More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1390 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_1390  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
163 aa  305  2.0000000000000002e-82  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0279558  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  40.12 
 
 
199 aa  96.3  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  39.39 
 
 
167 aa  90.9  7e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  38.65 
 
 
176 aa  90.5  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  37.5 
 
 
176 aa  87.8  6e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  32.7 
 
 
176 aa  84.3  7e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  37.09 
 
 
212 aa  83.2  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  34.71 
 
 
189 aa  83.2  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  39.75 
 
 
201 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  35.62 
 
 
189 aa  79.7  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  35.47 
 
 
179 aa  79  0.00000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  34.12 
 
 
189 aa  79  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  38.12 
 
 
173 aa  79  0.00000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  36.88 
 
 
189 aa  78.2  0.00000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  38.27 
 
 
169 aa  78.6  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  36.88 
 
 
189 aa  78.2  0.00000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  37.65 
 
 
169 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2333  16S rRNA processing protein RimM  35.76 
 
 
164 aa  78.6  0.00000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000377156  normal  0.0588442 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  35.98 
 
 
185 aa  77.8  0.00000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  35.33 
 
 
182 aa  77.8  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  35.4 
 
 
171 aa  77.8  0.00000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  32.14 
 
 
173 aa  77.4  0.00000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  30.18 
 
 
176 aa  77  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  37.65 
 
 
169 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  27.95 
 
 
169 aa  77  0.0000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  34.21 
 
 
189 aa  76.3  0.0000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  36.88 
 
 
173 aa  76.3  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  26.95 
 
 
176 aa  75.9  0.0000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  26.95 
 
 
176 aa  75.9  0.0000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  33.12 
 
 
198 aa  75.5  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  34.71 
 
 
221 aa  75.5  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  39.13 
 
 
170 aa  74.7  0.0000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  35.58 
 
 
166 aa  74.3  0.0000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  36.97 
 
 
187 aa  74.3  0.0000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1094  16S rRNA processing protein RimM  22.84 
 
 
169 aa  74.7  0.0000000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000169759  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  29.7 
 
 
167 aa  74.3  0.0000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  35 
 
 
176 aa  74.3  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2259  16S rRNA processing protein RimM  34.39 
 
 
175 aa  73.9  0.0000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00362767  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  39.26 
 
 
169 aa  73.9  0.0000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  36.65 
 
 
167 aa  73.2  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0847  16S rRNA processing protein RimM  34.81 
 
 
167 aa  73.2  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0934  16S rRNA-processing protein RimM  33.94 
 
 
184 aa  72.8  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0565923 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  36.25 
 
 
171 aa  72.4  0.000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1964  16S rRNA-processing protein RimM  27.04 
 
 
165 aa  72  0.000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  35.71 
 
 
206 aa  72  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  39.29 
 
 
182 aa  72  0.000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  26.25 
 
 
167 aa  72  0.000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  35.19 
 
 
191 aa  71.6  0.000000000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  26.25 
 
 
167 aa  72  0.000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  32.89 
 
 
179 aa  71.2  0.000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1535  16S rRNA processing protein RimM  26.38 
 
 
166 aa  71.2  0.000000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00265207  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2018  16S rRNA processing protein RimM  26.83 
 
 
177 aa  70.5  0.000000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0112237  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1682  16S rRNA-processing protein RimM  26.42 
 
 
165 aa  70.5  0.000000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00118486  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  37.27 
 
 
188 aa  70.5  0.000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2222  16S rRNA processing protein  27.44 
 
 
175 aa  70.1  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.646e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  29.85 
 
 
183 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  28.03 
 
 
182 aa  70.1  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  29.85 
 
 
183 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1803  16S rRNA processing protein RimM  24.55 
 
 
178 aa  70.1  0.00000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000356142  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  28.03 
 
 
182 aa  69.7  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  37.65 
 
 
171 aa  69.7  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  29.85 
 
 
183 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  29.85 
 
 
183 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  29.85 
 
 
183 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1096  16S rRNA processing protein RimM  37.38 
 
 
152 aa  70.1  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0393461  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  28.03 
 
 
182 aa  70.1  0.00000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  32.54 
 
 
169 aa  69.7  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2854  16S rRNA processing protein RimM  34.38 
 
 
171 aa  69.3  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.77473  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  34.16 
 
 
176 aa  69.7  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1406  16S rRNA processing protein RimM  36.73 
 
 
166 aa  69.3  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.502149  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2321  16S rRNA processing protein RimM  27.44 
 
 
177 aa  69.3  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1578  16S rRNA-processing protein RimM  32.61 
 
 
176 aa  69.3  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.637772  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  39.05 
 
 
172 aa  68.9  0.00000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2539  16S rRNA-processing protein RimM  30.68 
 
 
221 aa  68.2  0.00000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 
182 aa  68.6  0.00000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1160  16S rRNA-processing protein RimM  28.06 
 
 
176 aa  68.2  0.00000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000339506  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  34.15 
 
 
185 aa  68.2  0.00000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  27.78 
 
 
176 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  27.82 
 
 
183 aa  67.8  0.00000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  37.57 
 
 
180 aa  67.8  0.00000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  27.82 
 
 
183 aa  67.8  0.00000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2976  16S rRNA-processing protein RimM  34.85 
 
 
248 aa  67.8  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.470421  normal  0.0518366 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  27.82 
 
 
182 aa  67.8  0.00000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  27.82 
 
 
182 aa  67.8  0.00000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  27.82 
 
 
182 aa  67.8  0.00000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  27.82 
 
 
182 aa  67.8  0.00000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  27.82 
 
 
182 aa  67.8  0.00000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  27.82 
 
 
182 aa  67.8  0.00000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  28.06 
 
 
176 aa  67.4  0.00000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  32.93 
 
 
178 aa  67.4  0.00000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1150  16S rRNA-processing protein RimM  39.34 
 
 
225 aa  67.4  0.00000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  32.92 
 
 
181 aa  67.4  0.00000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  36.2 
 
 
176 aa  67  0.00000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1169  16S rRNA-processing protein RimM  27.65 
 
 
176 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549178  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1007  16S rRNA-processing protein RimM  34.35 
 
 
244 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0749  16S rRNA-processing protein RimM  31.49 
 
 
220 aa  67  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1284  16S rRNA processing protein RimM  28.99 
 
 
184 aa  66.6  0.0000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.270543  normal  0.304592 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 
178 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  29.17 
 
 
187 aa  65.9  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 
178 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>