More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene P9211_17291 on replicon NC_009976
Organism: Prochlorococcus marinus str. MIT 9211



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
176 aa  344  3e-94  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  59.66 
 
 
181 aa  229  1e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  54.07 
 
 
180 aa  206  1e-52  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  55.68 
 
 
176 aa  204  4e-52  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  55.11 
 
 
176 aa  203  9e-52  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0130  16S rRNA-processing protein RimM  56.8 
 
 
177 aa  197  6e-50  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0512614  normal  0.0110832 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  53.45 
 
 
182 aa  193  1e-48  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4078  16S rRNA-processing protein RimM  48.68 
 
 
186 aa  173  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  50.84 
 
 
179 aa  172  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4117  16S rRNA-processing protein RimM  48.15 
 
 
186 aa  171  5e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  48.6 
 
 
179 aa  169  2e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  49.16 
 
 
179 aa  167  6e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1091  16S rRNA-processing protein RimM  49.44 
 
 
233 aa  166  1e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.166922  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  46.37 
 
 
179 aa  162  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0164  16S rRNA processing protein RimM  46.93 
 
 
217 aa  162  2.0000000000000002e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.199907  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1386  16S rRNA-processing protein RimM  42.86 
 
 
207 aa  158  5e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.594776 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4970  16S rRNA processing protein RimM  49.14 
 
 
180 aa  157  5e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4627  16S rRNA-processing protein RimM  39.02 
 
 
208 aa  147  9e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  41.18 
 
 
171 aa  109  2.0000000000000002e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  36.47 
 
 
170 aa  99.4  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  35.47 
 
 
171 aa  99.4  2e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  33.91 
 
 
172 aa  99  3e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  39.05 
 
 
171 aa  97.4  8e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
172 aa  96.3  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38467  predicted protein  34.5 
 
 
235 aa  95.5  3e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.375973 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  35.26 
 
 
172 aa  95.5  4e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  36.47 
 
 
170 aa  95.5  4e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  35.84 
 
 
210 aa  93.2  2e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  32.16 
 
 
171 aa  90.9  8e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  32.16 
 
 
171 aa  90.5  1e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  32.16 
 
 
171 aa  90.5  1e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  32.16 
 
 
171 aa  90.5  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  32.16 
 
 
177 aa  90.5  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  32.16 
 
 
171 aa  90.5  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  33.93 
 
 
188 aa  90.5  1e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  33.72 
 
 
169 aa  90.1  1e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  32.16 
 
 
171 aa  89.7  2e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  33.14 
 
 
169 aa  89.4  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  34.29 
 
 
173 aa  89.7  2e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  35.47 
 
 
176 aa  89.4  2e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  28.99 
 
 
171 aa  88.2  5e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  31.36 
 
 
167 aa  87.8  7e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  34.88 
 
 
187 aa  87.4  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  33.91 
 
 
181 aa  87  1e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  35.39 
 
 
200 aa  87  1e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  28.99 
 
 
171 aa  86.7  2e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  32.18 
 
 
176 aa  85.9  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  30 
 
 
168 aa  85.9  3e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  30.23 
 
 
169 aa  85.1  4e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07320  16S rRNA processing protein RimM  33.91 
 
 
170 aa  85.1  5e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238844  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  29.65 
 
 
171 aa  83.6  0.000000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1150  16S rRNA-processing protein RimM  29.63 
 
 
225 aa  83.6  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0659  16S rRNA processing protein RimM  33.14 
 
 
170 aa  83.6  0.000000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110024  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  33.52 
 
 
180 aa  82.8  0.000000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  33.92 
 
 
173 aa  83.2  0.000000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  34.07 
 
 
180 aa  83.2  0.000000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  31.89 
 
 
199 aa  83.2  0.000000000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  32.95 
 
 
176 aa  82.8  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  33.14 
 
 
174 aa  83.2  0.000000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  33.92 
 
 
173 aa  83.2  0.000000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  30.13 
 
 
173 aa  83.2  0.000000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  33.92 
 
 
173 aa  83.2  0.000000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  32.57 
 
 
197 aa  82.8  0.000000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0518  16S rRNA processing protein RimM  32.75 
 
 
188 aa  81.6  0.000000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.541026  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  31.18 
 
 
167 aa  81.3  0.000000000000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  29.27 
 
 
173 aa  80.5  0.00000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  30 
 
 
166 aa  80.5  0.00000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  30.91 
 
 
198 aa  80.1  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1284  16S rRNA processing protein RimM  31.93 
 
 
184 aa  79  0.00000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.270543  normal  0.304592 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0970  16S rRNA-processing protein RimM  30.99 
 
 
169 aa  78.6  0.00000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000015249  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  34.78 
 
 
178 aa  78.2  0.00000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  29.24 
 
 
174 aa  78.2  0.00000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  31.58 
 
 
172 aa  77.8  0.00000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0566  16S rRNA processing protein RimM  29.71 
 
 
167 aa  77  0.0000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00173533  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  31.55 
 
 
182 aa  77  0.0000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  30.23 
 
 
182 aa  77.4  0.0000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1293  16S rRNA processing protein RimM  31.93 
 
 
169 aa  77  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000894981  normal  0.803159 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1199  16S rRNA processing protein RimM  31.58 
 
 
173 aa  77  0.0000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000995465  normal  0.109334 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  32.37 
 
 
176 aa  77.4  0.0000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 
181 aa  76.6  0.0000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  28.82 
 
 
167 aa  76.3  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  33.94 
 
 
175 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  32.57 
 
 
188 aa  76.6  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  28.82 
 
 
167 aa  76.3  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  30.23 
 
 
201 aa  75.1  0.0000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  28.74 
 
 
173 aa  75.5  0.0000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  29.89 
 
 
179 aa  75.1  0.0000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10990  16S rRNA processing protein RimM  30.29 
 
 
185 aa  74.3  0.0000000000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000722638  unclonable  0.00000000154535 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  33.94 
 
 
175 aa  74.7  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  27.22 
 
 
167 aa  74.3  0.0000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 
189 aa  74.3  0.0000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  31.21 
 
 
169 aa  73.9  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  28.4 
 
 
166 aa  73.9  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  31.18 
 
 
172 aa  73.9  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2333  16S rRNA processing protein RimM  29.17 
 
 
164 aa  73.2  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000377156  normal  0.0588442 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  28.05 
 
 
176 aa  73.2  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_505  16S rRNA processing protein RimM  31.79 
 
 
166 aa  72.8  0.000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000191939  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 
189 aa  73.2  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  30.99 
 
 
179 aa  72.8  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  32.42 
 
 
179 aa  72.8  0.000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>