245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_0104 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013162  Coch_0104  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
177 aa  355  1.9999999999999998e-97  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04645  16S rRNA processing protein  57.14 
 
 
174 aa  218  5e-56  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1300  16S rRNA processing protein RimM  59.43 
 
 
174 aa  217  7e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2581  16S rRNA processing protein RimM  36.72 
 
 
186 aa  122  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00383976  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1385  16S rRNA processing protein RimM  33.71 
 
 
197 aa  117  7e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.166858  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0036  16S rRNA processing protein RimM  33.9 
 
 
175 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.181086  normal  0.177131 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0118  16S rRNA processing protein RimM  32.57 
 
 
184 aa  102  3e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.561423 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  30.81 
 
 
176 aa  82.4  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1803  16S rRNA processing protein RimM  32.75 
 
 
178 aa  77  0.0000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000356142  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  29.76 
 
 
170 aa  76.6  0.0000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  29.82 
 
 
197 aa  75.9  0.0000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  25.58 
 
 
169 aa  74.3  0.0000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1329  16S rRNA processing protein RimM  28 
 
 
173 aa  73.9  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.681853 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  28.74 
 
 
182 aa  73.2  0.000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  25.73 
 
 
169 aa  71.2  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  25.73 
 
 
182 aa  71.2  0.000000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  26.32 
 
 
169 aa  70.9  0.000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0593  hypothetical protein  30.06 
 
 
173 aa  69.7  0.00000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  26.35 
 
 
181 aa  68.9  0.00000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  24.69 
 
 
174 aa  68.2  0.00000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  27.22 
 
 
172 aa  68.2  0.00000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4970  16S rRNA processing protein RimM  27.65 
 
 
180 aa  67  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  26.29 
 
 
210 aa  66.2  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  25.15 
 
 
169 aa  66.2  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  26.83 
 
 
167 aa  66.2  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  28.16 
 
 
172 aa  66.6  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1523  16S rRNA processing protein RimM  29.81 
 
 
167 aa  66.2  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000298148  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  26.63 
 
 
167 aa  66.2  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  28.74 
 
 
176 aa  66.6  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  24.56 
 
 
169 aa  66.6  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  26.67 
 
 
174 aa  65.5  0.0000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1371  16S rRNA processing protein RimM  29.07 
 
 
179 aa  64.7  0.0000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000034435  normal  0.381877 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  27.91 
 
 
173 aa  64.3  0.0000000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_002950  PG1365  16S rRNA-processing protein RimM  27.38 
 
 
175 aa  63.9  0.000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.887328 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  28.89 
 
 
176 aa  63.5  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  27.27 
 
 
181 aa  63.9  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  27.54 
 
 
172 aa  63.9  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  25 
 
 
169 aa  63.9  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  26.47 
 
 
187 aa  63.5  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  28.89 
 
 
176 aa  63.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  23.84 
 
 
187 aa  63.2  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  22.62 
 
 
171 aa  62.8  0.000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1397  16S rRNA processing protein RimM  26.42 
 
 
168 aa  62.4  0.000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000193621  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1289  16S rRNA processing protein RimM  22.49 
 
 
182 aa  62.4  0.000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.611954  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  24.39 
 
 
182 aa  61.6  0.000000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  25.7 
 
 
180 aa  61.2  0.000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  18.6 
 
 
179 aa  61.2  0.000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  25.88 
 
 
169 aa  60.8  0.000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  25.45 
 
 
168 aa  60.5  0.00000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  22.03 
 
 
166 aa  60.5  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  25.7 
 
 
180 aa  60.5  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  23.39 
 
 
184 aa  60.5  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0803  16S rRNA processing protein RimM  25.31 
 
 
167 aa  59.7  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0648  16S rRNA processing protein RimM  30.59 
 
 
177 aa  60.1  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07320  16S rRNA processing protein RimM  27.88 
 
 
170 aa  60.1  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238844  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  24.71 
 
 
172 aa  60.1  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2999  16S rRNA processing protein RimM  30.97 
 
 
176 aa  59.7  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000783686  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3041  16S rRNA processing protein RimM  30.97 
 
 
176 aa  59.7  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000787897  normal  0.907916 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  25.86 
 
 
172 aa  60.1  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10990  16S rRNA processing protein RimM  32.41 
 
 
185 aa  59.7  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000722638  unclonable  0.00000000154535 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  26.04 
 
 
188 aa  59.3  0.00000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  28.31 
 
 
167 aa  58.9  0.00000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  28.31 
 
 
167 aa  58.9  0.00000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00330  16S rRNA processing protein RimM  33.91 
 
 
234 aa  58.9  0.00000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000114022  hitchhiker  0.0000000000400055 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  24.26 
 
 
171 aa  58.9  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  24.4 
 
 
170 aa  58.2  0.00000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  26.59 
 
 
171 aa  57.8  0.00000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0365  16S rRNA processing protein RimM  30.77 
 
 
166 aa  57.8  0.00000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000438185  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  26.32 
 
 
174 aa  57.4  0.00000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2051  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 
167 aa  57  0.0000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  28.31 
 
 
176 aa  57.4  0.0000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  27.78 
 
 
166 aa  57.4  0.0000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  28.31 
 
 
176 aa  57.4  0.0000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  24.12 
 
 
179 aa  56.6  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  26.01 
 
 
171 aa  56.6  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  25.64 
 
 
163 aa  56.2  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1479  16S rRNA-processing protein RimM  26.35 
 
 
173 aa  56.6  0.0000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  25.58 
 
 
172 aa  57  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1664  16S rRNA processing protein RimM  21.89 
 
 
178 aa  56.6  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0329621  hitchhiker  0.00376352 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  29.73 
 
 
179 aa  56.2  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0970  16S rRNA-processing protein RimM  25.45 
 
 
169 aa  56.2  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000015249  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  24.71 
 
 
191 aa  55.8  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  22.81 
 
 
194 aa  55.5  0.0000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1474  16S rRNA-processing protein RimM  25.15 
 
 
184 aa  55.5  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0566  16S rRNA processing protein RimM  24.39 
 
 
167 aa  55.1  0.0000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00173533  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3758  16S rRNA processing protein RimM  25 
 
 
170 aa  55.5  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0504856  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  24.54 
 
 
169 aa  55.1  0.0000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2222  16S rRNA processing protein  23.12 
 
 
175 aa  55.1  0.0000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.646e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3429  16S rRNA processing protein RimM  26.14 
 
 
172 aa  54.7  0.0000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000572848  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  24.56 
 
 
199 aa  54.7  0.0000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0164  16S rRNA processing protein RimM  24.04 
 
 
217 aa  54.3  0.0000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.199907  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2233  16S rRNA-processing protein RimM  22.22 
 
 
223 aa  54.3  0.0000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.347388  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  26.01 
 
 
171 aa  54.7  0.0000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0659  16S rRNA processing protein RimM  23.95 
 
 
170 aa  54.3  0.0000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110024  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1691  16S rRNA-processing protein RimM  25.7 
 
 
213 aa  54.3  0.0000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  26.01 
 
 
171 aa  53.9  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  26.01 
 
 
171 aa  53.9  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  22.81 
 
 
169 aa  53.5  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  25.15 
 
 
173 aa  53.5  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1462  16S rRNA-processing protein RimM  24.02 
 
 
202 aa  53.5  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>