208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_0987 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013174  Jden_0987  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
184 aa  364  1e-100  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000000842356  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  56.11 
 
 
181 aa  197  6e-50  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23730  16S rRNA processing protein RimM  51.96 
 
 
214 aa  168  4e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.659902  normal  0.204427 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  54.55 
 
 
188 aa  166  1e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  47.59 
 
 
181 aa  151  5.9999999999999996e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  50.9 
 
 
170 aa  147  9e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  47.88 
 
 
194 aa  144  5e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  49.1 
 
 
171 aa  137  6e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  43.53 
 
 
187 aa  134  8e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  42.77 
 
 
197 aa  131  6.999999999999999e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  46.3 
 
 
182 aa  130  7.999999999999999e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  45.88 
 
 
171 aa  129  3e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  44.91 
 
 
170 aa  125  3e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  41.32 
 
 
169 aa  121  5e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  42.86 
 
 
174 aa  120  8e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  40.48 
 
 
167 aa  119  3e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  41.67 
 
 
180 aa  119  3e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  41.28 
 
 
172 aa  117  7e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  44.05 
 
 
172 aa  117  9e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  41.11 
 
 
180 aa  116  1.9999999999999998e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  40.59 
 
 
173 aa  115  5e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  40.12 
 
 
182 aa  113  1.0000000000000001e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  43.6 
 
 
174 aa  112  4.0000000000000004e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  36.87 
 
 
199 aa  110  1.0000000000000001e-23  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  40.96 
 
 
200 aa  104  6e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  40.48 
 
 
176 aa  103  1e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  41.04 
 
 
184 aa  102  4e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  40.46 
 
 
173 aa  100  2e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  40.46 
 
 
173 aa  100  2e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  40.46 
 
 
173 aa  100  2e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1054  RimM protein for 16S rRNA processing  36.36 
 
 
204 aa  98.2  7e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  37.64 
 
 
179 aa  96.7  2e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  38.29 
 
 
173 aa  94  1e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  34.71 
 
 
172 aa  92.4  3e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  36.99 
 
 
177 aa  89.7  2e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1150  16S rRNA-processing protein RimM  31.13 
 
 
225 aa  87.8  9e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2085  16S rRNA processing protein RimM  38.15 
 
 
172 aa  87.4  1e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  34.12 
 
 
198 aa  84  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12921  16S rRNA-processing protein RimM  36.57 
 
 
176 aa  82.4  0.000000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.368366 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  35.1 
 
 
177 aa  80.9  0.00000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
188 aa  79  0.00000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  34.5 
 
 
189 aa  75.9  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1479  16S rRNA-processing protein RimM  32.12 
 
 
173 aa  75.9  0.0000000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  34.5 
 
 
189 aa  74.7  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  29.34 
 
 
172 aa  73.9  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  28.98 
 
 
182 aa  72  0.000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38467  predicted protein  32.99 
 
 
235 aa  72  0.000000000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.375973 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  34.15 
 
 
173 aa  71.6  0.000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  28.07 
 
 
179 aa  71.6  0.000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  32.74 
 
 
176 aa  71.2  0.000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  31.74 
 
 
191 aa  71.2  0.000000000007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  30.36 
 
 
182 aa  71.2  0.000000000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  28.22 
 
 
168 aa  70.5  0.00000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  26.59 
 
 
179 aa  70.1  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1664  16S rRNA processing protein RimM  34.5 
 
 
178 aa  69.7  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0329621  hitchhiker  0.00376352 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  28.9 
 
 
179 aa  69.7  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  35.71 
 
 
210 aa  70.1  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  29.59 
 
 
167 aa  69.3  0.00000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  31.87 
 
 
199 aa  69.3  0.00000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  29.59 
 
 
167 aa  69.3  0.00000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3758  16S rRNA processing protein RimM  32.92 
 
 
170 aa  68.6  0.00000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0504856  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  33.94 
 
 
169 aa  68.6  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  34.55 
 
 
169 aa  68.2  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  32.16 
 
 
173 aa  67.8  0.00000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  28.32 
 
 
179 aa  67  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  32.54 
 
 
176 aa  66.2  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0970  16S rRNA-processing protein RimM  29.7 
 
 
169 aa  67  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000015249  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  30.77 
 
 
173 aa  65.5  0.0000000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  27.88 
 
 
169 aa  65.5  0.0000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  26.95 
 
 
171 aa  65.1  0.0000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  28.82 
 
 
171 aa  65.1  0.0000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  26.95 
 
 
171 aa  64.7  0.0000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  26.95 
 
 
171 aa  64.7  0.0000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  26.95 
 
 
171 aa  64.7  0.0000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  26.95 
 
 
171 aa  64.7  0.0000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  26.95 
 
 
171 aa  64.7  0.0000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  28.4 
 
 
167 aa  63.9  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  31.4 
 
 
223 aa  64.3  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  31.4 
 
 
223 aa  63.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  31.95 
 
 
176 aa  64.3  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  33.94 
 
 
169 aa  63.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0566  16S rRNA processing protein RimM  29.01 
 
 
167 aa  63.5  0.000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00173533  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  26.95 
 
 
171 aa  63.2  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  30.41 
 
 
182 aa  63.2  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  28.24 
 
 
172 aa  63.5  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  31.4 
 
 
224 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  30.06 
 
 
185 aa  62.8  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1289  16S rRNA processing protein RimM  30.46 
 
 
182 aa  63.5  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.611954  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  32.34 
 
 
176 aa  63.2  0.000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  26.95 
 
 
171 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1801  16S rRNA processing protein RimM  31.52 
 
 
168 aa  62.4  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165752  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  34.81 
 
 
201 aa  62.4  0.000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  35.37 
 
 
182 aa  62  0.000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  32.1 
 
 
185 aa  62  0.000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 
176 aa  62  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  32.52 
 
 
167 aa  61.6  0.000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  32.93 
 
 
206 aa  61.6  0.000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  32.75 
 
 
176 aa  60.8  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  31.25 
 
 
176 aa  60.5  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1384  16S rRNA-processing protein RimM  29.59 
 
 
172 aa  60.5  0.00000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00157124  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>