258 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fjoh_1300 on replicon NC_009441
Organism: Flavobacterium johnsoniae UW101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009441  Fjoh_1300  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
174 aa  348  2e-95  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0104  16S rRNA processing protein RimM  59.43 
 
 
177 aa  217  7e-56  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04645  16S rRNA processing protein  56.9 
 
 
174 aa  210  1e-53  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2581  16S rRNA processing protein RimM  37.36 
 
 
186 aa  129  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00383976  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1385  16S rRNA processing protein RimM  35.43 
 
 
197 aa  122  3e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.166858  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0036  16S rRNA processing protein RimM  35.06 
 
 
175 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.181086  normal  0.177131 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0118  16S rRNA processing protein RimM  34.48 
 
 
184 aa  107  1e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.561423 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1329  16S rRNA processing protein RimM  30.18 
 
 
173 aa  85.5  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.681853 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1803  16S rRNA processing protein RimM  32.08 
 
 
178 aa  83.2  0.000000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000356142  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  27.49 
 
 
169 aa  72  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1491  16S rRNA processing protein RimM  30.82 
 
 
173 aa  71.6  0.000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0241337  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  26.9 
 
 
169 aa  71.6  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0803  16S rRNA processing protein RimM  30 
 
 
167 aa  70.1  0.00000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  28.99 
 
 
182 aa  69.7  0.00000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  27.74 
 
 
176 aa  69.3  0.00000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  27.74 
 
 
176 aa  69.3  0.00000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  27.49 
 
 
169 aa  67.8  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1016  16S rRNA processing protein RimM  27.85 
 
 
169 aa  67.8  0.00000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000810353  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0648  16S rRNA processing protein RimM  27.78 
 
 
177 aa  67  0.0000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  26.95 
 
 
182 aa  67  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  26.47 
 
 
171 aa  67  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10990  16S rRNA processing protein RimM  27.04 
 
 
185 aa  67  0.0000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000722638  unclonable  0.00000000154535 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  29.63 
 
 
179 aa  66.6  0.0000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  24.68 
 
 
174 aa  66.6  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2222  16S rRNA processing protein  25.14 
 
 
175 aa  65.5  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.646e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  23.81 
 
 
182 aa  65.9  0.0000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0593  hypothetical protein  26.19 
 
 
173 aa  65.5  0.0000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1523  16S rRNA processing protein RimM  28.75 
 
 
167 aa  65.1  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000298148  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  25.88 
 
 
176 aa  63.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  26.01 
 
 
187 aa  63.5  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  25.14 
 
 
175 aa  63.9  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  25.15 
 
 
166 aa  62.8  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  28.99 
 
 
170 aa  63.2  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3758  16S rRNA processing protein RimM  23.31 
 
 
170 aa  62.8  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0504856  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  26.22 
 
 
167 aa  62.8  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  25.14 
 
 
180 aa  62.8  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  26.22 
 
 
167 aa  62.4  0.000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  21.6 
 
 
169 aa  62.4  0.000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1397  16S rRNA processing protein RimM  28.3 
 
 
168 aa  62.8  0.000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000193621  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  24.7 
 
 
171 aa  62.4  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  23.81 
 
 
169 aa  62  0.000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  24.54 
 
 
189 aa  61.6  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  27.91 
 
 
172 aa  61.6  0.000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  21.82 
 
 
179 aa  61.2  0.000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2874  16S rRNA processing protein RimM  26.79 
 
 
209 aa  61.2  0.000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  26.67 
 
 
167 aa  61.2  0.000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  25.14 
 
 
180 aa  61.2  0.000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  26.67 
 
 
167 aa  61.2  0.000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  26.67 
 
 
167 aa  60.8  0.000000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0967  16S rRNA processing protein RimM  26.42 
 
 
167 aa  60.5  0.00000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000740944  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1494  16S rRNA processing protein RimM  25 
 
 
172 aa  60.5  0.00000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0136988  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  24.54 
 
 
169 aa  60.5  0.00000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  26.74 
 
 
181 aa  60.5  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  25.73 
 
 
173 aa  59.7  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  26.04 
 
 
173 aa  58.9  0.00000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2999  16S rRNA processing protein RimM  25.3 
 
 
176 aa  58.9  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000783686  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3041  16S rRNA processing protein RimM  25.3 
 
 
176 aa  58.9  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000787897  normal  0.907916 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  26.16 
 
 
172 aa  58.9  0.00000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  26.04 
 
 
169 aa  58.9  0.00000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1293  16S rRNA processing protein RimM  28.57 
 
 
169 aa  58.9  0.00000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000894981  normal  0.803159 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  28.32 
 
 
172 aa  58.5  0.00000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  22.03 
 
 
210 aa  58.5  0.00000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  25.29 
 
 
187 aa  57.8  0.00000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  22.16 
 
 
170 aa  57.4  0.00000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3429  16S rRNA processing protein RimM  22.86 
 
 
172 aa  57.4  0.00000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000572848  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  25.29 
 
 
171 aa  57  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  24.85 
 
 
171 aa  57.4  0.0000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  25.15 
 
 
168 aa  57  0.0000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  25.29 
 
 
171 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  24.85 
 
 
171 aa  56.2  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  24.85 
 
 
171 aa  56.2  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  24.85 
 
 
171 aa  56.2  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  25.73 
 
 
174 aa  56.6  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  25.88 
 
 
197 aa  56.6  0.0000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1380  PRC-barrel domain protein  29.17 
 
 
173 aa  56.6  0.0000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000425186  normal  0.828358 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  24.85 
 
 
171 aa  56.2  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  25.45 
 
 
181 aa  56.2  0.0000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  25.44 
 
 
171 aa  56.2  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1479  16S rRNA-processing protein RimM  25.88 
 
 
173 aa  55.8  0.0000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  26.63 
 
 
176 aa  55.8  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  25.44 
 
 
174 aa  55.5  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0322  16S rRNA processing protein RimM  24.84 
 
 
185 aa  55.5  0.0000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00023377  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  24.85 
 
 
171 aa  55.1  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1578  16S rRNA-processing protein RimM  27.75 
 
 
176 aa  55.5  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.637772  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  19.88 
 
 
184 aa  55.5  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  23.43 
 
 
172 aa  55.1  0.0000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  24.24 
 
 
167 aa  55.1  0.0000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1371  16S rRNA processing protein RimM  26.16 
 
 
179 aa  55.1  0.0000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000034435  normal  0.381877 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  27.17 
 
 
172 aa  55.1  0.0000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07320  16S rRNA processing protein RimM  24.85 
 
 
170 aa  54.7  0.0000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238844  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0566  16S rRNA processing protein RimM  22.94 
 
 
167 aa  53.9  0.000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00173533  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1365  16S rRNA-processing protein RimM  25 
 
 
175 aa  53.9  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.887328 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  25 
 
 
171 aa  53.9  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0294  16S rRNA-processing protein RimM  21.14 
 
 
175 aa  53.5  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000244736  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  26.63 
 
 
199 aa  53.5  0.000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  24.85 
 
 
171 aa  53.1  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1914  16S rRNA processing protein RimM  24.54 
 
 
163 aa  53.5  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0551  16S rRNA-processing protein RimM  20.73 
 
 
168 aa  53.1  0.000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  2.44188e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03479  16S rRNA-processing protein RimM  20.93 
 
 
182 aa  53.1  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  23.03 
 
 
176 aa  52.8  0.000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>