More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2658 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 		 157 aa  310  3.9999999999999997e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  60.74 
 
 		 163 aa  192  2e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1406  16S rRNA processing protein RimM  50.92 
 
 		 166 aa  146  8e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.502149  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  43.83 
 
 		 221 aa  109  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  46.15 
 
 		 198 aa  108  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  43.48 
 
 		 189 aa  107  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  43.48 
 
 		 189 aa  105  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  42.68 
 
 		 185 aa  104  4e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  43.36 
 
 		 176 aa  103  8e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  40.99 
 
 		 189 aa  100  8e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  43.36 
 
 		 173 aa  100  1e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  41.88 
 
 		 201 aa  97.8  5e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  42.66 
 
 		 212 aa  97.8  5e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  39.74 
 
 		 189 aa  95.1  3e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  39.74 
 
 		 189 aa  95.1  3e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  39.6 
 
 		 182 aa  95.1  3e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  40.67 
 
 		 176 aa  95.1  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  41.26 
 
 		 173 aa  94.4  5e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  39.02 
 
 		 187 aa  94  8e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  40.25 
 
 		 167 aa  91.7  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  42.17 
 
 		 185 aa  91.3  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  39.58 
 
 		 176 aa  89  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  37.8 
 
 		 169 aa  87.4  7e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  39.13 
 
 		 166 aa  87.4  8e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  37.2 
 
 		 169 aa  87  8e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  38.12 
 
 		 206 aa  85.9  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  37.95 
 
 		 188 aa  85.1  3e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  36.97 
 
 		 169 aa  84.3  6e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0088  16S rRNA-processing protein RimM  38.24 
 
 		 170 aa  83.6  9e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  37.8 
 
 		 199 aa  83.6  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0074  16S rRNA-processing protein RimM  37.65 
 
 		 170 aa  82  0.000000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  35.8 
 
 		 171 aa  81.6  0.000000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  31.25 
 
 		 191 aa  79.7  0.00000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  37.84 
 
 		 200 aa  80.1  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  36.9 
 
 		 170 aa  79.3  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2782  16S rRNA processing protein RimM  37.88 
 
 		 172 aa  78.6  0.00000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  36.2 
 
 		 172 aa  78.2  0.00000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  39.77 
 
 		 204 aa  77.4  0.00000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  29.41 
 
 		 169 aa  75.9  0.0000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  32 
 
 		 172 aa  74.7  0.0000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02148  16S rRNA-processing protein RimM  32.54 
 
 		 180 aa  74.3  0.0000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.899687  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  34.23 
 
 		 173 aa  73.2  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  34.23 
 
 		 173 aa  73.2  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  34.23 
 
 		 173 aa  73.2  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  40 
 
 		 231 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  29.94 
 
 		 168 aa  72.8  0.000000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  34.67 
 
 		 181 aa  72.4  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  33.99 
 
 		 180 aa  71.2  0.000000000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  42.19 
 
 		 176 aa  71.2  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2999  16S rRNA processing protein RimM  30.46 
 
 		 176 aa  70.5  0.000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000783686  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3041  16S rRNA processing protein RimM  30.46 
 
 		 176 aa  70.5  0.000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000787897  normal  0.907916 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  37.72 
 
 		 182 aa  69.3  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  30.77 
 
 		 173 aa  68.9  0.00000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  36.65 
 
 		 170 aa  69.7  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0428  16S rRNA processing protein RimM  34.15 
 
 		 169 aa  66.2  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.709959  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0002  16S rRNA-processing protein RimM  30.07 
 
 		 175 aa  65.9  0.0000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  30.67 
 
 		 173 aa  66.2  0.0000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3353  16S rRNA-processing protein RimM  40.13 
 
 		 173 aa  65.1  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.170561 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  32.33 
 
 		 189 aa  65.5  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  31.52 
 
 		 176 aa  65.1  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  31.45 
 
 		 178 aa  64.7  0.0000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  31.45 
 
 		 178 aa  64.7  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2005  16S rRNA processing protein RimM  32.74 
 
 		 178 aa  64.7  0.0000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000559239  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2854  16S rRNA processing protein RimM  32.37 
 
 		 171 aa  64.7  0.0000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.77473  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0847  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 		 167 aa  64.7  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  30.2 
 
 		 169 aa  64.3  0.0000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  36.88 
 
 		 181 aa  63.9  0.0000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  30.91 
 
 		 174 aa  63.9  0.0000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2976  16S rRNA-processing protein RimM  32.17 
 
 		 248 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.470421  normal  0.0518366 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  32.33 
 
 		 175 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  25.16 
 
 		 176 aa  63.2  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  25.16 
 
 		 176 aa  63.2  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1020  16S rRNA-processing protein RimM  30.19 
 
 		 178 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104306  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0130  16S rRNA-processing protein RimM  34.18 
 
 		 177 aa  63.2  0.000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0512614  normal  0.0110832 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3015  16S rRNA-processing protein RimM  29.48 
 
 		 184 aa  63.5  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00120588  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  33.83 
 
 		 178 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  25.73 
 
 		 176 aa  62.8  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  32.24 
 
 		 194 aa  62.8  0.000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2475  16S rRNA processing protein RimM  31.88 
 
 		 160 aa  62.8  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  27.1 
 
 		 169 aa  62.8  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0124  putative 16S rRNA processing protein RimM  32.86 
 
 		 163 aa  62.8  0.000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.87226  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  35.37 
 
 		 172 aa  62.8  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  34.46 
 
 		 210 aa  62  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1007  16S rRNA-processing protein RimM  32.17 
 
 		 244 aa  62  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4156  16S rRNA-processing protein RimM  33.58 
 
 		 178 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12723  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  36.88 
 
 		 176 aa  62  0.000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  28 
 
 		 171 aa  61.2  0.000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3065  16S rRNA processing protein RimM  29.11 
 
 		 170 aa  61.2  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000508882  hitchhiker  0.000000546045 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2259  16S rRNA processing protein RimM  29.94 
 
 		 175 aa  61.2  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00362767  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0659  16S rRNA processing protein RimM  29.41 
 
 		 170 aa  61.2  0.000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110024  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  29.76 
 
 		 176 aa  61.2  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  32.84 
 
 		 178 aa  61.2  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  34.38 
 
 		 171 aa  60.8  0.000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0570  16S rRNA-processing protein RimM  28.76 
 
 		 168 aa  60.8  0.000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.115494  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1289  16S rRNA processing protein RimM  28.86 
 
 		 182 aa  60.8  0.000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.611954  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  32.33 
 
 		 175 aa  60.8  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  29.11 
 
 		 173 aa  60.8  0.000000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  29.63 
 
 		 172 aa  60.5  0.000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  32.34 
 
 		 179 aa  60.5  0.000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  26.25 
 
 		 168 aa  60.5  0.000000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>