More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1307 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 		 180 aa  344  3e-94  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  93.33 
 
 		 180 aa  324  5e-88  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  61.67 
 
 		 171 aa  202  3e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  55.87 
 
 		 169 aa  179  2e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  55.31 
 
 		 171 aa  177  4.999999999999999e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  56.42 
 
 		 172 aa  177  8e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  55.31 
 
 		 187 aa  176  2e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  55.31 
 
 		 170 aa  174  8e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  53.63 
 
 		 170 aa  165  2.9999999999999998e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  55.87 
 
 		 172 aa  165  2.9999999999999998e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  53.37 
 
 		 173 aa  163  1.0000000000000001e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  55.43 
 
 		 184 aa  159  2e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  49.16 
 
 		 173 aa  154  6e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  49.16 
 
 		 172 aa  153  1e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  48.59 
 
 		 167 aa  152  2e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  49.2 
 
 		 179 aa  147  9e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  48.6 
 
 		 173 aa  144  5e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  48.6 
 
 		 173 aa  144  5e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  48.6 
 
 		 173 aa  144  5e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  43.58 
 
 		 176 aa  143  2e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1150  16S rRNA-processing protein RimM  43.93 
 
 		 225 aa  140  7e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  50 
 
 		 174 aa  140  9e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  53.07 
 
 		 177 aa  137  7e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2085  16S rRNA processing protein RimM  47.75 
 
 		 172 aa  136  1e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12921  16S rRNA-processing protein RimM  47.49 
 
 		 176 aa  134  7.000000000000001e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.368366 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  47.03 
 
 		 174 aa  133  9.999999999999999e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  48.04 
 
 		 181 aa  129  2.0000000000000002e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  41.11 
 
 		 181 aa  128  3e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  44.13 
 
 		 194 aa  127  9.000000000000001e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  46.41 
 
 		 200 aa  122  3e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  45.25 
 
 		 188 aa  120  9.999999999999999e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  42.22 
 
 		 197 aa  119  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0987  16S rRNA processing protein RimM  41.67 
 
 		 184 aa  119  3e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000000842356  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  42.86 
 
 		 182 aa  116  1.9999999999999998e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  41.81 
 
 		 182 aa  114  1.0000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23730  16S rRNA processing protein RimM  41.81 
 
 		 214 aa  109  2.0000000000000002e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.659902  normal  0.204427 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  37.04 
 
 		 199 aa  102  2e-21  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  37.43 
 
 		 177 aa  99.8  2e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  32.95 
 
 		 172 aa  95.9  3e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  36.78 
 
 		 168 aa  95.9  3e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1054  RimM protein for 16S rRNA processing  34 
 
 		 204 aa  94.4  8e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  34.86 
 
 		 171 aa  93.6  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 		 171 aa  92.8  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  35.59 
 
 		 176 aa  93.2  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  32.57 
 
 		 171 aa  92.4  3e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  34.29 
 
 		 198 aa  92.4  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  31.35 
 
 		 179 aa  90.5  1e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  35.84 
 
 		 176 aa  90.5  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  30.68 
 
 		 167 aa  90.1  1e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  30.68 
 
 		 167 aa  90.1  1e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  32.57 
 
 		 171 aa  89.4  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  32.57 
 
 		 171 aa  89.4  2e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  32.57 
 
 		 171 aa  89.4  2e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  32.57 
 
 		 171 aa  89.4  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  36.87 
 
 		 179 aa  89.7  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  32.57 
 
 		 171 aa  89.7  2e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  37.36 
 
 		 189 aa  89  3e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  37.71 
 
 		 173 aa  89  3e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  32.02 
 
 		 171 aa  89  4e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  36.53 
 
 		 191 aa  88.6  4e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  34.08 
 
 		 169 aa  88.2  6e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  36.22 
 
 		 182 aa  87.8  7e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  30.16 
 
 		 179 aa  87.4  9e-17  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  37.93 
 
 		 173 aa  87  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  31.89 
 
 		 179 aa  87  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  32 
 
 		 171 aa  86.7  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 		 182 aa  86.3  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  35.96 
 
 		 176 aa  86.7  2e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  33.92 
 
 		 174 aa  86.7  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  32.95 
 
 		 172 aa  86.3  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  37.5 
 
 		 189 aa  85.9  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  37.5 
 
 		 189 aa  85.9  3e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  36.9 
 
 		 189 aa  85.5  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  36.42 
 
 		 212 aa  85.9  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  36.57 
 
 		 221 aa  85.1  5e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1289  16S rRNA processing protein RimM  32.4 
 
 		 182 aa  84.7  6e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.611954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  32.04 
 
 		 176 aa  83.6  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  37.36 
 
 		 167 aa  84  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0934  16S rRNA-processing protein RimM  36.63 
 
 		 184 aa  82.8  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0565923 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  36.67 
 
 		 201 aa  83.2  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  34.07 
 
 		 176 aa  83.2  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  30.11 
 
 		 167 aa  82.4  0.000000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  33.52 
 
 		 223 aa  82.4  0.000000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  35.06 
 
 		 176 aa  82.8  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  33.52 
 
 		 223 aa  82  0.000000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  30.05 
 
 		 179 aa  82  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1664  16S rRNA processing protein RimM  41.44 
 
 		 178 aa  81.6  0.000000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0329621  hitchhiker  0.00376352 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1801  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 		 168 aa  80.5  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165752  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 		 182 aa  79.7  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  35.59 
 
 		 187 aa  79.7  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  34.25 
 
 		 210 aa  79.7  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  29.38 
 
 		 166 aa  80.1  0.00000000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  26.11 
 
 		 169 aa  79.7  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  34.83 
 
 		 166 aa  79  0.00000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  34.62 
 
 		 224 aa  79  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_002936  DET0566  16S rRNA processing protein RimM  33.52 
 
 		 167 aa  79  0.00000000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00173533  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0805  16S rRNA-processing protein RimM  36.05 
 
 		 184 aa  78.6  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0876  16S rRNA-processing protein RimM  35.47 
 
 		 184 aa  78.2  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  30.9 
 
 		 176 aa  78.2  0.00000000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  33.15 
 
 		 169 aa  77.8  0.00000000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>