More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3592 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
179 aa  338  2e-92  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1150  16S rRNA-processing protein RimM  53.42 
 
 
225 aa  196  1.0000000000000001e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  50.86 
 
 
170 aa  160  1e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  55.11 
 
 
172 aa  152  2e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  51.98 
 
 
171 aa  151  4e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  50.27 
 
 
180 aa  149  2e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  49.16 
 
 
172 aa  147  6e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  49.2 
 
 
180 aa  147  9e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  47.49 
 
 
187 aa  145  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  50.29 
 
 
170 aa  142  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  45.98 
 
 
176 aa  141  6e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  47.51 
 
 
174 aa  138  4.999999999999999e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  44.94 
 
 
173 aa  138  4.999999999999999e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  49.71 
 
 
174 aa  135  2e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  46.24 
 
 
167 aa  134  9.999999999999999e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  44.89 
 
 
169 aa  132  3e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  43.5 
 
 
181 aa  131  6e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  45.81 
 
 
184 aa  129  2.0000000000000002e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2085  16S rRNA processing protein RimM  46.63 
 
 
172 aa  125  3e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  41.34 
 
 
172 aa  125  3e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  45.2 
 
 
171 aa  124  9e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  42.22 
 
 
173 aa  124  9e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  41.67 
 
 
173 aa  123  1e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  41.67 
 
 
173 aa  123  1e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  41.67 
 
 
173 aa  123  1e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  44.13 
 
 
181 aa  118  3.9999999999999996e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12921  16S rRNA-processing protein RimM  44.02 
 
 
176 aa  115  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.368366 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  38.98 
 
 
197 aa  114  6.9999999999999995e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  43.5 
 
 
188 aa  112  3e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  48.88 
 
 
177 aa  107  9.000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  38.2 
 
 
194 aa  105  4e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  41.28 
 
 
182 aa  104  7e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  42.13 
 
 
200 aa  102  3e-21  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  39.66 
 
 
182 aa  100  1e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23730  16S rRNA processing protein RimM  41.24 
 
 
214 aa  98.2  6e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.659902  normal  0.204427 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1054  RimM protein for 16S rRNA processing  37.76 
 
 
204 aa  96.7  2e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0987  16S rRNA processing protein RimM  37.64 
 
 
184 aa  96.7  2e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000000842356  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  35.16 
 
 
199 aa  94.4  9e-19  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  30.94 
 
 
172 aa  90.1  2e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  32.75 
 
 
191 aa  90.1  2e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  35.47 
 
 
198 aa  89.7  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  39.08 
 
 
167 aa  87.8  7e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  36.9 
 
 
176 aa  87.8  8e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  26.4 
 
 
169 aa  86.7  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  32 
 
 
172 aa  86.7  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  38.01 
 
 
176 aa  87  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  31.95 
 
 
199 aa  87  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  37.43 
 
 
166 aa  85.5  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0540  16S rRNA processing protein RimM  30.51 
 
 
166 aa  85.1  5e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000769846  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  31.67 
 
 
171 aa  85.1  5e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07320  16S rRNA processing protein RimM  30.86 
 
 
170 aa  84.7  6e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238844  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  32.37 
 
 
169 aa  84.7  7e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3758  16S rRNA processing protein RimM  31.82 
 
 
170 aa  82.8  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0504856  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  34.29 
 
 
188 aa  83.2  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_505  16S rRNA processing protein RimM  31.28 
 
 
166 aa  82.4  0.000000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000191939  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  28.89 
 
 
171 aa  81.6  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  33.9 
 
 
210 aa  81.6  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  28.89 
 
 
171 aa  81.3  0.000000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  28.89 
 
 
171 aa  81.3  0.000000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  28.89 
 
 
171 aa  81.3  0.000000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  28.89 
 
 
171 aa  81.3  0.000000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  29.44 
 
 
171 aa  80.5  0.00000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  33.93 
 
 
176 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0566  16S rRNA processing protein RimM  29.94 
 
 
167 aa  79.7  0.00000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00173533  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  32.77 
 
 
176 aa  79.7  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  29.67 
 
 
174 aa  79.7  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  27.78 
 
 
171 aa  78.6  0.00000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  28.33 
 
 
171 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  29.44 
 
 
171 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  29.89 
 
 
169 aa  78.6  0.00000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  36.21 
 
 
169 aa  78.2  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  27.75 
 
 
167 aa  77.8  0.00000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  27.75 
 
 
167 aa  77.8  0.00000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  30.29 
 
 
168 aa  77.4  0.00000000000009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  34.24 
 
 
176 aa  77.4  0.0000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1390  16S rRNA processing protein RimM  35.47 
 
 
163 aa  77.4  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0279558  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  28.41 
 
 
167 aa  76.3  0.0000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1289  16S rRNA processing protein RimM  34.44 
 
 
182 aa  76.3  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.611954  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  35.47 
 
 
173 aa  76.3  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  36.21 
 
 
169 aa  76.6  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  32.58 
 
 
185 aa  76.6  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  34.68 
 
 
179 aa  76.6  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  36.78 
 
 
169 aa  76.6  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  34.12 
 
 
204 aa  75.9  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  32.76 
 
 
182 aa  75.5  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  35.06 
 
 
176 aa  74.3  0.0000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  30.22 
 
 
175 aa  74.3  0.0000000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  29.78 
 
 
182 aa  74.3  0.0000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1578  16S rRNA-processing protein RimM  32.04 
 
 
176 aa  74.3  0.0000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.637772  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  35.39 
 
 
201 aa  73.9  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  27.68 
 
 
167 aa  73.2  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  34.88 
 
 
173 aa  72.8  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1494  16S rRNA processing protein RimM  28.57 
 
 
172 aa  73.6  0.000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0136988  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3202  16S rRNA-processing protein RimM  31.46 
 
 
182 aa  72.8  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0025103  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01706  16S rRNA-processing protein RimM  31.49 
 
 
173 aa  72.8  0.000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0345877  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  33.52 
 
 
182 aa  72.8  0.000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  32.42 
 
 
176 aa  72.8  0.000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1125  16S rRNA-processing protein RimM  31.46 
 
 
182 aa  72.4  0.000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  30.56 
 
 
184 aa  72  0.000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  31.64 
 
 
176 aa  71.6  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>