289 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_3681 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 		 176 aa  333  7e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  77.71 
 
 		 204 aa  265  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  67.63 
 
 		 231 aa  224  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  65.9 
 
 		 223 aa  224  6e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  65.9 
 
 		 223 aa  223  1e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  66.47 
 
 		 224 aa  223  1e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  44.91 
 
 		 199 aa  135  2e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  49.4 
 
 		 173 aa  135  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  44.94 
 
 		 212 aa  135  4e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  48.19 
 
 		 198 aa  134  8e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  44.02 
 
 		 221 aa  132  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  50.31 
 
 		 173 aa  129  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  46.95 
 
 		 167 aa  128  4.0000000000000003e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  43.48 
 
 		 189 aa  126  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  46.06 
 
 		 176 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  45.45 
 
 		 176 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  46.06 
 
 		 169 aa  124  7e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  42.24 
 
 		 189 aa  124  9e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  42.24 
 
 		 189 aa  124  9e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  44.24 
 
 		 182 aa  122  3e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  45.45 
 
 		 176 aa  121  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  43.83 
 
 		 189 aa  120  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  45.45 
 
 		 166 aa  120  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  41.62 
 
 		 189 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  45.45 
 
 		 169 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  44.85 
 
 		 169 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3353  16S rRNA-processing protein RimM  46.2 
 
 		 173 aa  114  7.999999999999999e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.170561 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  42.37 
 
 		 206 aa  114  8.999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  41.48 
 
 		 188 aa  113  1.0000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  39.23 
 
 		 185 aa  112  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  40.96 
 
 		 171 aa  111  5e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  42.17 
 
 		 187 aa  110  8.000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  41.52 
 
 		 200 aa  108  4.0000000000000004e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  44.44 
 
 		 185 aa  107  1e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  38.37 
 
 		 201 aa  105  4e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  33.95 
 
 		 191 aa  98.2  5e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  30.86 
 
 		 168 aa  91.3  6e-18  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3277  16S rRNA processing protein RimM  36.41 
 
 		 188 aa  89  3e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.399714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0002  16S rRNA-processing protein RimM  29.01 
 
 		 175 aa  88.6  4e-17  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  39.13 
 
 		 172 aa  86.3  2e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  38.82 
 
 		 172 aa  83.6  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  32.73 
 
 		 169 aa  83.6  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  26.99 
 
 		 173 aa  82.4  0.000000000000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  34.52 
 
 		 167 aa  82  0.000000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  37.21 
 
 		 174 aa  82  0.000000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  35.37 
 
 		 170 aa  80.9  0.000000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2152  16S rRNA processing protein RimM  39.02 
 
 		 169 aa  80.5  0.00000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.523891  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  35.26 
 
 		 180 aa  80.1  0.00000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 		 176 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 		 180 aa  76.6  0.0000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  33.75 
 
 		 176 aa  76.3  0.0000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  32.37 
 
 		 173 aa  75.9  0.0000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  35.54 
 
 		 187 aa  75.1  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  34.55 
 
 		 171 aa  74.7  0.0000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  35.06 
 
 		 179 aa  73.9  0.000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  28.9 
 
 		 175 aa  73.9  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  27.81 
 
 		 176 aa  73.2  0.000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  27.54 
 
 		 176 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  38.46 
 
 		 163 aa  72.4  0.000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  34.16 
 
 		 170 aa  71.2  0.000000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  29.45 
 
 		 189 aa  71.2  0.000000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  36.31 
 
 		 182 aa  71.2  0.000000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  39.38 
 
 		 157 aa  70.5  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  26.95 
 
 		 176 aa  69.7  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1169  16S rRNA-processing protein RimM  26.35 
 
 		 176 aa  69.7  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549178  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01706  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 		 173 aa  68.9  0.00000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0345877  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  34.68 
 
 		 184 aa  69.3  0.00000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2753  16S rRNA-processing protein RimM  25.3 
 
 		 176 aa  68.9  0.00000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000227208  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2485  16S rRNA processing protein RimM  35.54 
 
 		 176 aa  68.6  0.00000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.423168  normal  0.175293 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1160  16S rRNA-processing protein RimM  26.35 
 
 		 176 aa  68.2  0.00000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000339506  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  29.94 
 
 		 171 aa  67.8  0.00000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1204  16S rRNA-processing protein RimM  30.91 
 
 		 183 aa  67.8  0.00000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00134678  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  32.16 
 
 		 178 aa  67.8  0.00000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  35.58 
 
 		 210 aa  67.8  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  33.71 
 
 		 181 aa  67  0.0000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  32.37 
 
 		 173 aa  66.2  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  32.37 
 
 		 173 aa  66.2  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2837  16S rRNA-processing protein RimM  26.35 
 
 		 176 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000499984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2919  16S rRNA-processing protein RimM  26.35 
 
 		 176 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000363709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  32.37 
 
 		 173 aa  66.2  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  35.59 
 
 		 174 aa  65.5  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  31.18 
 
 		 178 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  27.61 
 
 		 182 aa  65.5  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  34.55 
 
 		 200 aa  65.9  0.0000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1289  16S rRNA processing protein RimM  28.57 
 
 		 182 aa  65.5  0.0000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.611954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  27.61 
 
 		 182 aa  65.5  0.0000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  27.61 
 
 		 182 aa  65.5  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2919  16S rRNA-processing protein RimM  24.7 
 
 		 176 aa  65.1  0.0000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000569736  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  27.98 
 
 		 179 aa  64.7  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  29.94 
 
 		 175 aa  64.7  0.0000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1578  16S rRNA-processing protein RimM  28.48 
 
 		 176 aa  64.7  0.0000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.637772  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  27.98 
 
 		 179 aa  64.3  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3016  16S rRNA-processing protein RimM  25.75 
 
 		 176 aa  64.3  0.0000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000828768  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  30.77 
 
 		 182 aa  64.3  0.0000000009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1358  16S rRNA-processing protein RimM  25.15 
 
 		 177 aa  64.3  0.0000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0934  16S rRNA-processing protein RimM  28.99 
 
 		 184 aa  63.9  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0565923 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  27.85 
 
 		 176 aa  63.9  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1406  16S rRNA processing protein RimM  37.32 
 
 		 166 aa  63.2  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.502149  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1255  16S rRNA-processing protein RimM  24.55 
 
 		 176 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000416795  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2702  16S rRNA-processing protein RimM  30.06 
 
 		 190 aa  62.8  0.000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.294971  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>