More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_2889 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
204 aa  392  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  78.92 
 
 
176 aa  257  8e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  66.85 
 
 
231 aa  225  3e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  63.54 
 
 
224 aa  224  9e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  64.04 
 
 
223 aa  221  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  64.04 
 
 
223 aa  221  7e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  48.82 
 
 
199 aa  150  1e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  48.75 
 
 
212 aa  149  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  50.3 
 
 
173 aa  141  8e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  46.91 
 
 
221 aa  133  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  47.62 
 
 
173 aa  133  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  45.83 
 
 
198 aa  132  3e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  43.18 
 
 
176 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3353  16S rRNA-processing protein RimM  47.02 
 
 
173 aa  130  1.0000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.170561 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  42.86 
 
 
182 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  47.27 
 
 
167 aa  130  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  47.59 
 
 
169 aa  128  5.0000000000000004e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  46.99 
 
 
169 aa  127  9.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  47.59 
 
 
169 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  44.17 
 
 
185 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  44.58 
 
 
176 aa  125  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  42.22 
 
 
187 aa  125  4.0000000000000003e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  46.99 
 
 
166 aa  125  4.0000000000000003e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  41.48 
 
 
176 aa  124  7e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  41.98 
 
 
189 aa  124  9e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  42.59 
 
 
189 aa  122  3e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  42.59 
 
 
189 aa  122  3e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  41.08 
 
 
189 aa  122  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  43.83 
 
 
189 aa  121  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  44.51 
 
 
188 aa  120  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  44.13 
 
 
200 aa  118  4.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  41.62 
 
 
201 aa  117  9e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  42.26 
 
 
171 aa  116  3e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  40 
 
 
185 aa  112  4.0000000000000004e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  41.11 
 
 
206 aa  111  6e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  30.77 
 
 
168 aa  102  5e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  35.4 
 
 
191 aa  100  1e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3277  16S rRNA processing protein RimM  39.34 
 
 
188 aa  96.7  2e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.399714  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  28.14 
 
 
173 aa  96.3  3e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0002  16S rRNA-processing protein RimM  29.88 
 
 
175 aa  95.9  3e-19  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2152  16S rRNA processing protein RimM  41.38 
 
 
169 aa  95.5  4e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.523891  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  39.29 
 
 
167 aa  94.7  8e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  33.53 
 
 
189 aa  91.7  8e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  38.89 
 
 
172 aa  88.6  6e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  35.58 
 
 
176 aa  87  2e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  38.79 
 
 
170 aa  86.3  3e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  31.28 
 
 
176 aa  85.9  4e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  35.15 
 
 
187 aa  85.1  6e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  31.93 
 
 
169 aa  84.7  9e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  36.26 
 
 
172 aa  84.3  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1169  16S rRNA-processing protein RimM  29.89 
 
 
176 aa  82.4  0.000000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549178  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  29.89 
 
 
176 aa  82.4  0.000000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  30.46 
 
 
176 aa  81.6  0.000000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  34.25 
 
 
180 aa  79.7  0.00000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2837  16S rRNA-processing protein RimM  29.48 
 
 
176 aa  79.3  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000499984  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2919  16S rRNA-processing protein RimM  29.48 
 
 
176 aa  79.3  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000363709  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  34.5 
 
 
191 aa  79  0.00000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1160  16S rRNA-processing protein RimM  28.74 
 
 
176 aa  78.2  0.00000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000339506  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  27.65 
 
 
175 aa  78.6  0.00000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  33.92 
 
 
171 aa  78.2  0.00000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  33.91 
 
 
173 aa  77.8  0.0000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  34.68 
 
 
173 aa  77.8  0.0000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  34.68 
 
 
173 aa  77.8  0.0000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  39.77 
 
 
157 aa  77.4  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2753  16S rRNA-processing protein RimM  26.59 
 
 
176 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000227208  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  34.68 
 
 
173 aa  77.8  0.0000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2919  16S rRNA-processing protein RimM  26.67 
 
 
176 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000569736  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  33.15 
 
 
180 aa  77.4  0.0000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  32.56 
 
 
173 aa  77  0.0000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3016  16S rRNA-processing protein RimM  28.74 
 
 
176 aa  77  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000828768  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1358  16S rRNA-processing protein RimM  27.75 
 
 
177 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1474  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 
184 aa  76.3  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3102  16S rRNA-processing protein RimM  28.74 
 
 
176 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000126118  normal  0.166795 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1211  16S rRNA-processing protein RimM  28.74 
 
 
176 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000458928  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  34.12 
 
 
179 aa  75.9  0.0000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1255  16S rRNA-processing protein RimM  28.74 
 
 
176 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000416795  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1288  16S rRNA-processing protein RimM  28.74 
 
 
176 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000110365  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  32.57 
 
 
174 aa  75.5  0.0000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  29.07 
 
 
187 aa  75.5  0.0000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1664  16S rRNA processing protein RimM  33.95 
 
 
178 aa  75.1  0.0000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0329621  hitchhiker  0.00376352 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1289  16S rRNA processing protein RimM  32.72 
 
 
182 aa  75.5  0.0000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.611954  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01706  16S rRNA-processing protein RimM  30.23 
 
 
173 aa  74.7  0.0000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0345877  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  29.7 
 
 
182 aa  74.7  0.0000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  34.25 
 
 
210 aa  74.7  0.0000000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2539  16S rRNA-processing protein RimM  29.76 
 
 
221 aa  73.9  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2702  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 
190 aa  73.9  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.294971  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  31.74 
 
 
169 aa  73.9  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  31.93 
 
 
171 aa  73.9  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  32.77 
 
 
178 aa  73.6  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0749  16S rRNA-processing protein RimM  30.73 
 
 
220 aa  73.6  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1578  16S rRNA-processing protein RimM  29.59 
 
 
176 aa  73.6  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.637772  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  34.97 
 
 
184 aa  73.6  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  32.95 
 
 
182 aa  73.2  0.000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  32.56 
 
 
172 aa  73.2  0.000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  33.13 
 
 
170 aa  73.2  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  24.28 
 
 
176 aa  73.2  0.000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3354  16S rRNA-processing protein RimM  32.94 
 
 
209 aa  72.8  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.305815 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  30.91 
 
 
183 aa  71.6  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  30.91 
 
 
183 aa  71.6  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  30.91 
 
 
183 aa  71.6  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>