More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_2183 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
169 aa  326  1.0000000000000001e-88  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  59.17 
 
 
170 aa  180  7e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  55.87 
 
 
180 aa  179  2e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  56.42 
 
 
180 aa  179  2e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  56.89 
 
 
172 aa  176  2e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  55.03 
 
 
171 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  52.66 
 
 
187 aa  160  9e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  52.1 
 
 
167 aa  157  5e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  50.89 
 
 
170 aa  157  1e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  50.29 
 
 
173 aa  154  6e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  50.6 
 
 
171 aa  154  7e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  47.67 
 
 
172 aa  145  3e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  47.67 
 
 
173 aa  145  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  47.31 
 
 
181 aa  142  3e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  48.26 
 
 
173 aa  140  6e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  48.26 
 
 
173 aa  140  6e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  48.26 
 
 
173 aa  140  6e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  48.54 
 
 
172 aa  140  7e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  47.67 
 
 
184 aa  139  1.9999999999999998e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  43.79 
 
 
176 aa  137  7e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  53.29 
 
 
177 aa  137  1e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  44.89 
 
 
179 aa  132  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  45.4 
 
 
174 aa  124  4.0000000000000003e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0987  16S rRNA processing protein RimM  41.32 
 
 
184 aa  121  4e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000000842356  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  44.24 
 
 
182 aa  121  4e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  45.51 
 
 
174 aa  121  6e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  47.62 
 
 
188 aa  119  1.9999999999999998e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  39.05 
 
 
181 aa  119  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12921  16S rRNA-processing protein RimM  42.61 
 
 
176 aa  118  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.368366 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1150  16S rRNA-processing protein RimM  38.03 
 
 
225 aa  118  4.9999999999999996e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2085  16S rRNA processing protein RimM  43.86 
 
 
172 aa  115  3e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  40.24 
 
 
197 aa  110  6e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23730  16S rRNA processing protein RimM  42.51 
 
 
214 aa  108  4.0000000000000004e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.659902  normal  0.204427 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  40.85 
 
 
182 aa  107  7.000000000000001e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  37.43 
 
 
194 aa  107  1e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  38.95 
 
 
179 aa  96.7  1e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  35.88 
 
 
171 aa  94.4  8e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  34.5 
 
 
198 aa  94  9e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  37.04 
 
 
176 aa  94  9e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  34.73 
 
 
171 aa  94  9e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  34.73 
 
 
171 aa  94  1e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1289  16S rRNA processing protein RimM  38.1 
 
 
182 aa  92  3e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.611954  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 
171 aa  91.7  5e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1664  16S rRNA processing protein RimM  39.88 
 
 
178 aa  91.3  5e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0329621  hitchhiker  0.00376352 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  37.58 
 
 
169 aa  91.3  7e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 
171 aa  90.9  8e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 
171 aa  90.9  8e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 
171 aa  90.9  8e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 
171 aa  90.9  8e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  37.21 
 
 
182 aa  90.1  1e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  30.36 
 
 
169 aa  90.1  1e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  35.71 
 
 
172 aa  89.4  2e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  35.8 
 
 
176 aa  89  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 
171 aa  89  3e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  37.28 
 
 
200 aa  88.6  3e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  32.56 
 
 
171 aa  87.8  6e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  37.5 
 
 
174 aa  87.8  6e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  40 
 
 
167 aa  87.8  7e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  30.41 
 
 
167 aa  87.4  8e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  30.41 
 
 
167 aa  87.4  8e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  36.47 
 
 
231 aa  87  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  35.62 
 
 
191 aa  86.3  2e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  35.96 
 
 
199 aa  85.9  2e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  37.35 
 
 
187 aa  86.3  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  36.84 
 
 
224 aa  84.7  6e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  31.93 
 
 
204 aa  84.7  6e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  36.26 
 
 
185 aa  84.3  6e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  32.73 
 
 
176 aa  84.3  7e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  34.57 
 
 
173 aa  84  9e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  36.26 
 
 
223 aa  83.6  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  38.55 
 
 
169 aa  82.8  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1054  RimM protein for 16S rRNA processing  35.29 
 
 
204 aa  83.2  0.000000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  36.26 
 
 
223 aa  83.2  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 
169 aa  82  0.000000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  33.14 
 
 
182 aa  82  0.000000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  34.32 
 
 
177 aa  81.6  0.000000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  35.67 
 
 
172 aa  81.6  0.000000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  35.71 
 
 
189 aa  81.3  0.000000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  31.58 
 
 
182 aa  81.3  0.000000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  32.52 
 
 
173 aa  80.9  0.000000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  37.43 
 
 
179 aa  80.1  0.00000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  32.34 
 
 
173 aa  80.1  0.00000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  32.3 
 
 
176 aa  79.7  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  28.24 
 
 
166 aa  79.3  0.00000000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  30.41 
 
 
167 aa  79  0.00000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  34.66 
 
 
166 aa  78.6  0.00000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0566  16S rRNA processing protein RimM  28.74 
 
 
167 aa  78.6  0.00000000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00173533  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  28.9 
 
 
174 aa  78.6  0.00000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  32.54 
 
 
176 aa  78.6  0.00000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0540  16S rRNA processing protein RimM  29.94 
 
 
166 aa  78.6  0.00000000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000769846  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  35.43 
 
 
169 aa  78.2  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  32.12 
 
 
168 aa  77.8  0.00000000000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  29.14 
 
 
179 aa  77.4  0.00000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  32.1 
 
 
182 aa  77.4  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  34.86 
 
 
169 aa  77  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  31.48 
 
 
176 aa  77  0.0000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  33.54 
 
 
167 aa  76.6  0.0000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4117  16S rRNA-processing protein RimM  34.25 
 
 
186 aa  75.9  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  34.91 
 
 
182 aa  76.6  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3429  16S rRNA processing protein RimM  31.18 
 
 
172 aa  76.3  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000572848  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>