263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_1150 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_1150  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
225 aa  422  1e-117  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  54.34 
 
 
179 aa  204  1e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  43.64 
 
 
187 aa  155  4e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  44.6 
 
 
170 aa  153  2e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  43.93 
 
 
172 aa  152  2.9999999999999998e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  45.79 
 
 
171 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  44.86 
 
 
180 aa  150  2e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  43.93 
 
 
180 aa  149  3e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  43.87 
 
 
173 aa  149  4e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  45.54 
 
 
170 aa  146  3e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  44.39 
 
 
172 aa  144  1e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  45.33 
 
 
171 aa  143  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  45.37 
 
 
174 aa  141  8e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  41.23 
 
 
167 aa  136  3.0000000000000003e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  40.65 
 
 
173 aa  133  3e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  40.65 
 
 
173 aa  133  3e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  40.65 
 
 
173 aa  133  3e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  38.97 
 
 
169 aa  126  3e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  37.5 
 
 
176 aa  124  1e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  38.5 
 
 
172 aa  123  2e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12921  16S rRNA-processing protein RimM  42.06 
 
 
176 aa  123  3e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.368366 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  34.91 
 
 
181 aa  120  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  37.85 
 
 
173 aa  119  4.9999999999999996e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  43.3 
 
 
177 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2085  16S rRNA processing protein RimM  40.57 
 
 
172 aa  117  1.9999999999999998e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  38.39 
 
 
184 aa  113  2.0000000000000002e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  36.97 
 
 
181 aa  109  4.0000000000000004e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  36.62 
 
 
197 aa  109  4.0000000000000004e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  37.62 
 
 
174 aa  105  6e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  39.53 
 
 
188 aa  103  3e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  38.43 
 
 
200 aa  102  7e-21  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  36.97 
 
 
182 aa  99.8  3e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  34.43 
 
 
182 aa  98.2  9e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0987  16S rRNA processing protein RimM  33.49 
 
 
184 aa  93.2  3e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000000842356  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23730  16S rRNA processing protein RimM  38.32 
 
 
214 aa  92.4  5e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.659902  normal  0.204427 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  32.08 
 
 
194 aa  92.4  6e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  29.91 
 
 
176 aa  87.4  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  29.72 
 
 
176 aa  81.6  0.000000000000009  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  29.44 
 
 
176 aa  80.9  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  23.29 
 
 
179 aa  79.7  0.00000000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
180 aa  78.6  0.00000000000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1054  RimM protein for 16S rRNA processing  31.91 
 
 
204 aa  78.2  0.00000000000009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  37.1 
 
 
176 aa  77  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  37.9 
 
 
176 aa  76.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  24.76 
 
 
172 aa  75.9  0.0000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  25.81 
 
 
191 aa  75.9  0.0000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  33.02 
 
 
182 aa  75.5  0.0000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  22.48 
 
 
179 aa  75.5  0.0000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  27.73 
 
 
199 aa  75.1  0.0000000000009  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  27.93 
 
 
179 aa  74.7  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  35.48 
 
 
198 aa  73.2  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  26.29 
 
 
168 aa  73.2  0.000000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0518  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 
188 aa  73.2  0.000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.541026  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  31.78 
 
 
210 aa  72.8  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  21.3 
 
 
179 aa  72.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  35.06 
 
 
189 aa  72  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1390  16S rRNA processing protein RimM  44.64 
 
 
163 aa  71.6  0.000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0279558  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1284  16S rRNA processing protein RimM  33.09 
 
 
184 aa  71.6  0.00000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.270543  normal  0.304592 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  24.29 
 
 
171 aa  71.2  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  34.78 
 
 
189 aa  70.9  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  29.03 
 
 
169 aa  71.2  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  24.54 
 
 
171 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  30.56 
 
 
181 aa  71.2  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  25.71 
 
 
172 aa  70.9  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  22.83 
 
 
179 aa  70.5  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  41.41 
 
 
169 aa  70.1  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  40.68 
 
 
224 aa  69.7  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  40.62 
 
 
169 aa  70.1  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  23.81 
 
 
171 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  28.7 
 
 
176 aa  69.7  0.00000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  23.81 
 
 
171 aa  69.3  0.00000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  23.81 
 
 
171 aa  69.3  0.00000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  23.81 
 
 
171 aa  69.3  0.00000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  23.81 
 
 
171 aa  69.3  0.00000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  41.23 
 
 
166 aa  68.9  0.00000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  40.8 
 
 
167 aa  68.6  0.00000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  39.23 
 
 
169 aa  68.6  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  23.81 
 
 
171 aa  68.2  0.00000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07320  16S rRNA processing protein RimM  32.26 
 
 
170 aa  68.6  0.00000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238844  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2976  16S rRNA-processing protein RimM  40.16 
 
 
248 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.470421  normal  0.0518366 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  28.7 
 
 
182 aa  67.8  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1007  16S rRNA-processing protein RimM  41.8 
 
 
244 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  27.78 
 
 
177 aa  67.4  0.0000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  23.61 
 
 
171 aa  67  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  30.29 
 
 
199 aa  67.4  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  23.33 
 
 
171 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  34.43 
 
 
189 aa  66.6  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  30.88 
 
 
223 aa  65.9  0.0000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  34.68 
 
 
176 aa  65.9  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  31.34 
 
 
223 aa  65.9  0.0000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  22.07 
 
 
167 aa  65.5  0.0000000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  24.77 
 
 
182 aa  65.5  0.0000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1289  16S rRNA processing protein RimM  36.07 
 
 
182 aa  65.1  0.0000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.611954  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  34.15 
 
 
189 aa  64.3  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2539  16S rRNA-processing protein RimM  38.46 
 
 
221 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  38.35 
 
 
204 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  25.59 
 
 
169 aa  64.3  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  34.15 
 
 
189 aa  64.3  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  35.17 
 
 
221 aa  64.3  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0566  16S rRNA processing protein RimM  23.36 
 
 
167 aa  63.9  0.000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00173533  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>