More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PMN2A_1181 on replicon NC_007335
Organism: Prochlorococcus marinus str. NATL2A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
176 aa  343  5e-94  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  98.86 
 
 
176 aa  340  4e-93  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  55.68 
 
 
176 aa  204  4e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  51.14 
 
 
181 aa  198  3e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  51.16 
 
 
180 aa  195  3e-49  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0130  16S rRNA-processing protein RimM  51.52 
 
 
177 aa  182  3e-45  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0512614  normal  0.0110832 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4117  16S rRNA-processing protein RimM  45.95 
 
 
186 aa  172  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4078  16S rRNA-processing protein RimM  45.41 
 
 
186 aa  169  2e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  44.77 
 
 
182 aa  167  1e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  46.37 
 
 
179 aa  161  5.0000000000000005e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4970  16S rRNA processing protein RimM  44.57 
 
 
180 aa  160  9e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1091  16S rRNA-processing protein RimM  46.11 
 
 
233 aa  158  3e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.166922  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  44.69 
 
 
179 aa  157  6e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  46.37 
 
 
179 aa  155  2e-37  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  43.58 
 
 
179 aa  154  5.0000000000000005e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0164  16S rRNA processing protein RimM  43.26 
 
 
217 aa  152  2.9999999999999998e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.199907  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1386  16S rRNA-processing protein RimM  39.9 
 
 
207 aa  150  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.594776 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4627  16S rRNA-processing protein RimM  39.81 
 
 
208 aa  147  7e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  34.71 
 
 
197 aa  96.3  2e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  35.09 
 
 
171 aa  91.7  5e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  32.18 
 
 
170 aa  86.3  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  30.46 
 
 
172 aa  86.7  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
170 aa  85.5  3e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
181 aa  85.9  3e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  31.21 
 
 
171 aa  85.5  4e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  34.1 
 
 
172 aa  85.5  4e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  29.55 
 
 
210 aa  85.1  5e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  31.76 
 
 
199 aa  84.7  5e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  29.71 
 
 
172 aa  85.1  5e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38467  predicted protein  30.15 
 
 
235 aa  84.7  7e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.375973 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  35.39 
 
 
200 aa  83.6  0.000000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  34.71 
 
 
171 aa  82  0.000000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  29.89 
 
 
171 aa  82  0.000000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  29.07 
 
 
171 aa  82  0.000000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  29.89 
 
 
171 aa  81.6  0.000000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  29.07 
 
 
171 aa  81.3  0.000000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  29.07 
 
 
171 aa  81.3  0.000000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  29.07 
 
 
171 aa  81.3  0.000000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  29.07 
 
 
171 aa  81.3  0.000000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  28.9 
 
 
171 aa  80.9  0.000000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1415  16S rRNA processing protein RimM  26.74 
 
 
181 aa  80.9  0.000000000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000206982  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  29.07 
 
 
171 aa  80.9  0.000000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1397  16S rRNA processing protein RimM  28.05 
 
 
168 aa  80.1  0.00000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000193621  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1293  16S rRNA processing protein RimM  30.72 
 
 
169 aa  79.7  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000894981  normal  0.803159 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  32 
 
 
174 aa  79  0.00000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 
177 aa  78.6  0.00000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  32.35 
 
 
168 aa  77.8  0.00000000000007  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  25.88 
 
 
177 aa  77  0.0000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  30.18 
 
 
167 aa  76.3  0.0000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  32.95 
 
 
188 aa  76.6  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  28.24 
 
 
169 aa  75.9  0.0000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  29.35 
 
 
199 aa  75.9  0.0000000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  29.59 
 
 
167 aa  75.5  0.0000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3758  16S rRNA processing protein RimM  29.94 
 
 
170 aa  74.7  0.0000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0504856  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1491  16S rRNA processing protein RimM  30.38 
 
 
173 aa  74.7  0.0000000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0241337  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  31.76 
 
 
184 aa  74.3  0.0000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  29.31 
 
 
176 aa  74.3  0.0000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  28 
 
 
187 aa  74.3  0.0000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1150  16S rRNA-processing protein RimM  28.97 
 
 
225 aa  74.3  0.0000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  30.46 
 
 
201 aa  74.3  0.0000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  29.45 
 
 
200 aa  73.6  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  25.73 
 
 
168 aa  73.9  0.000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  28 
 
 
176 aa  73.6  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  29.82 
 
 
173 aa  73.2  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  27.06 
 
 
179 aa  73.2  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  30.82 
 
 
174 aa  73.2  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04645  16S rRNA processing protein  27.12 
 
 
174 aa  72.8  0.000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  29.82 
 
 
173 aa  73.2  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  29.38 
 
 
173 aa  72.8  0.000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  29.82 
 
 
173 aa  73.2  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1659  16S rRNA-processing protein RimM  26.16 
 
 
171 aa  72.8  0.000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  30.18 
 
 
169 aa  72.8  0.000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0970  16S rRNA-processing protein RimM  31.4 
 
 
169 aa  72.8  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000015249  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  26.35 
 
 
167 aa  72.4  0.000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  29.48 
 
 
169 aa  72.4  0.000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  29.82 
 
 
176 aa  72.4  0.000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2581  16S rRNA processing protein RimM  28.09 
 
 
186 aa  72  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00383976  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  25.58 
 
 
174 aa  72  0.000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  27.01 
 
 
169 aa  72  0.000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_505  16S rRNA processing protein RimM  28.49 
 
 
166 aa  72  0.000000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000191939  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0566  16S rRNA processing protein RimM  28 
 
 
167 aa  71.6  0.000000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00173533  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  31.95 
 
 
166 aa  71.6  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  30.59 
 
 
176 aa  70.9  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0803  16S rRNA processing protein RimM  27.67 
 
 
167 aa  70.9  0.000000000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  31.28 
 
 
179 aa  70.9  0.000000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  25.88 
 
 
167 aa  70.9  0.00000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  30.99 
 
 
176 aa  70.1  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  25.88 
 
 
167 aa  70.9  0.00000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  30.12 
 
 
174 aa  69.7  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  32.93 
 
 
189 aa  70.1  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  29.24 
 
 
172 aa  69.7  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  30.64 
 
 
182 aa  69.3  0.00000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0659  16S rRNA processing protein RimM  27.91 
 
 
170 aa  68.9  0.00000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110024  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  33.92 
 
 
189 aa  68.9  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  26.14 
 
 
176 aa  69.3  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  28.49 
 
 
169 aa  68.6  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  30.68 
 
 
191 aa  68.2  0.00000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1523  16S rRNA processing protein RimM  28.05 
 
 
167 aa  68.2  0.00000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000298148  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  27.91 
 
 
182 aa  68.2  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1054  RimM protein for 16S rRNA processing  29.32 
 
 
204 aa  68.2  0.00000000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>