 aa  91.3  7e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  30.64 
 
 
171 aa  91.3  7e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  30.64 
 
 
171 aa  91.3  7e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  36.53 
 
 
170 aa  90.5  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  36.09 
 
 
173 aa  88.2  5e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  29.48 
 
 
174 aa  86.7  1e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  37.43 
 
 
172 aa  87  1e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  32.18 
 
 
176 aa  85.9  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  28.16 
 
 
181 aa  84.3  8e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  28.99 
 
 
168 aa  84.3  9e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1371  16S rRNA processing protein RimM  34.3 
 
 
179 aa  84  0.000000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000034435  normal  0.381877 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  34.91 
 
 
169 aa  84  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0164  16S rRNA processing protein RimM  31.69 
 
 
217 aa  84  0.000000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.199907  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  36.84 
 
 
187 aa  83.6  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0104  16S rRNA processing protein RimM  30.81 
 
 
177 aa  82.4  0.000000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  33.73 
 
 
167 aa  82.4  0.000000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  34.5 
 
 
167 aa  82  0.000000000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10990  16S rRNA processing protein RimM  32.57 
 
 
185 aa  81.6  0.000000000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000722638  unclonable  0.00000000154535 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  34.71 
 
 
182 aa  81.6  0.000000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  30 
 
 
179 aa  81.6  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  34.73 
 
 
171 aa  81.3  0.000000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  36.31 
 
 
200 aa  80.9  0.00000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4627  16S rRNA-processing protein RimM  28.85 
 
 
208 aa  80.1  0.00000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1397  16S rRNA processing protein RimM  33.54 
 
 
168 aa  80.1  0.00000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000193621  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1479  16S rRNA-processing protein RimM  32.56 
 
 
173 aa  79.7  0.00000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0967  16S rRNA processing protein RimM  33.76 
 
 
167 aa  79.3  0.00000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000740944  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  32.16 
 
 
172 aa  78.6  0.00000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4970  16S rRNA processing protein RimM  32.57 
 
 
180 aa  78.6  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07320  16S rRNA processing protein RimM  34.3 
 
 
170 aa  78.6  0.00000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238844  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  28.98 
 
 
179 aa  78.6  0.00000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  33.73 
 
 
173 aa  78.2  0.00000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  33.73 
 
 
173 aa  78.2  0.00000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  33.73 
 
 
173 aa  78.2  0.00000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
182 aa  78.2  0.00000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 
170 aa  77.8  0.00000000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  34.55 
 
 
221 aa  77.8  0.00000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1016  16S rRNA processing protein RimM  36.88 
 
 
169 aa  77.8  0.00000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000810353  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  29.65 
 
 
177 aa  77.4  0.00000000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  28.98 
 
 
179 aa  76.6  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  31.76 
 
 
167 aa  76.6  0.0000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  31.76 
 
 
167 aa  76.6  0.0000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04645  16S rRNA processing protein  29.41 
 
 
174 aa  77  0.0000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1474  16S rRNA-processing protein RimM  30.77 
 
 
184 aa  76.3  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1091  16S rRNA-processing protein RimM  29.41 
 
 
233 aa  76.6  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.166922  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  34.48 
 
 
174 aa  76.6  0.0000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  29.48 
 
 
176 aa  76.6  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  31.03 
 
 
173 aa  76.3  0.0000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0876  16S rRNA-processing protein RimM  31.55 
 
 
184 aa  75.9  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298701  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1386  16S rRNA-processing protein RimM  31.28 
 
 
207 aa  75.9  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.594776 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2702  16S rRNA-processing protein RimM  30.64 
 
 
190 aa  75.5  0.0000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.294971  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  26.86 
 
 
180 aa  75.5  0.0000000000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0803  16S rRNA processing protein RimM  34.59 
 
 
167 aa  75.5  0.0000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  32.94 
 
 
172 aa  75.1  0.0000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 
173 aa  75.1  0.0000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0805  16S rRNA-processing protein RimM  32.14 
 
 
184 aa  74.7  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0934  16S rRNA-processing protein RimM  32.14 
 
 
184 aa  74.3  0.0000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0565923 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  34.1 
 
 
171 aa  74.7  0.0000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  29.31 
 
 
176 aa  74.3  0.0000000000008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  31.76 
 
 
167 aa  74.3  0.0000000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  29.31 
 
 
176 aa  74.3  0.0000000000008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1523  16S rRNA processing protein RimM  33.76 
 
 
167 aa  74.3  0.0000000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000298148  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  31.52 
 
 
189 aa  74.3  0.0000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3354  16S rRNA-processing protein RimM  30.77 
 
 
209 aa  74.3  0.0000000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.305815 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  29.65 
 
 
169 aa  73.6  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2581  16S rRNA processing protein RimM  31.11 
 
 
186 aa  73.9  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00383976  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  29.7 
 
 
189 aa  72.8  0.000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2307  16S rRNA processing protein RimM  30.77 
 
 
170 aa  73.2  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00013128  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4117  16S rRNA-processing protein RimM  30.39 
 
 
186 aa  72.8  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  29.7 
 
 
189 aa  72.8  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  27.91 
 
 
173 aa  72.4  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2539  16S rRNA-processing protein RimM  30.68 
 
 
221 aa  72.4  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  26.9 
 
 
169 aa  72.4  0.000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1415  16S rRNA processing protein RimM  31.43 
 
 
181 aa  72  0.000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000206982  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0749  16S rRNA-processing protein RimM  31.07 
 
 
220 aa  72  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  32.39 
 
 
212 aa  72  0.000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3429  16S rRNA processing protein RimM  30.41 
 
 
172 aa  71.2  0.000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000572848  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  31.33 
 
 
174 aa  71.2  0.000000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  34.12 
 
 
176 aa  70.9  0.00000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  29.31 
 
 
191 aa  70.5  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1365  16S rRNA-processing protein RimM  32.02 
 
 
175 aa  69.3  0.00000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.887328 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  31.11 
 
 
179 aa  69.3  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>