193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_10990 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013165  Shel_10990  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
185 aa  370  1e-102  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000722638  unclonable  0.00000000154535 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1380  PRC-barrel domain protein  45.98 
 
 
173 aa  133  9.999999999999999e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000425186  normal  0.828358 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00330  16S rRNA processing protein RimM  42.31 
 
 
234 aa  132  3e-30  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000114022  hitchhiker  0.0000000000400055 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0690  16S rRNA-processing protein  41.61 
 
 
152 aa  95.1  4e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000088438  hitchhiker  0.000440701 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  32.57 
 
 
176 aa  81.6  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  38.52 
 
 
210 aa  81.6  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  35.67 
 
 
176 aa  80.5  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  36.88 
 
 
182 aa  77.4  0.0000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  30.29 
 
 
176 aa  74.3  0.0000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04645  16S rRNA processing protein  29.91 
 
 
174 aa  73.9  0.000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2581  16S rRNA processing protein RimM  34.26 
 
 
186 aa  73.6  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00383976  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  38.36 
 
 
187 aa  70.5  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  28.4 
 
 
167 aa  68.9  0.00000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0036  16S rRNA processing protein RimM  28.14 
 
 
175 aa  68.2  0.00000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.181086  normal  0.177131 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0967  16S rRNA processing protein RimM  29.7 
 
 
167 aa  67.4  0.0000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000740944  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1300  16S rRNA processing protein RimM  27.04 
 
 
174 aa  67  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1803  16S rRNA processing protein RimM  25.9 
 
 
178 aa  67.4  0.0000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000356142  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  29.55 
 
 
180 aa  66.6  0.0000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  34.82 
 
 
173 aa  65.9  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1397  16S rRNA processing protein RimM  32.89 
 
 
168 aa  65.9  0.0000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000193621  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1523  16S rRNA processing protein RimM  30.46 
 
 
167 aa  65.1  0.0000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000298148  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0803  16S rRNA processing protein RimM  32.69 
 
 
167 aa  65.1  0.0000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  31.43 
 
 
182 aa  64.7  0.0000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1091  16S rRNA-processing protein RimM  29.12 
 
 
233 aa  64.7  0.0000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.166922  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1385  16S rRNA processing protein RimM  31.4 
 
 
197 aa  64.7  0.0000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.166858  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  37.04 
 
 
173 aa  64.3  0.0000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4627  16S rRNA-processing protein RimM  23.44 
 
 
208 aa  63.5  0.000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  32.07 
 
 
181 aa  64.3  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0164  16S rRNA processing protein RimM  26.63 
 
 
217 aa  63.2  0.000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.199907  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  40 
 
 
172 aa  62.8  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  25.57 
 
 
179 aa  63.5  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  30.46 
 
 
172 aa  62.4  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  38.74 
 
 
169 aa  62.8  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  33.64 
 
 
179 aa  62.4  0.000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  30.99 
 
 
189 aa  62  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2485  16S rRNA processing protein RimM  37.9 
 
 
176 aa  61.6  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.423168  normal  0.175293 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4970  16S rRNA processing protein RimM  30.29 
 
 
180 aa  61.6  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  33.56 
 
 
180 aa  61.6  0.000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1096  16S rRNA processing protein RimM  35.78 
 
 
152 aa  61.6  0.000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0393461  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  32.3 
 
 
189 aa  61.2  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  39.09 
 
 
173 aa  61.2  0.000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  29.31 
 
 
181 aa  60.8  0.000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  35.9 
 
 
170 aa  60.8  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  26.59 
 
 
176 aa  60.5  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0130  16S rRNA-processing protein RimM  29.56 
 
 
177 aa  60.8  0.00000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0512614  normal  0.0110832 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2999  16S rRNA processing protein RimM  30.36 
 
 
176 aa  60.8  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000783686  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3041  16S rRNA processing protein RimM  30.36 
 
 
176 aa  60.8  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000787897  normal  0.907916 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  26.59 
 
 
176 aa  60.8  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4117  16S rRNA-processing protein RimM  27.13 
 
 
186 aa  60.8  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  27.17 
 
 
171 aa  60.8  0.00000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0648  16S rRNA processing protein RimM  25.47 
 
 
177 aa  60.5  0.00000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1016  16S rRNA processing protein RimM  34.41 
 
 
169 aa  60.5  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000810353  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1491  16S rRNA processing protein RimM  26.97 
 
 
173 aa  59.7  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0241337  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  32.14 
 
 
172 aa  59.3  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  31.87 
 
 
221 aa  59.3  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  27.54 
 
 
182 aa  59.3  0.00000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0104  16S rRNA processing protein RimM  32.41 
 
 
177 aa  59.7  0.00000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  28.32 
 
 
172 aa  59.7  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  33.56 
 
 
180 aa  59.3  0.00000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  35.71 
 
 
171 aa  59.3  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  34.82 
 
 
171 aa  58.9  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2222  16S rRNA processing protein  31.78 
 
 
175 aa  58.9  0.00000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.646e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  25.86 
 
 
171 aa  58.9  0.00000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1801  16S rRNA processing protein RimM  30.95 
 
 
168 aa  58.5  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165752  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  28.74 
 
 
187 aa  58.5  0.00000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1390  16S rRNA processing protein RimM  33.01 
 
 
163 aa  58.5  0.00000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0279558  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  24.14 
 
 
171 aa  58.5  0.00000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  25.86 
 
 
171 aa  58.2  0.00000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  25.86 
 
 
171 aa  58.2  0.00000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  25.86 
 
 
171 aa  58.2  0.00000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  25.86 
 
 
171 aa  58.2  0.00000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  25.86 
 
 
171 aa  58.2  0.00000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  27.91 
 
 
177 aa  58.2  0.00000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1329  16S rRNA processing protein RimM  24.58 
 
 
173 aa  58.2  0.00000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.681853 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0848  16S rRNA processing protein RimM  30.25 
 
 
163 aa  57.8  0.00000008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4078  16S rRNA-processing protein RimM  26.6 
 
 
186 aa  57.8  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  30.11 
 
 
212 aa  57.8  0.00000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  28.31 
 
 
179 aa  57.8  0.00000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1150  16S rRNA-processing protein RimM  37.29 
 
 
225 aa  57.4  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2051  16S rRNA processing protein RimM  30.51 
 
 
167 aa  57  0.0000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0118  16S rRNA processing protein RimM  27.78 
 
 
184 aa  57  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.561423 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  35.04 
 
 
174 aa  55.8  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  22.78 
 
 
171 aa  55.8  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  33.64 
 
 
170 aa  55.8  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  35.71 
 
 
176 aa  55.8  0.0000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  25.29 
 
 
174 aa  56.2  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  32.41 
 
 
169 aa  56.2  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  33.1 
 
 
172 aa  55.5  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1293  16S rRNA processing protein RimM  28.48 
 
 
169 aa  55.1  0.0000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000894981  normal  0.803159 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1943  16S rRNA processing protein RimM  35.4 
 
 
165 aa  55.1  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  27.06 
 
 
169 aa  54.7  0.0000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  24.14 
 
 
171 aa  54.7  0.0000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1914  16S rRNA processing protein RimM  34.82 
 
 
163 aa  54.7  0.0000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2333  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 
164 aa  54.3  0.0000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000377156  normal  0.0588442 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  34.31 
 
 
189 aa  54.3  0.0000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  23.86 
 
 
179 aa  53.9  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  32.31 
 
 
179 aa  54.3  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  30.65 
 
 
197 aa  54.3  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  21.71 
 
 
179 aa  54.3  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0593  hypothetical protein  27.78 
 
 
173 aa  54.3  0.000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>