241 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xcel_1169 on replicon NC_013530
Organism: Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 		 181 aa  347  4e-95  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23730  16S rRNA processing protein RimM  72.25 
 
 		 214 aa  228  5e-59  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.659902  normal  0.204427 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  67.03 
 
 		 188 aa  221  4e-57  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0987  16S rRNA processing protein RimM  56.11 
 
 		 184 aa  197  6e-50  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000000842356  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  59.26 
 
 		 182 aa  169  1e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  53.29 
 
 		 170 aa  157  6e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  49.71 
 
 		 187 aa  157  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  52.69 
 
 		 170 aa  153  1e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  53.01 
 
 		 172 aa  150  7e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  48.84 
 
 		 172 aa  148  5e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  50 
 
 		 171 aa  145  3e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  52.33 
 
 		 174 aa  144  8.000000000000001e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  48.82 
 
 		 173 aa  143  1e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  50.6 
 
 		 174 aa  142  2e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  48.82 
 
 		 171 aa  142  4e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  47.31 
 
 		 169 aa  142  4e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  46.15 
 
 		 194 aa  139  1.9999999999999998e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  45.83 
 
 		 167 aa  136  1e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  44.44 
 
 		 181 aa  133  9.999999999999999e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  47.5 
 
 		 182 aa  131  3.9999999999999996e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  47.19 
 
 		 180 aa  131  6e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  48.04 
 
 		 180 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  44.31 
 
 		 176 aa  128  5.0000000000000004e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  47.06 
 
 		 173 aa  123  1e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  47.06 
 
 		 173 aa  123  1e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  47.06 
 
 		 173 aa  123  1e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2085  16S rRNA processing protein RimM  45.29 
 
 		 172 aa  120  8e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  44.13 
 
 		 179 aa  118  3.9999999999999996e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  46.47 
 
 		 184 aa  117  6e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  42.77 
 
 		 197 aa  115  3e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  41.76 
 
 		 172 aa  115  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  42.77 
 
 		 173 aa  112  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  44.22 
 
 		 177 aa  106  2e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1150  16S rRNA-processing protein RimM  35.51 
 
 		 225 aa  106  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  38.55 
 
 		 199 aa  102  4e-21  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12921  16S rRNA-processing protein RimM  41.95 
 
 		 176 aa  100  9e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.368366 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1054  RimM protein for 16S rRNA processing  39.04 
 
 		 204 aa  99.8  2e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  40.85 
 
 		 200 aa  92  4e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  36.05 
 
 		 188 aa  86.7  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  35.52 
 
 		 191 aa  86.7  2e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  34.13 
 
 		 198 aa  85.5  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38467  predicted protein  39.38 
 
 		 235 aa  82.4  0.000000000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.375973 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  37.28 
 
 		 201 aa  81.3  0.000000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  37.27 
 
 		 173 aa  80.5  0.00000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  36.53 
 
 		 185 aa  78.2  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  32.5 
 
 		 174 aa  77  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  35.43 
 
 		 182 aa  76.6  0.0000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 		 176 aa  76.6  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  35.76 
 
 		 210 aa  75.9  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  35.62 
 
 		 176 aa  75.9  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  36.16 
 
 		 182 aa  75.1  0.0000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  34.57 
 
 		 173 aa  75.1  0.0000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  34.5 
 
 		 223 aa  75.1  0.0000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  35.09 
 
 		 223 aa  74.7  0.0000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  33.54 
 
 		 185 aa  74.3  0.0000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  32.75 
 
 		 176 aa  73.9  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  37.5 
 
 		 181 aa  73.9  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1289  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 		 182 aa  73.2  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.611954  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  33.12 
 
 		 177 aa  73.2  0.000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  35.98 
 
 		 199 aa  72.4  0.000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  28.65 
 
 		 179 aa  72.8  0.000000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  33.92 
 
 		 179 aa  72.4  0.000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  27.98 
 
 		 167 aa  71.6  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1479  16S rRNA-processing protein RimM  32.52 
 
 		 173 aa  71.6  0.000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  27.98 
 
 		 167 aa  71.6  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  27.33 
 
 		 179 aa  71.2  0.000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  34.5 
 
 		 221 aa  70.9  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  30.3 
 
 		 172 aa  69.7  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  32.75 
 
 		 224 aa  69.7  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  34.1 
 
 		 189 aa  69.3  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 		 169 aa  68.9  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  34.13 
 
 		 187 aa  68.9  0.00000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  27.88 
 
 		 166 aa  68.6  0.00000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  31.48 
 
 		 168 aa  68.6  0.00000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  34.1 
 
 		 189 aa  68.2  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  31.68 
 
 		 182 aa  67.8  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  29.09 
 
 		 171 aa  67.8  0.00000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4117  16S rRNA-processing protein RimM  33.15 
 
 		 186 aa  67.8  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  26.79 
 
 		 167 aa  67.4  0.0000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  29.09 
 
 		 171 aa  67  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  32 
 
 		 189 aa  67.4  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  29.09 
 
 		 171 aa  67  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  29.09 
 
 		 171 aa  67  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  31.52 
 
 		 171 aa  67.4  0.0000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  29.09 
 
 		 171 aa  67  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1664  16S rRNA processing protein RimM  32.73 
 
 		 178 aa  67  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0329621  hitchhiker  0.00376352 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  32 
 
 		 189 aa  67.4  0.0000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  26.32 
 
 		 179 aa  67  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  28.65 
 
 		 179 aa  67.4  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  33.71 
 
 		 176 aa  67.4  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  32.56 
 
 		 189 aa  66.2  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  34.52 
 
 		 204 aa  66.2  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  30.3 
 
 		 171 aa  66.6  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0164  16S rRNA processing protein RimM  34.83 
 
 		 217 aa  66.2  0.0000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.199907  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  34.9 
 
 		 163 aa  65.5  0.0000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  30.3 
 
 		 182 aa  65.1  0.0000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4078  16S rRNA-processing protein RimM  32.6 
 
 		 186 aa  64.7  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  31.25 
 
 		 176 aa  64.7  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  33.72 
 
 		 231 aa  64.3  0.0000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  28.48 
 
 		 171 aa  63.9  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>