More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3882 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 		 167 aa  335  1.9999999999999998e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  74.1 
 
 		 169 aa  253  6e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  73.62 
 
 		 169 aa  242  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  74.23 
 
 		 169 aa  241  3e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  67.07 
 
 		 166 aa  222  2e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  63.52 
 
 		 171 aa  214  4e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  61.73 
 
 		 187 aa  211  4.9999999999999996e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  52.12 
 
 		 173 aa  164  5.9999999999999996e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  53.33 
 
 		 173 aa  160  9e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  50.9 
 
 		 198 aa  159  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  53.37 
 
 		 176 aa  157  6e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  50.6 
 
 		 176 aa  155  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  50.92 
 
 		 176 aa  153  9e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  50.3 
 
 		 182 aa  153  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  51.2 
 
 		 201 aa  149  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  49.08 
 
 		 199 aa  140  6e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  46.3 
 
 		 185 aa  139  1.9999999999999998e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  47.59 
 
 		 224 aa  135  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  46.25 
 
 		 189 aa  131  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  47.27 
 
 		 204 aa  130  9e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  44.38 
 
 		 200 aa  129  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  45.62 
 
 		 189 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  45.78 
 
 		 223 aa  128  3e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  46.95 
 
 		 176 aa  129  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  45.78 
 
 		 223 aa  128  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  45.62 
 
 		 221 aa  125  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  42.33 
 
 		 188 aa  124  7e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  45.18 
 
 		 231 aa  122  3e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  42.68 
 
 		 185 aa  120  6e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  41.88 
 
 		 189 aa  120  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  42.41 
 
 		 212 aa  118  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3353  16S rRNA-processing protein RimM  45.22 
 
 		 173 aa  116  9.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.170561 
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  42.5 
 
 		 189 aa  114  3.9999999999999997e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  42.5 
 
 		 189 aa  114  3.9999999999999997e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  35.8 
 
 		 168 aa  113  1.0000000000000001e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  38.65 
 
 		 191 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  44.38 
 
 		 206 aa  107  6e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  42.5 
 
 		 172 aa  107  9.000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  30.86 
 
 		 173 aa  107  9.000000000000001e-23  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  44.3 
 
 		 163 aa  102  3e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3277  16S rRNA processing protein RimM  40.59 
 
 		 188 aa  98.6  3e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.399714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0002  16S rRNA-processing protein RimM  30.25 
 
 		 175 aa  98.2  4e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  32.92 
 
 		 176 aa  98.6  4e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2854  16S rRNA processing protein RimM  38.99 
 
 		 171 aa  96.7  1e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.77473  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2475  16S rRNA processing protein RimM  38.46 
 
 		 160 aa  93.2  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  38.69 
 
 		 174 aa  93.6  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  40.25 
 
 		 157 aa  91.7  4e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  34.91 
 
 		 176 aa  91.7  4e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  32.54 
 
 		 176 aa  91.7  4e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  38.04 
 
 		 170 aa  91.7  4e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  34.19 
 
 		 174 aa  91.3  5e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0890  16S rRNA-processing protein RimM  33.13 
 
 		 176 aa  90.9  7e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000503781  normal  0.334216 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  34.91 
 
 		 176 aa  90.5  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  39.88 
 
 		 167 aa  89.7  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1406  16S rRNA processing protein RimM  38.36 
 
 		 166 aa  89.4  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.502149  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  40.49 
 
 		 170 aa  89  3e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 		 189 aa  88.2  4e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  40.83 
 
 		 172 aa  88.2  5e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  40 
 
 		 169 aa  87.8  6e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  39.08 
 
 		 179 aa  87.8  6e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 		 175 aa  87.4  7e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0805  16S rRNA-processing protein RimM  36.53 
 
 		 184 aa  87.4  8e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1204  16S rRNA-processing protein RimM  37.13 
 
 		 183 aa  87.4  9e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00134678  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  34.71 
 
 		 191 aa  87.4  9e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1160  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 		 176 aa  87  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000339506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2259  16S rRNA processing protein RimM  35.62 
 
 		 175 aa  86.7  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00362767  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0088  16S rRNA-processing protein RimM  35.19 
 
 		 170 aa  85.9  2e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0074  16S rRNA-processing protein RimM  35.19 
 
 		 170 aa  85.9  2e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  33.54 
 
 		 179 aa  85.9  2e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1169  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 		 176 aa  85.9  2e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549178  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2539  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 		 221 aa  85.5  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1390  16S rRNA processing protein RimM  39.39 
 
 		 163 aa  85.1  4e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0279558  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1578  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 		 176 aa  85.1  4e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.637772  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0934  16S rRNA-processing protein RimM  36.53 
 
 		 184 aa  84.7  5e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0565923 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2233  16S rRNA-processing protein RimM  36.09 
 
 		 223 aa  84.7  5e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.347388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 		 175 aa  84.7  5e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  38.18 
 
 		 172 aa  84.3  7e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01706  16S rRNA-processing protein RimM  32.14 
 
 		 173 aa  84.3  7e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0345877  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1288  16S rRNA-processing protein RimM  31.93 
 
 		 176 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000110365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1255  16S rRNA-processing protein RimM  31.93 
 
 		 176 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000416795  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0847  16S rRNA processing protein RimM  35.98 
 
 		 167 aa  83.2  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3102  16S rRNA-processing protein RimM  31.93 
 
 		 176 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000126118  normal  0.166795 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  39.63 
 
 		 170 aa  84  0.000000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1211  16S rRNA-processing protein RimM  31.93 
 
 		 176 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000458928  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 		 175 aa  83.6  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  37.36 
 
 		 180 aa  84  0.000000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  30.59 
 
 		 184 aa  83.2  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0876  16S rRNA-processing protein RimM  34.91 
 
 		 184 aa  83.2  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298701  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  37.65 
 
 		 178 aa  82.4  0.000000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  37.93 
 
 		 180 aa  81.6  0.000000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  36.25 
 
 		 182 aa  82  0.000000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  27.71 
 
 		 176 aa  81.3  0.000000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  25.6 
 
 		 176 aa  81.3  0.000000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  25.6 
 
 		 176 aa  81.3  0.000000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  31.33 
 
 		 175 aa  81.3  0.000000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1289  16S rRNA processing protein RimM  33.12 
 
 		 182 aa  81.3  0.000000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.611954  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1803  16S rRNA processing protein RimM  25.6 
 
 		 178 aa  80.9  0.000000000000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000356142  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  37.2 
 
 		 187 aa  80.5  0.000000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002537  16S rRNA processing protein RimM  30 
 
 		 182 aa  80.5  0.000000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00116484  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2919  16S rRNA-processing protein RimM  32.14 
 
 		 176 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000569736  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>