108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_0036 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_0036  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
175 aa  349  1e-95  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.181086  normal  0.177131 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2581  16S rRNA processing protein RimM  38.07 
 
 
186 aa  137  7e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00383976  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04645  16S rRNA processing protein  33.33 
 
 
174 aa  119  1.9999999999999998e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1300  16S rRNA processing protein RimM  35.06 
 
 
174 aa  113  1.0000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1385  16S rRNA processing protein RimM  32.2 
 
 
197 aa  111  5e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.166858  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0104  16S rRNA processing protein RimM  33.9 
 
 
177 aa  110  1.0000000000000001e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0118  16S rRNA processing protein RimM  31.43 
 
 
184 aa  97.1  1e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.561423 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  33.53 
 
 
176 aa  91.3  6e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  31.79 
 
 
172 aa  89.7  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1329  16S rRNA processing protein RimM  31.36 
 
 
173 aa  84.7  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.681853 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3429  16S rRNA processing protein RimM  30.06 
 
 
172 aa  82.8  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000572848  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  27.81 
 
 
173 aa  75.1  0.0000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  29.55 
 
 
182 aa  73.9  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10990  16S rRNA processing protein RimM  28.14 
 
 
185 aa  68.2  0.00000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000722638  unclonable  0.00000000154535 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2999  16S rRNA processing protein RimM  28.74 
 
 
176 aa  68.2  0.00000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000783686  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3041  16S rRNA processing protein RimM  28.74 
 
 
176 aa  68.2  0.00000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000787897  normal  0.907916 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  29.41 
 
 
176 aa  66.6  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0593  hypothetical protein  27.16 
 
 
173 aa  65.5  0.0000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  25.43 
 
 
179 aa  59.7  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1380  PRC-barrel domain protein  28.99 
 
 
173 aa  59.3  0.00000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000425186  normal  0.828358 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  26.35 
 
 
167 aa  57.8  0.00000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00330  16S rRNA processing protein RimM  30.17 
 
 
234 aa  57.4  0.00000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000114022  hitchhiker  0.0000000000400055 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  23.43 
 
 
210 aa  57.4  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2051  16S rRNA processing protein RimM  29.09 
 
 
167 aa  57  0.0000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0967  16S rRNA processing protein RimM  24.68 
 
 
167 aa  55.8  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000740944  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  28.4 
 
 
194 aa  55.5  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1096  16S rRNA processing protein RimM  31.43 
 
 
152 aa  55.1  0.0000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0393461  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1491  16S rRNA processing protein RimM  26.99 
 
 
173 aa  53.9  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0241337  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  25.29 
 
 
169 aa  53.9  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  25.75 
 
 
182 aa  52.8  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0645  16S rRNA processing protein RimM  24.28 
 
 
172 aa  52.4  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0229573  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1803  16S rRNA processing protein RimM  28.74 
 
 
178 aa  52.8  0.000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000356142  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  22.75 
 
 
170 aa  52  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1801  16S rRNA processing protein RimM  26.04 
 
 
168 aa  52  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165752  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  24.85 
 
 
182 aa  51.6  0.000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  22.49 
 
 
170 aa  51.2  0.000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1485  16S rRNA-processing protein RimM  24.56 
 
 
178 aa  51.2  0.000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0783305  normal  0.767745 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1523  16S rRNA processing protein RimM  27.33 
 
 
167 aa  50.8  0.000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000298148  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  23.35 
 
 
171 aa  50.4  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  21.43 
 
 
171 aa  50.4  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  28.9 
 
 
169 aa  50.1  0.00001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1494  16S rRNA processing protein RimM  28.49 
 
 
172 aa  50.1  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0136988  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  27.1 
 
 
176 aa  50.1  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0648  16S rRNA processing protein RimM  26.54 
 
 
177 aa  50.1  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  27.1 
 
 
176 aa  50.1  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_505  16S rRNA processing protein RimM  24.86 
 
 
166 aa  49.7  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000191939  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2018  16S rRNA processing protein RimM  22.7 
 
 
177 aa  49.3  0.00003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0112237  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2321  16S rRNA processing protein RimM  22.7 
 
 
177 aa  48.9  0.00003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1016  16S rRNA processing protein RimM  28.76 
 
 
169 aa  49.3  0.00003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000810353  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0566  16S rRNA processing protein RimM  26.44 
 
 
167 aa  48.5  0.00004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00173533  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  20.88 
 
 
176 aa  48.9  0.00004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  23.39 
 
 
169 aa  48.9  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  23.78 
 
 
180 aa  47.8  0.00008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  27.27 
 
 
169 aa  47.8  0.00008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  24.55 
 
 
181 aa  47.8  0.00008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  20.33 
 
 
176 aa  47  0.0001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  24.32 
 
 
180 aa  47.4  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  26.35 
 
 
182 aa  47  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  23.49 
 
 
171 aa  47.4  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_002950  PG1365  16S rRNA-processing protein RimM  22.62 
 
 
175 aa  46.2  0.0002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.887328 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  26.14 
 
 
167 aa  46.6  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  26.14 
 
 
167 aa  46.6  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  22.6 
 
 
176 aa  46.6  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1965  16S rRNA processing protein RimM  24.55 
 
 
164 aa  46.2  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.863851  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1397  16S rRNA processing protein RimM  26.09 
 
 
168 aa  45.8  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000193621  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  25.71 
 
 
189 aa  46.2  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  21.59 
 
 
172 aa  45.8  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  19.88 
 
 
187 aa  45.4  0.0004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0294  16S rRNA-processing protein RimM  24 
 
 
175 aa  45.1  0.0005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000244736  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  27.11 
 
 
174 aa  45.1  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  21.64 
 
 
173 aa  45.1  0.0005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  21.74 
 
 
166 aa  45.1  0.0005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1094  16S rRNA processing protein RimM  29.84 
 
 
169 aa  45.1  0.0005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000169759  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1371  16S rRNA processing protein RimM  25.15 
 
 
179 aa  44.3  0.0008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000034435  normal  0.381877 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  25.71 
 
 
189 aa  44.3  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  23.81 
 
 
185 aa  44.3  0.0009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2869  16S rRNA processing protein RimM  22.42 
 
 
173 aa  43.9  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257467  hitchhiker  0.000000637329 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2050  16S rRNA processing protein RimM  23.95 
 
 
164 aa  44.3  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.222222  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  20.35 
 
 
172 aa  43.9  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  26.47 
 
 
167 aa  43.5  0.002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  22.54 
 
 
180 aa  43.5  0.002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0803  16S rRNA processing protein RimM  20.62 
 
 
167 aa  43.1  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  22.81 
 
 
172 aa  43.1  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0540  16S rRNA processing protein RimM  24.86 
 
 
166 aa  43.5  0.002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000769846  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  25.6 
 
 
221 aa  43.1  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  22.09 
 
 
172 aa  43.1  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  24.4 
 
 
172 aa  43.1  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2485  16S rRNA processing protein RimM  24.18 
 
 
176 aa  43.1  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.423168  normal  0.175293 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  20.83 
 
 
171 aa  42.4  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1914  16S rRNA processing protein RimM  23.95 
 
 
163 aa  42.7  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  20.12 
 
 
171 aa  42.4  0.003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  24.85 
 
 
166 aa  42.4  0.003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1036  16S rRNA processing protein RimM  28.77 
 
 
176 aa  42  0.004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.145928  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  23.03 
 
 
169 aa  42  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  22.49 
 
 
177 aa  42  0.004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  20.83 
 
 
171 aa  41.6  0.005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  20.83 
 
 
171 aa  41.6  0.005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  20.83 
 
 
171 aa  41.6  0.005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  23.46 
 
 
212 aa  42  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  20.83 
 
 
171 aa  41.6  0.005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>