More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_3443 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
212 aa  422  1e-117  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  55.84 
 
 
221 aa  196  3e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  53.11 
 
 
189 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  50.52 
 
 
189 aa  182  3e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  50.52 
 
 
189 aa  182  3e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  54.29 
 
 
189 aa  177  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  53.71 
 
 
189 aa  174  6e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  53.45 
 
 
206 aa  166  2.9999999999999998e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  46.27 
 
 
198 aa  160  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  46.71 
 
 
182 aa  156  2e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  48.84 
 
 
173 aa  153  2e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  48.75 
 
 
204 aa  149  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  46.95 
 
 
176 aa  148  6e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  48.15 
 
 
231 aa  144  8.000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  47.2 
 
 
224 aa  144  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  45.73 
 
 
176 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  47.77 
 
 
173 aa  143  2e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  47.2 
 
 
223 aa  143  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  45.18 
 
 
191 aa  141  6e-33  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  46.58 
 
 
223 aa  141  6e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  45.22 
 
 
176 aa  141  7e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  44.94 
 
 
176 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  43.75 
 
 
185 aa  132  5e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  45.3 
 
 
201 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  45.34 
 
 
199 aa  125  3e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  42.07 
 
 
188 aa  124  1e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  43.4 
 
 
185 aa  122  5e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  44.94 
 
 
169 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  44.94 
 
 
169 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  44.94 
 
 
169 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  40.85 
 
 
187 aa  119  1.9999999999999998e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  42.68 
 
 
166 aa  119  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  42.41 
 
 
167 aa  118  4.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  39.38 
 
 
200 aa  115  3.9999999999999997e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1406  16S rRNA processing protein RimM  46 
 
 
166 aa  111  8.000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.502149  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  41.67 
 
 
163 aa  110  1.0000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  40.85 
 
 
171 aa  107  1e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  39.61 
 
 
168 aa  106  2e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0002  16S rRNA-processing protein RimM  36.71 
 
 
175 aa  105  5e-22  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3353  16S rRNA-processing protein RimM  45.03 
 
 
173 aa  101  6e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.170561 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
173 aa  98.2  9e-20  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  42.66 
 
 
157 aa  97.8  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  33.15 
 
 
182 aa  97.4  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  37.91 
 
 
167 aa  95.9  4e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
176 aa  95.9  5e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3202  16S rRNA-processing protein RimM  32.22 
 
 
182 aa  92.4  5e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0025103  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1125  16S rRNA-processing protein RimM  32.22 
 
 
182 aa  91.7  7e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3277  16S rRNA processing protein RimM  34.55 
 
 
188 aa  91.7  8e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.399714  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  29.67 
 
 
183 aa  91.3  9e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  29.67 
 
 
183 aa  91.3  9e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  29.78 
 
 
182 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  29.78 
 
 
182 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  29.78 
 
 
182 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  29.78 
 
 
182 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  29.78 
 
 
182 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  32.58 
 
 
182 aa  90.9  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  29.78 
 
 
182 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  29.21 
 
 
182 aa  90.9  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  30.9 
 
 
183 aa  90.1  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  30.9 
 
 
183 aa  90.1  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  30.9 
 
 
183 aa  90.1  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  32.14 
 
 
169 aa  90.5  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  30.9 
 
 
183 aa  90.1  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  30.9 
 
 
183 aa  90.1  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  35.15 
 
 
189 aa  88.6  7e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  28.65 
 
 
182 aa  88.2  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  31.93 
 
 
175 aa  88.2  9e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  36.65 
 
 
171 aa  86.7  3e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  36.2 
 
 
182 aa  86.3  3e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  36.05 
 
 
171 aa  85.9  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  36.42 
 
 
180 aa  85.9  4e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  31.55 
 
 
176 aa  85.9  5e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 
167 aa  85.5  5e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  30.32 
 
 
166 aa  85.5  5e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1803  16S rRNA processing protein RimM  29.88 
 
 
178 aa  85.5  6e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000356142  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1284  16S rRNA processing protein RimM  30.22 
 
 
184 aa  85.5  6e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.270543  normal  0.304592 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01706  16S rRNA-processing protein RimM  30.49 
 
 
173 aa  85.1  7e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0345877  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  28.09 
 
 
182 aa  84.7  0.000000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  28.09 
 
 
182 aa  84.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  34.3 
 
 
178 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  36.59 
 
 
170 aa  83.6  0.000000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  37.66 
 
 
170 aa  83.2  0.000000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  30.92 
 
 
176 aa  83.2  0.000000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  30.92 
 
 
176 aa  83.2  0.000000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 
180 aa  83.2  0.000000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3089  16S rRNA-processing protein RimM  29.89 
 
 
177 aa  82.8  0.000000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.157411  normal  0.0618284 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  33.92 
 
 
172 aa  82.4  0.000000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  30.95 
 
 
176 aa  82  0.000000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  28.41 
 
 
176 aa  82  0.000000000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  35.98 
 
 
176 aa  81.6  0.000000000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2152  16S rRNA processing protein RimM  37.5 
 
 
169 aa  81.6  0.000000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.523891  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  31.58 
 
 
178 aa  81.6  0.000000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  34.42 
 
 
172 aa  81.3  0.00000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1160  16S rRNA-processing protein RimM  28.65 
 
 
176 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000339506  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0853  16S rRNA-processing protein RimM  28.09 
 
 
182 aa  80.5  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000199239  hitchhiker  0.0000659128 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0890  16S rRNA-processing protein RimM  29.76 
 
 
176 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000503781  normal  0.334216 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  31.14 
 
 
167 aa  79.7  0.00000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  31.14 
 
 
167 aa  79.7  0.00000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  30.36 
 
 
176 aa  79  0.00000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0518  16S rRNA processing protein RimM  29.61 
 
 
188 aa  79  0.00000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.541026  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>