188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_23730 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_23730  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 		 214 aa  409  1e-113  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.659902  normal  0.204427 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  70.39 
 
 		 181 aa  244  6e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  63.93 
 
 		 188 aa  206  2e-52  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0987  16S rRNA processing protein RimM  50.54 
 
 		 184 aa  186  3e-46  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000000842356  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  55.83 
 
 		 182 aa  159  3e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  49.73 
 
 		 194 aa  157  1e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  53.29 
 
 		 170 aa  152  2.9999999999999998e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  47.09 
 
 		 187 aa  152  4e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  54.49 
 
 		 170 aa  150  2e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  50.29 
 
 		 171 aa  142  4e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  51.81 
 
 		 172 aa  142  5e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  48.26 
 
 		 172 aa  140  1.9999999999999998e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  50.58 
 
 		 174 aa  136  2e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  52.41 
 
 		 174 aa  136  2e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  46.89 
 
 		 180 aa  134  9.999999999999999e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  45.29 
 
 		 173 aa  133  1.9999999999999998e-30  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  45.18 
 
 		 181 aa  132  6e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  46.51 
 
 		 171 aa  130  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  46.43 
 
 		 167 aa  127  1.0000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  47.65 
 
 		 184 aa  125  4.0000000000000003e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  42.51 
 
 		 169 aa  124  1e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  41.81 
 
 		 180 aa  121  6e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  42.5 
 
 		 182 aa  115  5e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  37.62 
 
 		 197 aa  114  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2085  16S rRNA processing protein RimM  44.12 
 
 		 172 aa  113  2.0000000000000002e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  46.26 
 
 		 177 aa  112  5e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  42.13 
 
 		 179 aa  112  6e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  41.32 
 
 		 176 aa  107  1e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  38.82 
 
 		 172 aa  105  6e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  38.82 
 
 		 173 aa  102  4e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  38.82 
 
 		 173 aa  102  4e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  38.82 
 
 		 173 aa  102  4e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1150  16S rRNA-processing protein RimM  36.45 
 
 		 225 aa  102  5e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  37.64 
 
 		 199 aa  99.8  3e-20  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  36.99 
 
 		 173 aa  98.6  6e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1054  RimM protein for 16S rRNA processing  36.36 
 
 		 204 aa  94  1e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  40.98 
 
 		 200 aa  94  2e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12921  16S rRNA-processing protein RimM  39.56 
 
 		 176 aa  92.4  4e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.368366 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  34.76 
 
 		 198 aa  89.7  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  34.5 
 
 		 210 aa  82.4  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  33.93 
 
 		 176 aa  79.3  0.00000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  33.96 
 
 		 191 aa  75.5  0.0000000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  35.98 
 
 		 173 aa  73.9  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  33.72 
 
 		 188 aa  73.9  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  32.56 
 
 		 223 aa  73.2  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  32.56 
 
 		 223 aa  72.4  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  32.56 
 
 		 224 aa  72  0.000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  35.8 
 
 		 201 aa  71.2  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  34.04 
 
 		 185 aa  69.7  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  36.24 
 
 		 163 aa  68.9  0.00000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  33.71 
 
 		 189 aa  68.9  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  32.92 
 
 		 176 aa  67.8  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  30.72 
 
 		 212 aa  67.8  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  33.12 
 
 		 177 aa  67  0.0000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  31.14 
 
 		 172 aa  67.4  0.0000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  32.3 
 
 		 176 aa  67  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  33.54 
 
 		 173 aa  67  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  34.52 
 
 		 181 aa  67  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38467  predicted protein  33.85 
 
 		 235 aa  66.6  0.0000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.375973 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 		 231 aa  66.6  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  34.59 
 
 		 189 aa  66.2  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  25.73 
 
 		 179 aa  65.9  0.0000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  31.43 
 
 		 179 aa  65.5  0.0000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  31.79 
 
 		 189 aa  65.1  0.0000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  31.79 
 
 		 189 aa  65.1  0.0000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  33.13 
 
 		 176 aa  65.1  0.0000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  24.71 
 
 		 179 aa  65.1  0.0000000008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 		 182 aa  64.3  0.000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  25 
 
 		 166 aa  64.3  0.000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  26.63 
 
 		 167 aa  64.3  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  26.63 
 
 		 167 aa  64.3  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 		 176 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  25.58 
 
 		 179 aa  63.9  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  31.06 
 
 		 182 aa  63.2  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 		 189 aa  62.4  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  29.94 
 
 		 172 aa  61.6  0.000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  33.13 
 
 		 182 aa  61.2  0.00000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  32.12 
 
 		 204 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  24.28 
 
 		 179 aa  60.5  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  31.52 
 
 		 185 aa  60.1  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  30.13 
 
 		 174 aa  60.8  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  30.63 
 
 		 199 aa  60.5  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  32.53 
 
 		 206 aa  60.1  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  27.54 
 
 		 171 aa  59.7  0.00000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0164  16S rRNA processing protein RimM  32.02 
 
 		 217 aa  59.7  0.00000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.199907  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  32.53 
 
 		 221 aa  59.3  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1406  16S rRNA processing protein RimM  34.69 
 
 		 166 aa  59.3  0.00000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.502149  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  27.54 
 
 		 171 aa  59.3  0.00000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  27.54 
 
 		 171 aa  59.3  0.00000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  27.54 
 
 		 171 aa  59.3  0.00000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  27.54 
 
 		 171 aa  59.3  0.00000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  33.96 
 
 		 157 aa  59.3  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  31.29 
 
 		 168 aa  59.3  0.00000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4970  16S rRNA processing protein RimM  32.37 
 
 		 180 aa  58.5  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1801  16S rRNA processing protein RimM  30.18 
 
 		 168 aa  58.2  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165752  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1091  16S rRNA-processing protein RimM  32.77 
 
 		 233 aa  58.2  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.166922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  32.18 
 
 		 169 aa  57.8  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  28.75 
 
 		 176 aa  58.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4117  16S rRNA-processing protein RimM  32.04 
 
 		 186 aa  58.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  26.54 
 
 		 176 aa  58.2  0.0000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>