233 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0324 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 		 199 aa  405  1.0000000000000001e-112  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1054  RimM protein for 16S rRNA processing  56.65 
 
 		 204 aa  211  7e-54  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  40.22 
 
 		 200 aa  119  1.9999999999999998e-26  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  41.11 
 
 		 172 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  38.07 
 
 		 181 aa  112  3e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  40.34 
 
 		 170 aa  112  4.0000000000000004e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0987  16S rRNA processing protein RimM  36.87 
 
 		 184 aa  110  2.0000000000000002e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000000842356  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  38.62 
 
 		 180 aa  106  3e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  38.07 
 
 		 171 aa  105  3e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  38.33 
 
 		 194 aa  102  3e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  37.04 
 
 		 180 aa  102  3e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  38.55 
 
 		 181 aa  102  5e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  37.5 
 
 		 170 aa  100  1e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  37.14 
 
 		 197 aa  100  1e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  34.92 
 
 		 187 aa  99.8  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  38.89 
 
 		 188 aa  99  4e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  37.93 
 
 		 167 aa  98.6  5e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  37.36 
 
 		 174 aa  96.7  2e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  36.26 
 
 		 184 aa  96.3  2e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  35.8 
 
 		 171 aa  96.7  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  36.11 
 
 		 173 aa  96.3  3e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  36.67 
 
 		 180 aa  95.5  5e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  35.16 
 
 		 179 aa  94.4  1e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  35.8 
 
 		 172 aa  94  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1091  16S rRNA-processing protein RimM  34.95 
 
 		 233 aa  93.2  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.166922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  36.42 
 
 		 173 aa  93.6  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  34.08 
 
 		 173 aa  93.6  2e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  34.08 
 
 		 173 aa  93.6  2e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  34.08 
 
 		 173 aa  93.6  2e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  38.83 
 
 		 181 aa  90.9  1e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  38.76 
 
 		 182 aa  89.4  3e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  34.08 
 
 		 172 aa  89.4  3e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  31.84 
 
 		 173 aa  89  4e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  36.21 
 
 		 173 aa  88.2  7e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  35.56 
 
 		 182 aa  88.2  8e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  31.89 
 
 		 179 aa  87.8  9e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0130  16S rRNA-processing protein RimM  39.66 
 
 		 177 aa  87.4  1e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0512614  normal  0.0110832 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  34.86 
 
 		 176 aa  86.7  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  35.8 
 
 		 176 aa  86.3  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  35.96 
 
 		 169 aa  85.9  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  34.29 
 
 		 198 aa  86.3  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  33.91 
 
 		 185 aa  85.5  5e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  33.52 
 
 		 174 aa  84.3  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23730  16S rRNA processing protein RimM  37.64 
 
 		 214 aa  84.3  0.000000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.659902  normal  0.204427 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  32.28 
 
 		 199 aa  84.3  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  31.89 
 
 		 176 aa  83.2  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 		 176 aa  83.6  0.000000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  36.65 
 
 		 177 aa  83.2  0.000000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  36.69 
 
 		 189 aa  82  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  37.06 
 
 		 189 aa  81.6  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  35.47 
 
 		 191 aa  80.1  0.00000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12921  16S rRNA-processing protein RimM  31.69 
 
 		 176 aa  80.1  0.00000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.368366 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  32.37 
 
 		 176 aa  78.6  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  29.67 
 
 		 174 aa  77  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2085  16S rRNA processing protein RimM  31.84 
 
 		 172 aa  77.4  0.0000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  32.94 
 
 		 182 aa  77.4  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4117  16S rRNA-processing protein RimM  33.7 
 
 		 186 aa  77.4  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4078  16S rRNA-processing protein RimM  33.7 
 
 		 186 aa  76.6  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  29.21 
 
 		 167 aa  76.6  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  29.35 
 
 		 179 aa  76.6  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  29.21 
 
 		 167 aa  76.6  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  29.35 
 
 		 176 aa  75.9  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  34.43 
 
 		 169 aa  76.3  0.0000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  29.51 
 
 		 179 aa  76.3  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  29.35 
 
 		 176 aa  76.3  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  38.32 
 
 		 221 aa  75.5  0.0000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  34.71 
 
 		 212 aa  75.5  0.0000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1150  16S rRNA-processing protein RimM  27.27 
 
 		 225 aa  75.5  0.0000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0164  16S rRNA processing protein RimM  32.8 
 
 		 217 aa  75.1  0.0000000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.199907  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  35.33 
 
 		 188 aa  74.7  0.0000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  31.49 
 
 		 200 aa  75.1  0.0000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  31.07 
 
 		 189 aa  72.8  0.000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  31.07 
 
 		 189 aa  72.8  0.000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  33.71 
 
 		 189 aa  72.8  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  34.83 
 
 		 206 aa  72.4  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 		 179 aa  72  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  33.89 
 
 		 182 aa  72  0.000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  32.43 
 
 		 224 aa  71.2  0.000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38467  predicted protein  33.17 
 
 		 235 aa  69.7  0.00000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.375973 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  26.29 
 
 		 166 aa  68.9  0.00000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  32.93 
 
 		 185 aa  68.6  0.00000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  30.17 
 
 		 173 aa  68.2  0.00000000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  32.2 
 
 		 223 aa  68.2  0.00000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  27.93 
 
 		 167 aa  67.8  0.0000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4970  16S rRNA processing protein RimM  30 
 
 		 180 aa  67.4  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  31.82 
 
 		 201 aa  67.4  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  32.95 
 
 		 187 aa  67.8  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  31.64 
 
 		 223 aa  66.6  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  30.39 
 
 		 169 aa  65.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1284  16S rRNA processing protein RimM  28.27 
 
 		 184 aa  65.5  0.0000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.270543  normal  0.304592 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4627  16S rRNA-processing protein RimM  28.17 
 
 		 208 aa  65.1  0.0000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  30.39 
 
 		 169 aa  65.1  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  29.83 
 
 		 169 aa  64.3  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  32 
 
 		 167 aa  63.9  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3353  16S rRNA-processing protein RimM  30.86 
 
 		 173 aa  63.9  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.170561 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  31.11 
 
 		 172 aa  62.8  0.000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  29.44 
 
 		 171 aa  62.8  0.000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  27.42 
 
 		 210 aa  61.6  0.000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0876  16S rRNA-processing protein RimM  29.61 
 
 		 184 aa  61.6  0.000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2874  16S rRNA processing protein RimM  29.51 
 
 		 209 aa  61.6  0.000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>