More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3098 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 		 206 aa  412  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  81.5 
 
 		 189 aa  288  5.0000000000000004e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  77.25 
 
 		 189 aa  285  4e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  75.81 
 
 		 221 aa  280  1e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  61.24 
 
 		 189 aa  223  2e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  61.24 
 
 		 189 aa  223  2e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  62.01 
 
 		 189 aa  220  9.999999999999999e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  54.6 
 
 		 212 aa  179  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  47.7 
 
 		 191 aa  159  2e-38  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  46.2 
 
 		 198 aa  143  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  46.2 
 
 		 176 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  47.8 
 
 		 173 aa  138  6e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  48.24 
 
 		 201 aa  136  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  47.2 
 
 		 199 aa  134  8e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  44.3 
 
 		 182 aa  134  9e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  43.67 
 
 		 176 aa  131  9e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  45.34 
 
 		 176 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  43.9 
 
 		 173 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  44.3 
 
 		 176 aa  129  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  44.17 
 
 		 223 aa  127  8.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  44.17 
 
 		 223 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  43.56 
 
 		 224 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  40.35 
 
 		 188 aa  126  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  41.67 
 
 		 204 aa  125  6e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  45 
 
 		 167 aa  124  8.000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  42.94 
 
 		 166 aa  122  3e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  42.42 
 
 		 231 aa  121  6e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  41.21 
 
 		 185 aa  119  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  41.88 
 
 		 169 aa  117  9e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  40 
 
 		 187 aa  116  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  40.74 
 
 		 171 aa  112  5e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  41.25 
 
 		 169 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  41.25 
 
 		 169 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  36.72 
 
 		 185 aa  98.6  5e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  36.02 
 
 		 200 aa  95.9  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  39.38 
 
 		 157 aa  95.1  7e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  34.57 
 
 		 168 aa  93.6  2e-18  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  34.76 
 
 		 178 aa  92.8  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  35.15 
 
 		 178 aa  91.7  7e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1406  16S rRNA processing protein RimM  37.5 
 
 		 166 aa  90.1  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.502149  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3353  16S rRNA-processing protein RimM  40.91 
 
 		 173 aa  90.1  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.170561 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1020  16S rRNA-processing protein RimM  35.15 
 
 		 178 aa  89  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104306  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3277  16S rRNA processing protein RimM  34.55 
 
 		 188 aa  89  5e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.399714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  35.39 
 
 		 194 aa  88.6  6e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  32.12 
 
 		 179 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  32.12 
 
 		 179 aa  87.4  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  36.18 
 
 		 163 aa  86.7  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  32.93 
 
 		 178 aa  85.9  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4156  16S rRNA-processing protein RimM  32.32 
 
 		 178 aa  85.5  4e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12723  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1125  16S rRNA-processing protein RimM  30.36 
 
 		 182 aa  85.9  4e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  31.95 
 
 		 189 aa  85.5  5e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  32.93 
 
 		 178 aa  85.5  5e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  31.21 
 
 		 176 aa  84.7  8e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  33.91 
 
 		 175 aa  84.7  9e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  33.91 
 
 		 175 aa  84.7  9e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  31.21 
 
 		 176 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  36.11 
 
 		 180 aa  84  0.000000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 		 175 aa  83.2  0.000000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  36.31 
 
 		 170 aa  83.6  0.000000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  27.38 
 
 		 182 aa  83.2  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3202  16S rRNA-processing protein RimM  29.76 
 
 		 182 aa  83.6  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0025103  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  29.17 
 
 		 182 aa  82.4  0.000000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  35 
 
 		 167 aa  82.4  0.000000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  35.09 
 
 		 172 aa  82.4  0.000000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  32.32 
 
 		 178 aa  82.4  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  36.65 
 
 		 171 aa  81.6  0.000000000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  36.69 
 
 		 172 aa  81.6  0.000000000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  31.45 
 
 		 179 aa  81.6  0.000000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  29.17 
 
 		 182 aa  81.3  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1664  16S rRNA processing protein RimM  35.67 
 
 		 178 aa  80.9  0.00000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0329621  hitchhiker  0.00376352 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  26.79 
 
 		 182 aa  80.9  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1169  16S rRNA-processing protein RimM  30.64 
 
 		 176 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549178  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  34.13 
 
 		 182 aa  81.3  0.00000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1160  16S rRNA-processing protein RimM  30.06 
 
 		 176 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000339506  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  33.12 
 
 		 169 aa  80.9  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  35 
 
 		 180 aa  80.5  0.00000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  26.79 
 
 		 182 aa  80.9  0.00000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  32.5 
 
 		 175 aa  80.5  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0428  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 		 169 aa  80.1  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.709959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  31.95 
 
 		 170 aa  79.7  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  30.54 
 
 		 174 aa  79.3  0.00000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  30.06 
 
 		 176 aa  79.3  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0805  16S rRNA-processing protein RimM  33.13 
 
 		 184 aa  79.3  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  30.64 
 
 		 176 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0876  16S rRNA-processing protein RimM  33.13 
 
 		 184 aa  79  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  29.31 
 
 		 184 aa  78.6  0.00000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3089  16S rRNA-processing protein RimM  28.74 
 
 		 177 aa  78.2  0.00000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.157411  normal  0.0618284 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  26.19 
 
 		 182 aa  77.4  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  26.19 
 
 		 182 aa  77.4  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  26.19 
 
 		 182 aa  77.4  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  26.19 
 
 		 183 aa  77.4  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  26.19 
 
 		 182 aa  77.4  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  26.19 
 
 		 183 aa  77.4  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  32.37 
 
 		 173 aa  77.4  0.0000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0002  16S rRNA-processing protein RimM  29.17 
 
 		 175 aa  77.8  0.0000000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  26.19 
 
 		 182 aa  77.4  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  26.19 
 
 		 182 aa  77.4  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1054  RimM protein for 16S rRNA processing  36.67 
 
 		 204 aa  77.8  0.0000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  26.19 
 
 		 182 aa  77.4  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  35.39 
 
 		 179 aa  77  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>