More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_1514 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
187 aa  361  3e-99  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  57.31 
 
 
171 aa  188  4e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  55.81 
 
 
171 aa  181  6e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  57.4 
 
 
170 aa  179  2e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  55.31 
 
 
180 aa  176  2e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  55.31 
 
 
180 aa  174  9.999999999999999e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  54.49 
 
 
172 aa  169  3e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  52.66 
 
 
170 aa  166  2e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  50.9 
 
 
167 aa  162  3e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  52.05 
 
 
172 aa  162  4.0000000000000004e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  50.88 
 
 
173 aa  160  1e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  52.66 
 
 
169 aa  160  1e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  48.24 
 
 
176 aa  160  1e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  49.71 
 
 
181 aa  157  1e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  56.29 
 
 
177 aa  154  7e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  53.29 
 
 
174 aa  154  1e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  47.13 
 
 
181 aa  149  3e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  46.55 
 
 
173 aa  148  4e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  46.55 
 
 
173 aa  148  4e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  46.55 
 
 
173 aa  148  4e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  48.82 
 
 
197 aa  147  1.0000000000000001e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1150  16S rRNA-processing protein RimM  43.64 
 
 
225 aa  145  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  47.49 
 
 
179 aa  145  3e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  45.66 
 
 
173 aa  144  1e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  45.98 
 
 
172 aa  143  2e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2085  16S rRNA processing protein RimM  45.03 
 
 
172 aa  142  3e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  48.24 
 
 
188 aa  141  5e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  48 
 
 
174 aa  139  1.9999999999999998e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  47.13 
 
 
184 aa  139  3e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23730  16S rRNA processing protein RimM  47.09 
 
 
214 aa  135  2e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.659902  normal  0.204427 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0987  16S rRNA processing protein RimM  43.53 
 
 
184 aa  134  9e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000000842356  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12921  16S rRNA-processing protein RimM  42.94 
 
 
176 aa  128  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.368366 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  42.68 
 
 
182 aa  124  9e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  43.64 
 
 
182 aa  122  3e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  40.35 
 
 
194 aa  120  9.999999999999999e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  38.65 
 
 
168 aa  106  2e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  39.46 
 
 
200 aa  101  5e-21  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  38.1 
 
 
172 aa  101  5e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  34.92 
 
 
199 aa  99.8  2e-20  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1054  RimM protein for 16S rRNA processing  34.36 
 
 
204 aa  99  4e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  36.9 
 
 
171 aa  97.8  8e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 
167 aa  97.4  9e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 
167 aa  97.4  9e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  35.33 
 
 
171 aa  97.1  1e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  32.54 
 
 
167 aa  96.7  2e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  35.33 
 
 
171 aa  96.3  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  35.33 
 
 
171 aa  96.3  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  35.33 
 
 
171 aa  96.3  2e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  35.33 
 
 
171 aa  96.3  2e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  37.43 
 
 
172 aa  96.7  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  35.71 
 
 
171 aa  94.4  1e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  34.73 
 
 
171 aa  93.2  2e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  36.69 
 
 
210 aa  92.8  2e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  34.73 
 
 
171 aa  92.4  3e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  36.57 
 
 
177 aa  90.9  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  34.52 
 
 
171 aa  88.2  7e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  32.18 
 
 
179 aa  87.8  8e-17  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  33.13 
 
 
176 aa  87.4  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  34.88 
 
 
176 aa  87.4  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  36.14 
 
 
173 aa  86.3  2e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  33.13 
 
 
176 aa  86.7  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  32.18 
 
 
179 aa  86.3  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  38.24 
 
 
201 aa  85.9  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  35.15 
 
 
204 aa  85.1  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  38.29 
 
 
176 aa  85.5  5e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  36.93 
 
 
182 aa  84.3  9e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1801  16S rRNA processing protein RimM  34.73 
 
 
168 aa  84  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165752  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  36.84 
 
 
176 aa  83.6  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  33.94 
 
 
166 aa  84.3  0.000000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  30.99 
 
 
174 aa  83.2  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4970  16S rRNA processing protein RimM  34.5 
 
 
180 aa  83.6  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  33.72 
 
 
179 aa  83.2  0.000000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0890  16S rRNA-processing protein RimM  33.13 
 
 
176 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000503781  normal  0.334216 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  31.03 
 
 
179 aa  82.4  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1289  16S rRNA processing protein RimM  35.43 
 
 
182 aa  82  0.000000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.611954  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  29.94 
 
 
169 aa  81.6  0.000000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  31.46 
 
 
176 aa  81.6  0.000000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4117  16S rRNA-processing protein RimM  34.25 
 
 
186 aa  80.9  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  33.13 
 
 
231 aa  80.9  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  37.2 
 
 
167 aa  80.5  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1160  16S rRNA-processing protein RimM  31.93 
 
 
176 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000339506  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1169  16S rRNA-processing protein RimM  32.53 
 
 
176 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549178  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  32.73 
 
 
198 aa  79.7  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 
176 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  35.19 
 
 
191 aa  80.1  0.00000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  32.73 
 
 
175 aa  80.1  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1479  16S rRNA-processing protein RimM  32.73 
 
 
173 aa  79.3  0.00000000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  34.71 
 
 
191 aa  79  0.00000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2539  16S rRNA-processing protein RimM  36.78 
 
 
221 aa  78.6  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  35.12 
 
 
221 aa  78.6  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3758  16S rRNA processing protein RimM  32.53 
 
 
170 aa  78.6  0.00000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0504856  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  30.69 
 
 
224 aa  78.6  0.00000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  31.03 
 
 
223 aa  78.2  0.00000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  30.54 
 
 
169 aa  78.2  0.00000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  32.53 
 
 
223 aa  78.2  0.00000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4078  16S rRNA-processing protein RimM  32.6 
 
 
186 aa  77.8  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  29.89 
 
 
179 aa  77.8  0.00000000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  30.41 
 
 
182 aa  77.8  0.00000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  30 
 
 
169 aa  77.8  0.00000000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  33.72 
 
 
182 aa  77  0.0000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>