More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mflv_4173 on replicon NC_009338
Organism: Mycobacterium gilvum PYR-GCK



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
173 aa  331  3e-90  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  80.81 
 
 
172 aa  270  1e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  76.3 
 
 
173 aa  252  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  76.3 
 
 
173 aa  252  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  76.3 
 
 
173 aa  252  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12921  16S rRNA-processing protein RimM  66.1 
 
 
176 aa  196  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.368366 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  58.48 
 
 
173 aa  194  6e-49  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2085  16S rRNA processing protein RimM  57.89 
 
 
172 aa  176  1e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  56.4 
 
 
170 aa  171  5e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  50.87 
 
 
172 aa  163  9e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  53.76 
 
 
171 aa  162  3e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  53.85 
 
 
172 aa  160  8.000000000000001e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  52 
 
 
174 aa  159  1e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  51.45 
 
 
171 aa  155  4e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  49.16 
 
 
180 aa  154  6e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  52.91 
 
 
170 aa  154  7e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  49.16 
 
 
180 aa  150  5.9999999999999996e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  47.06 
 
 
167 aa  146  1.0000000000000001e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  47.67 
 
 
169 aa  145  4.0000000000000006e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  45.66 
 
 
187 aa  144  8.000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  45.29 
 
 
176 aa  134  5e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  50.59 
 
 
177 aa  130  6.999999999999999e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  45.35 
 
 
184 aa  129  3e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  42.22 
 
 
179 aa  124  8.000000000000001e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  44.71 
 
 
174 aa  118  3e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  42.77 
 
 
181 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  39.31 
 
 
181 aa  110  9e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1150  16S rRNA-processing protein RimM  36.92 
 
 
225 aa  109  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  38.37 
 
 
194 aa  105  3e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  41.76 
 
 
210 aa  102  3e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1054  RimM protein for 16S rRNA processing  33.68 
 
 
204 aa  96.3  2e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  36.11 
 
 
199 aa  96.3  2e-19  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  37.06 
 
 
182 aa  95.5  3e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  34.68 
 
 
197 aa  95.1  5e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  31.14 
 
 
172 aa  94.4  7e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0987  16S rRNA processing protein RimM  38.29 
 
 
184 aa  94  9e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000000842356  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  38.6 
 
 
176 aa  92.8  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  40.23 
 
 
188 aa  92.8  2e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23730  16S rRNA processing protein RimM  36.99 
 
 
214 aa  93.2  2e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.659902  normal  0.204427 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  30.12 
 
 
171 aa  92.4  3e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  32.34 
 
 
172 aa  92  3e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  30.12 
 
 
171 aa  92  4e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  30.12 
 
 
171 aa  92  4e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  30.12 
 
 
171 aa  92  4e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  37.58 
 
 
189 aa  92  4e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  30.12 
 
 
171 aa  92  4e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  29.52 
 
 
171 aa  89  3e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  28.92 
 
 
171 aa  88.6  4e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  32.12 
 
 
168 aa  87.4  8e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  28.92 
 
 
171 aa  87.4  8e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  36.09 
 
 
182 aa  87.4  8e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3065  16S rRNA processing protein RimM  35.8 
 
 
170 aa  87.4  9e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000508882  hitchhiker  0.000000546045 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  28.92 
 
 
171 aa  87  1e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02148  16S rRNA-processing protein RimM  37.72 
 
 
180 aa  86.3  2e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.899687  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  34.59 
 
 
177 aa  85.9  2e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  28.49 
 
 
169 aa  85.9  2e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  27.98 
 
 
166 aa  86.3  2e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  28.31 
 
 
171 aa  85.5  3e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  31.58 
 
 
176 aa  85.5  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  29.59 
 
 
169 aa  85.5  4e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  36.48 
 
 
221 aa  84.7  7e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1964  16S rRNA-processing protein RimM  31.52 
 
 
165 aa  84.3  7e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  37.72 
 
 
182 aa  84.3  7e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3089  16S rRNA-processing protein RimM  30.64 
 
 
177 aa  83.2  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.157411  normal  0.0618284 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  35.33 
 
 
170 aa  83.6  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  31.98 
 
 
169 aa  82.8  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1682  16S rRNA-processing protein RimM  31.52 
 
 
165 aa  83.2  0.000000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00118486  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  27.33 
 
 
174 aa  82.8  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0853  16S rRNA-processing protein RimM  32.05 
 
 
182 aa  81.3  0.000000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000199239  hitchhiker  0.0000659128 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1105  16S rRNA-processing protein RimM  35.43 
 
 
193 aa  81.3  0.000000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  37.72 
 
 
178 aa  80.9  0.000000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  28.9 
 
 
182 aa  80.1  0.00000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  28.9 
 
 
182 aa  80.1  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  28.9 
 
 
182 aa  80.1  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  28.9 
 
 
183 aa  80.1  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  28.9 
 
 
182 aa  80.1  0.00000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  28.9 
 
 
182 aa  80.1  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  38.51 
 
 
200 aa  80.1  0.00000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  28.9 
 
 
182 aa  80.1  0.00000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  28.9 
 
 
183 aa  80.1  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  28.9 
 
 
182 aa  80.1  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  31.28 
 
 
182 aa  79.7  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3769  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 
181 aa  79.7  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000000183564  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1204  16S rRNA-processing protein RimM  35.88 
 
 
183 aa  79.7  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00134678  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  36.42 
 
 
179 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  36.99 
 
 
181 aa  79.7  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  37.28 
 
 
172 aa  79.3  0.00000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1801  16S rRNA processing protein RimM  31.55 
 
 
168 aa  79  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165752  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  29.31 
 
 
179 aa  79.3  0.00000000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  31.48 
 
 
174 aa  79  0.00000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  31.71 
 
 
212 aa  78.6  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1479  16S rRNA-processing protein RimM  31.4 
 
 
173 aa  78.6  0.00000000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  31.61 
 
 
191 aa  78.2  0.00000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  32.73 
 
 
176 aa  78.2  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  28.9 
 
 
183 aa  78.2  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  28.9 
 
 
183 aa  78.2  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  28.9 
 
 
183 aa  78.2  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  28.9 
 
 
183 aa  78.2  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  34.18 
 
 
163 aa  78.2  0.00000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  28.9 
 
 
183 aa  78.2  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>