More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene P9303_26021 on replicon NC_008820
Organism: Prochlorococcus marinus str. MIT 9303



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
181 aa  355  9.999999999999999e-98  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  64.53 
 
 
180 aa  233  1.0000000000000001e-60  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  59.66 
 
 
176 aa  229  1e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0130  16S rRNA-processing protein RimM  68.64 
 
 
177 aa  227  6e-59  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0512614  normal  0.0110832 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  51.14 
 
 
176 aa  198  3e-50  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  57.89 
 
 
182 aa  198  3e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  50.57 
 
 
176 aa  197  6e-50  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1091  16S rRNA-processing protein RimM  51.67 
 
 
233 aa  182  2.0000000000000003e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.166922  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4078  16S rRNA-processing protein RimM  48.11 
 
 
186 aa  173  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0164  16S rRNA processing protein RimM  49.16 
 
 
217 aa  172  2.9999999999999996e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.199907  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4117  16S rRNA-processing protein RimM  47.57 
 
 
186 aa  171  3.9999999999999995e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4970  16S rRNA processing protein RimM  50 
 
 
180 aa  163  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4627  16S rRNA-processing protein RimM  41.75 
 
 
208 aa  161  4.0000000000000004e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1386  16S rRNA-processing protein RimM  42.36 
 
 
207 aa  155  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.594776 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  44.83 
 
 
179 aa  155  4e-37  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  42.46 
 
 
179 aa  152  2e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  41.9 
 
 
179 aa  149  2e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  42.46 
 
 
179 aa  148  4e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38467  predicted protein  36.5 
 
 
235 aa  97.8  7e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.375973 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  30.81 
 
 
169 aa  97.1  1e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  40 
 
 
171 aa  96.3  2e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  35.63 
 
 
210 aa  95.9  3e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  38.82 
 
 
170 aa  95.9  3e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  32.18 
 
 
172 aa  92.8  3e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  34.88 
 
 
176 aa  91.7  5e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  38.83 
 
 
199 aa  90.9  9e-18  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  30.41 
 
 
171 aa  90.1  1e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  30.41 
 
 
171 aa  90.1  1e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  30.41 
 
 
171 aa  90.1  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  30.41 
 
 
171 aa  90.9  1e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  30.41 
 
 
171 aa  90.1  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  36.63 
 
 
172 aa  89  3e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  30.81 
 
 
172 aa  89  3e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  30.41 
 
 
171 aa  89.4  3e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  37.57 
 
 
173 aa  87  1e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  37.5 
 
 
174 aa  86.7  1e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  37.57 
 
 
173 aa  87  1e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  31.58 
 
 
169 aa  87.4  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  37.57 
 
 
173 aa  87  1e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  40.34 
 
 
200 aa  87.4  1e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  38.61 
 
 
189 aa  86.7  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  35.88 
 
 
170 aa  85.9  3e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  34.32 
 
 
178 aa  85.9  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  29.82 
 
 
171 aa  85.9  3e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07320  16S rRNA processing protein RimM  30.46 
 
 
170 aa  85.5  4e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238844  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  36.81 
 
 
199 aa  85.5  4e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  35.44 
 
 
189 aa  84.3  9e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  28.16 
 
 
176 aa  84.3  9e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  35.44 
 
 
189 aa  84.3  9e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  28.07 
 
 
171 aa  84.3  9e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  32.35 
 
 
181 aa  84.3  9e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  34.86 
 
 
173 aa  82.8  0.000000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  29.41 
 
 
168 aa  83.2  0.000000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  28.07 
 
 
171 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  28.4 
 
 
166 aa  83.6  0.000000000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  27.22 
 
 
173 aa  82.8  0.000000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  36.09 
 
 
171 aa  82.4  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  33.13 
 
 
174 aa  82.4  0.000000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  37.14 
 
 
221 aa  82.4  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  34.32 
 
 
175 aa  82.4  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1415  16S rRNA processing protein RimM  30.17 
 
 
181 aa  82  0.000000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000206982  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  34.52 
 
 
200 aa  80.5  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  34.32 
 
 
175 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  36.99 
 
 
173 aa  79.7  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  31.18 
 
 
197 aa  80.1  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  30.51 
 
 
176 aa  79  0.00000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  27.49 
 
 
171 aa  79  0.00000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  25.73 
 
 
174 aa  78.6  0.00000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  32.37 
 
 
212 aa  78.6  0.00000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0659  16S rRNA processing protein RimM  32.18 
 
 
170 aa  78.6  0.00000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110024  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  27.49 
 
 
167 aa  78.2  0.00000000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  37.79 
 
 
172 aa  78.2  0.00000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  34.88 
 
 
176 aa  78.2  0.00000000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  39.02 
 
 
189 aa  77.8  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  36.31 
 
 
188 aa  77.8  0.00000000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  28.4 
 
 
167 aa  77.4  0.0000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  38.22 
 
 
189 aa  77.4  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  32.76 
 
 
179 aa  77.4  0.0000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  35.84 
 
 
172 aa  77  0.0000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  30.9 
 
 
178 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  36.81 
 
 
180 aa  76.3  0.0000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  31.32 
 
 
169 aa  76.3  0.0000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  30.9 
 
 
178 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  29.76 
 
 
167 aa  75.5  0.0000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  29.76 
 
 
167 aa  75.5  0.0000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  26.74 
 
 
169 aa  75.1  0.0000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  31.76 
 
 
177 aa  73.6  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  37.5 
 
 
181 aa  73.9  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2869  16S rRNA processing protein RimM  29.55 
 
 
173 aa  73.2  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257467  hitchhiker  0.000000637329 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  32.94 
 
 
182 aa  72.8  0.000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1054  RimM protein for 16S rRNA processing  33.01 
 
 
204 aa  73.2  0.000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1355  16S rRNA-processing protein RimM  29.65 
 
 
172 aa  72.8  0.000000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000868178  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  28.9 
 
 
183 aa  72.8  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  34.67 
 
 
157 aa  72.4  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1397  16S rRNA processing protein RimM  30.72 
 
 
168 aa  72.8  0.000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000193621  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2874  16S rRNA processing protein RimM  27.32 
 
 
209 aa  72.4  0.000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  28.9 
 
 
183 aa  72.8  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  28.9 
 
 
183 aa  72.8  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0970  16S rRNA-processing protein RimM  25.15 
 
 
169 aa  72.4  0.000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000015249  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  28.9 
 
 
183 aa  72.8  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>